Discussion :

[benoit3166]

Bonjour à tous,

Je poursuis mon apprentissage de la programmation en python. J'ai abordé la POO. Je suis en train d'écrire un programme dont le but est d'ouvrir et analyser un fichier fasta avec diverses méthodes.

Voici mon code:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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import os, sys
 
pyScriptName = sys.argv[0]
RNASequence = sys.argv[1]
#outputProtein = sys.argv[2]                                                                                                             
 
# Dictionnaire codon                                                                                                                        
 
Codon = {
    "AUG": "Methionine",
    "UUU": "Phenylalanine",
    "UUC": "Phynylalanine",
    "UUA": "Leucine",
    "UUG": "Leucine",
    "UCU": "Serine",
    "UCC": "Serine",
    "UCA": "Serine",
    "UCG": "Serine",
    "UAU": "Tyrosine",
    "UAC": "Tyrosine",
    "UGU": "Cysteine",
    "UGC": "Cysteine",
    "UGG": "Tryptophan",
    "UAA": "STOP",
    "UAG": "STOP",
    "UGA": "STOP"
}
 
fasta_dict = {}
 
class Fasta():
    """Classe pour manipuler des fichiers fasta."""
    def __init__(self, RNASequence):
        self.RNASequence = RNASequence
 
    def openFasta(self):
	"""ouvre un fichier fasta, stocke l'id et la séquence dans un dictionnaire."""
        with open(RNASequence, "r") as fasta_file:
            sequence_id = ""
            for line in fasta_file:
                if line.startswith(">"):
                    sequence_id = line.strip()
                    fasta_dict[sequence_id] = ""
                else:
                    fasta_dict[sequence_id] += line.strip()
            return(fasta_dict)
 
    def sequence(self):
	"""Récuperer la sequence"""
	seq_list = []
	for seque in fasta_dict:
            seq_list.append(fasta_dict[seque])
	return(seq_list)
 
    def RNAtoProteins(self):
	"""Traduire la sequence ARN en protéine."""
        for sequen in seq_list:
            print(sequen)
            protein = []
            for i in range(0, len(sequen), 3):
                aa = Codon[sequen[i:i+3]]
                protein.append(aa)
                if aa == "STOP":
                    break
            return(protein)
 
if __name__ == "__main__":
    test_file = Fasta(RNASequence)
    my_file = test_file.openFasta()
    print("Voici le resultat")
    print(my_file)
    result2 = test_file.sequence()
    print("Resultat de .sequence")
    print(result2)
    proteinefromRNA = result2.RNAtoProteins()
    print(proteinefromRNA)

Lorsque, j'exécute le code avec les séquences dans un fichier fasta (voir ci-dessous), j'obtiens le message d'erreur suivant:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

AttributeError: 'list' object has no attribute 'RNAtoProteins'

Si j'ai bien compris, cette erreur me dit que l'assignation de l'attribut ne fonctionne pas. Que faire pour corriger cela ?

Merci pour votre aide.

A bientôt !

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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>Sequence 1
AUGUUUUCUUAAAUG
 
>Sequence 2
AUGUUUUCUAAAAUGCUUAUAGCAGCUAAU
 
>Sequence 3
AUGUUUUCUUAAAUUAUGCCCGUAA

[danielhagnoul]

Après plusieurs corrections , j'arrive à quelque chose qui tournera peut être !

Je ne sais pas tester puisque je n'ai pas le fichier fa.

Code Python :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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class Fasta():
    """Classe pour manipuler des fichiers fasta."""
 
    def __init__(self, RNASequence):
        self.RNASequence = RNASequence
 
    def openFasta(self):
        """ouvre un fichier fasta, stocke l'id et la séquence dans un dictionnaire."""
        with open(self.RNASequence, "r") as fasta_file:
            sequence_id = ""
            for line in fasta_file:
                if line.startswith(">"):
                    sequence_id = line.strip()
                    fasta_dict[sequence_id] = ""
                else:
                    fasta_dict[sequence_id] += line.strip()
 
    def sequence(self):
        """Récuperer la sequence"""
        seq_list = []
        for seque in fasta_dict:
            seq_list.append(fasta_dict[seque])
        return seq_list
 
    def RNAtoProteins(self, seq_list):
        """Traduire la sequence ARN en protéine."""
        protein = []
        for sequen in seq_list:
            for i in range(0, len(sequen), 3):
                aa = Codon.get(sequen[i:i+3], '')
                protein.append(aa)
                if aa == "STOP":
                    break
        return protein
 
 
if __name__ == "__main__":
    f = Fasta(RNASequence)
    f.openFasta()
    print(fasta_dict)
    seqs = f.sequence()
    print(seqs)
    proteinefromRNA = f.RNAtoProteins(seqs)
    print(proteinefromRNA)

[Sve@r]

Bonjour

Code :

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    def sequence(self):
	"""Récuperer la sequence"""
	seq_list = []
	for seque in fasta_dict:
            seq_list.append(fasta_dict[seque])
	return(seq_list)

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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    def sequence(self):
	"""Récuperer la sequence"""
	return fasta_dict.values()				# Eventuellement yield from fasta_dict.values()

Ca ne résoudra pas ton problème puisque tu ne donnes ni la ligne où il se produit, ni un jeu d'essai pour pouvoir le reproduire ; mais ça simplifiera au-moins ton code. Et en plus, comme une "values()" d'un dictionnaire reste associée au dictionnaire, si le dico évolue après coup, la vue évolue avec (ce que ne fait pas une liste figée)
PS: je ne pige pas pourquoi "fasta_dict" est une globale alors qu'elle pourrait être intégrée dans l'objet "fasta".

[wiztricks]

Salut,

Si j'ai bien compris, cette erreur me dit que l'assignation de l'attribut ne fonctionne pas. Que faire pour corriger cela ?

result2 est la liste retournée par la méthode .sequence.
Une liste n'est pas un Fasta et n'a aucune raison d'avoir RNAtoProteins comme attribut.

Un objet (créer ou non avec "class"), c'est définir un état (sous la forme d'attributs) et des méthodes (qui modifient éventuellement l'état).
note: dans le code, "l'état" va être reflété par des variables d'instances sous la forme self.variable.

Il n'est pas interdit de fabriquer une classe qui soit juste une collection de fonctions (dans une boîte on met un peu ce qu'on veut), mais çà reste des fonctions: une opération qui récupérè des objets en entrée et en produit d'autres (ou les transforme) en sortie....

Entre d'un côté des fonctions sans état et de l'autre des "class" qui permettent d'avoir un état, on est entre deux modèles assez différents qu'on évite de mélanger.

- W

[danielhagnoul]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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    def sequence(self):
	"""Récuperer la sequence"""
	return fasta_dict.values()

Pour obtenir le même résultat que le code original, une list, il faut écrire :

Code Python :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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    def sequence(self):
        """Récuperer la sequence"""
        return list(fasta_dict.values())

[Sve@r]

Pour obtenir le même résultat que le code original, une list, il faut écrire :

Code Python :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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    def sequence(self):
        """Récuperer la sequence"""
        return list(fasta_dict.values())

Ouaip. Comme je l'ai dit, le souci c'est que tu obtiens un truc indexable ok, mais un truc figé. Si le dico évolue après, ben tant pis.
Perso je préfère obtenir une vue. Et si je dois l'indexer alors j'indexe ma vue "à la volée". Exemple tab=Fasta(truc).sequence(); print(tuple(tab)[0]). Toutefois je n'ai jamais eu l'utilité d'indexer les keys/values/items d'un dico (itérer dessus oui, mais taper via un index...?)

Mais je suis d'accord avec toi, ma version ne reproduit plus le code d'origine avec exactitude

[benoit3166]

Bonjour à tous,

Merci pour vos réponses fort intéressantes.

J'aurai du préciser le but de mon programme. Il s'agit d'un programme qui lit un fichier fasta, récupère la ou les différente(s) séquence(s) d'ARN et à partir de celle(s)-ci, donne la séquence protéique. A terme, mon but est de faire un petit GUI avec Tkinter, lorsque j'aurai abordé cette partie. Pour l'instant, je souhaite maîtriser la POO et visiblement, il faut que je revois les notions.

Ca ne résoudra pas ton problème puisque tu ne donnes ni la ligne où il se produit, ni un jeu d'essai pour pouvoir le reproduire

@Sve@r, j'ai bien donné un jeu d'essai dans mon premier post (tout en bas du post et j'aurai du être plus explicite). De plus, je pensais que le lien (dans la première ligne) vers fichier fasta serait suffisant. Je me suis trompé.

Je remet ci-dessous l'exemple de fichier test. Il suffit de le copier-coller dans un éditeur et d'enregistrer le fichier avec l'extension .fasta.

Code :

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>Sequence 1
AUGUUUUCUUAAAUG
 
>Sequence 2
AUGUUUUCUAAAAUGCUUAUAGCAGCUAAU
 
>Sequence 3
AUGUUUUCUUAAAUUAUGCCCGUAA

Quant au message d'erreur, il se produit à la ligne 76 de mon code.

En relisant le message de Daniel et Sve@r, à propos de la liste et du dictionnaire. Je pense que c'est effectivement une mauvaise idée d'utiliser une liste. Je perds l'information du nom des séquences protéique, qui ne change pas. Il faudrait donc à partir de fasta_dict, créer un nouveau dictionnaire qui garderai le nom des séquences comme clé et contiendrais comme valeur la séquence protéique transcrite à partir de la séquence d'ARN. Je vais réfléchir à comment faire ça.

D'après le message de wiztricks, j'ai compris qu'il serait plus simple de faire juste des fonctions, plutôt qu'une classe avec plein de méthodes, qui sont en fait que des fonctions. C'est bien ça ?

C'est fort instructif et il me reste encore beaucoup de travail pour maîtriser toutes ces notions et les appliquer. Plus je code, plus j'apprécie de coder.

[Sve@r]

Pour l'instant, je souhaite maîtriser la POO et visiblement, il faut que je revois les notions.

Bah, c'est pas mal comme début. Des maladresses oui mais rien de vraiment mauvais.

@Sve@r, j'ai bien donné un jeu d'essai dans mon premier post (tout en bas du post et j'aurai du être plus explicite). De plus, je pensais que le lien (dans la première ligne) vers fichier fasta serait suffisant. Je me suis trompé.

Ben c'est plus facile d'avoir un jeu d'essai que d'aller chercher dans wikipedia le détail du format, l'étudier et ensuite se construire péniblement son propre jeu d'essai pour tenter de reproduire ton problème. Mais j'avais pas compris que ton exemple en bas du premier post était un vrai fichier. Je pensais que c'était une sortie écran.

En relisant le message de Daniel et Sve@r, à propos de la liste et du dictionnaire. Je pense que c'est effectivement une mauvaise idée d'utiliser une liste. Je perds l'information du nom des séquences protéique, qui ne change pas. Il faudrait donc à partir de fasta_dict, créer un nouveau dictionnaire qui garderai le nom des séquences comme clé et contiendrais comme valeur la séquence protéique transcrite à partir de la séquence d'ARN. Je vais réfléchir à comment faire ça.

Donc si dico1 est un dictionnaire qui a des clefs et des valeurs, et que dico2 doit être un dictionnaire qui a les mêmes clefs et d'autres valeurs calculées à partir de celles du premier, t'as grosso-modo 2 solutions
S1: tu crées dico2 à partir de dico1

Code python :

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for (k, v) in dico1.items():
	dico2[k]=expression utilisant v

Qu'on peut écrire avec une liste en intension: dico2=dict((k, expression_utilisant v) for (k, v) in dico1.items()).

S2: Tu crées un seul dico contenant des sous-dico comme valeur

Code python :

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dico={
	"seq1" : {
		"data" : la_data_de_base 1,
		"res" : None,
	},
	"seq2" : {
		"data" : la_data_de_base 2,
		"res" : None,
	},
	"seq3" : {
		"data" : la_data_de_base 3,
		"res" : None,
	},
	...
}

Ensuite t'as plus qu'à balayer le dico et calculer chaque "res" en fonction de sa "data"

Code python :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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for v in dico.items():
	v["res"]=expression_utilisant v["data"]

D'après le message de wiztricks, j'ai compris qu'il serait plus simple de faire juste des fonctions, plutôt qu'une classe avec plein de méthodes, qui sont en fait que des fonctions. C'est bien ça ?

C'est vrai qu'une classe sans attribut ne se justifie pas vraiment (on enlève la classe, on garde juste les méthodes qui deviennent de simples fonctions) mais je pense que ta classe pourrait plus tard, si ton code évolue et s'enrichit de certains détails, avoir alors des attributs qui donc justifieront son existence. Peut-être que le dico de tes séquences génétiques pourra devenir attribut au lieu de le laisser en globale

[wiztricks]

Salut,

D'après le message de wiztricks, j'ai compris qu'il serait plus simple de faire juste des fonctions, plutôt qu'une classe avec plein de méthodes, qui sont en fait que des fonctions. C'est bien ça ?

Vous constatez que vous effectuez une suite de transformations: fichier -> dictionnaire -> liste -> ...
Qu'est ce qui "persiste"/doit être transmis d'une transformation à l'autre?
Répondre à cette question pourrait aider à définir des "attributs" i.e. des objets qu'il serait souhaitable/utile de voir perdurer au delà de la durée de vie d'une simple fonction.

- W