Discussion :

[Matou06]

Bonjour,
Débutante avec R...

Je réalise un boxplot sur un dataset de données mais je souhaiterai filtrer les données et réaliser plusieurs boxplot pour séparer les données (je ne sais pas comment m'y prendre).
Le boxplot est réalisé sur la donnée "PDS" qui est la dose de RX délivrée pour un "acte" chirurgical.
Dans mon tableau j'ai également une autre colonne qui spécifie la spécialité "Spe" chirurgicale et je voudrais filtrer par les données de cette colonne.
Comment faire ?

Voici les données de mon Dataset :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

str(Dataset)

'data.frame': 8156 obs. :
….
$ Spe : Factor w/ 9 levels "AUTRES","CARDIOLOGIE",..: 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 ...
$ Acte : Factor w/ 44 levels "ARTERIO_MEMBRES_INF",..: 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 ...
$ PDS : num 1.7 2.77 2.7 5.18 7.82 ...
…..


Et voici comment je réalise mon Boxplot pour le moment :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

Boxplot(PDS~Acte, data=Dataset, id=list(method="y"),ylim=c(0,20),las=2,cex.axis=0.5, ylab="PDS(Gy.cm²)")

Mais j'ai besoin de faire plusieurs boxplot selon la colonne "Spe" qui regroupent 8 spécialités au bloc opératoire.
Je pensais essayer de filtrer pour faire mes 8 spécialités une par une avec un truc genre :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

Boxplot(PDS~Acte + filter(Spe=="ORTHOPEDIE"), data=Dataset, id=list(method="y"),ylim=c(0,20),las=2,cex.axis=0.5, ylab="PDS(Gy.cm²)")

Mais cela ne marche pas….

Le top serait de faire 8 boxplot directement avec mes 8 spécialités chirurgicales…
Y a t-il un moyen ou une piste ?

Merci
Matou06

Voici mon boxplot :

[VonVelten]

bonjour,

avec le package ggplot2 il y a moyen de faire cela avec la fonction facet_wrap.

La question est de savoir si les valeurs des abscisses sont les mêmes (ou à peu près) dans toutes les catégories de Spé.

VV

[Matou06]

Bonjour,

Merci VonVelten, je vais essayer de trouver avec cette piste.

Les abscisses sont quasi toutes différentes d'une spécialités à l'autre :
exemples :
Spé Neurologie => abscisses = (hernie lombaire, arthrodèse, …)
Spé Urologie => abscisses = (Sonde JJ, etc...)
Etc

Matou06

bonjour,

avec le package ggplot2 il y a moyen de faire cela avec la fonction facet_wrap.

La question est de savoir si les valeurs des abscisses sont les mêmes (ou à peu près) dans toutes les catégories de Spé.

VV

[Puppet_Master]

Bonjour Matou06

VonVelton a dit vrai. exemple:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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d <- data.frame(
    Spe  = rep(seq(1:9)),
    Acte = rep(seq(1:44)),
    PDS  = rnorm(9*44*10,mean = 5,sd = 1.5)
)
 
library(ggplot2)
 
ggplot(d) +
    aes(x = as.factor(Acte), y = PDS) +
    geom_boxplot(alpha = 0.7) +
    facet_wrap(~ Spe) + # Rupture des graphiques sur la variable Spe
    coord_flip() # fait pivoter X et Y

Après pour faire un graphique seul (ex Spe 1), on peut faire comme ça:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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d1 <- d[d$Spe == "1",]
ggplot(d1) +
    aes(x = as.factor(Acte), y = PDS) +
    geom_boxplot(alpha = 0.7) +
    coord_flip() +
    ggtitle("Spe 1")

[Matou06]

Bonjour,

J'ai testé selon les indications de Vonvelton et du code de Puppet_Master (merci) :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

ggplot(Dataset)+ aes(x=as.factor(Acte),y=PDS)+geom_boxplot(alpha=.1)+facet_wrap(~Spe)

Et voici ce que j'obtiens :


Le problème est que mes actes peuvent être très différents d'une spécialité à l'autre, donc je me retrouve à avoir en abscisse tous les actes, même si la spécialité du graphique n'est pas concernée, du coup l'abscisse est illisible.

Une piste pour solutionner ce problème ?

Merci
Matou06

[Matou06]

Re,

J'ai aussi testé la seconde méthode de Puppet_Master qui fonctionne bien (encore merci).
Mais il est nécessaire de modifier l'écriture des abscisses pour la lisibilité, comment faire ?
J'ai testé avec las=2 (utilisé dans la fonction boxplot pour une écriture verticale) mais qui ne fonctionne pas.

Voici mon code :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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cardio <- Dataset[Dataset$Spe== "CARDIOLOGIE",]
ggplot(cardio) +  aes(x=as.factor(Acte),y=PDS)+geom_boxplot(alpha=0.7) + ggtitle("CARDIOLOGIE")

qui donne :


Et question subsidiaire : comment enregistrer le graphe créé automatiquement vers un fichier image (jpeg ou autre) ? Le but étant d'écrire mon code pour toutes les spécialités et d'enregistrer au fur et à mesure le graphe résultant.

Merci de vos conseils avertis.
Excellente journée à tous.

Matou06

[VonVelten]

Bonjour,

Pour répondre aux questions :

Par rapport aux problèmes d’abscisses qui sont uniques dans chaque valeur de graphique, il est possible de faire quelque chose avec la fonction multiplot() (dont le code est accessible ici) en utilisant la solution de faire un graphique à la fois comme proposé par Puppet_Master, et de les combiner à la fin avec la fonction multiplot().


Par rapport à la lecture, on peut jouer sur l'orientation du texte :

Code R :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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ggplot(cardio) +  aes(x=as.factor(Acte),y=PDS)+geom_boxplot(alpha=0.7) + ggtitle("CARDIOLOGIE")+theme(axis.text.x = element_text(angle = 90))

Je pense que la fonction las ne fonctionne pas car elle est liée à boxplot et non à ggplot (pas même outil graphique).


Pour enregister, deux possibilités :
- Si les graphiques sont réalisées avec ggplot, il y a la fonction ggsave() (aide en ligne). Je la trouve très bien car elle permet de bien choisir taille/format/résolution facilement (La visualisation dans R et le rendu final peuvent être différent à cause des changements de taille). Attention pour le multiplot, il faut faire ggsave(multiplot(....),....).
- Sinon, pour sauver de façon générale la fenêtre graphique, il y a la fonction png() par exemple (pour sauver en png) et à associer à la fin avec dev.off (Voici les principales fonctions)

Cordialement

VV

[Puppet_Master]

Bonjour,

Le problème est que mes actes peuvent être très différents d'une spécialité à l'autre, donc je me retrouve à avoir en abscisse tous les actes, même si la spécialité du graphique n'est pas concernée, du coup l'abscisse est illisible.

Une piste pour solutionner ce problème ?

Bonjour.



La documentation de ggplot2 section facet_warp propose l'utilisation de l'argument scales pour ce genre de problème. exemple:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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# Initialisation des variables de construction du data.frame
S <- seq(1:9)
Acte <- NULL
Spe <- NULL
for(i in S){
    Spe <- c(Spe, rep(i,44*10))
    Acte <- c(Acte, round(runif(n = 44*10, min = i * 9 , max = i*9+5 ), 0))
}
 
# Construction du data.frame
d <- data.frame(
    Spe  = Spe,
    Acte = Acte,
    PDS  = rnorm(9*44*10,mean = 5,sd = 1.5)
)
 
# Faire les graphiques
library(ggplot2)
 
ggplot(d) +
    aes(x = as.factor(Acte), y = PDS) +
    geom_boxplot(alpha = 0.7) +
    facet_wrap(~ Spe, scales = "free")

[Matou06]

Bonjour,

Merci énormément d'avoir pris de votre temps pour partager vos savoir faire.
Je me suis servi de toutes vos pistes et j'ai réussi à sortir des graphes vraiment intéressants (même s'il y a sûrement encore moyen de faire mieux), ainsi qu'à les sauvegarder.

Pour info, voici mes codes (un exemple pour une spécialité, j'ai fait le même pour chaque spécialité (il y a peut être moyen de faire une boucle pour éviter de tout retaper bêtement mais je n'ai pas encore chercher à le faire) :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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cardio <- RECUEIL[RECUEIL$Spécialité== "CARDIOLOGIE",]
ggplot(cardio)  +  aes(x=Acte,y= PDS_Total_corrigé_Gy.cm2)  + geom_boxplot(alpha=0.7)  + ggtitle("CARDIOLOGIE") + xlab("") + ylab("PDS (Gy.cm²)") + theme(plot.title = element_text(face="bold", colour = "blue", size = 15, hjust=0.5)) + theme(axis.title.y = element_text(face="bold", colour = "black", size = 12)) + theme(axis.title.x = element_text(face="italic", colour = "black", size = 12)) + theme(axis.text.x =element_text(angle=45, hjust=1, colour="blue", size = 8))
ggsave("cardio.jpg")

Et voici ce que ça donne :


Et pour avoir un graphe complet (encore à améliorer), voici mon code :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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ggplot(RECUEIL) + aes(x = as.factor(Acte), y = PDS_Total_corrigé_Gy.cm2) + geom_boxplot(alpha = 0.7) +    facet_wrap(~ Spécialité, scales = "free", ncol=3) + theme(axis.text.x = element_text(angle=45, size=5, hjust=1))
ggsave("global.jpg")

Et le résultat :


J'ai également tester le multiplot, ça fonctionne aussi…

Il ne me reste plus qu'à apprendre à mettre du code dans une macro (modifiable) pour pouvoir le faire plus rapidement, je suppose que c'est faisable…
A bientôt, et encore merci pour votre aide précieuse !

Matou