Bonjour,

J'ai une data.frame qui est structurée comme ci dessous et j'aimerai pouvoir effectuer des tests de fisher entre chaque lignes et les placer sur mon barplot.
J"aimerai aussi pouvoir obtenir un tableau qui indique les p_value et les données comparées (A gene A vs B gene A) pour chaque test
Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
 
data=data.frame(statut=c("A", "B", "C", "D", "A", "B", "C", "D"), nbr_in_list=c(5,15,7,8,4,3,5,8), nbr_not_in_list=c(9,7,5,4,8,6,4,5), in_list=c("geneA","geneA","geneA","geneA", "geneB", "geneB", "geneB", "geneB"))
 
  statut nbr_in_list nbr_not_in_list in_list
1      A           5               9   geneA
2      B          15               7   geneA
3      C           7               5   geneA
4      D           8               4   geneA
5      A           4               8   geneB
6      B           3               6   geneB
7      C           5               4   geneB
8      D           8               5   geneB

Pour faire un test de fisher manuellement, pas de pb mais je n'arrive pas à le faire sur chaque paire de ligne automatiquement, et je ne vois pas non plus comment obtenir un tableau résumé avec les p value. J'ai déjà essayé un apply mais je me suis vite retrouvée bloquée.

J'aimerai donc avoir un peu d'aide la dessus.

Ensuite quel seraient les outils à utiliser pour pouvoir ajouter une barre de comparaison (avec p value) uniquement pour les p value significatives qui seraient indiquée au dessus de chaque groupes significativement différents ?

Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
1
2
3
4
5
6
 
library(ggplot2)
 
 
bp_tab_pct<- ggplot(data, aes(x=in_list, y=nbr_in_list, fill=statut))+
  geom_bar(stat = "identity",position="dodge")
Merci d'avance pour vos réponses,

Aline