Discussion :

[irishupk]

Bonjour,

J'utilise la commande suivante pour remplacer tout les - de la colonne 5 (chaque colonne séparées par un espace).

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

	awk '{print $5}' | sed 's/\-//g' GQPDOMB-stats.vcf > intermédiare.vcf

Cependant, j'ai remarqué que mon remplacement s'effectue sur tout le fichier et non uniquement sur la 5ème colonne comme souhaité.

Comment est-il donc possible de ne réaliser cette action que sur la colonne 5 et non tout le fichier ?

Merci d'avance pour vos réponse.

[becket]

Salut,

Il est inutile de combiner sed et awk

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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2
 
awk '{print $5}' | sed 's/\-//g' GQPDOMB-stats.vcf > intermédiare.vcf

Ce résume à ceci pour ne modifier que le champ 5

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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2
 
awk '{gsub("-","",$5) ; print $5 }' GQPDOMB-stats.vcf > intermédiare.vcf

[irishupk]

Bonsoir,
Tout d'abord Merci pour votre réponse.
Votre commande effectue bien l'action demandée.
Cependant, le fichier intermédiaire ne contient que cette colonne alors que je souhaiterai que le fichier intermédiaire contienne le fichier de base avec la colonne 5 changée.
après recherche, j'essaie cette commande fortement inspirée de votre proposition

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

awk '{gsub("-","",$5) ; print}' GQPDOMB-stats.vcf > intermédiare.vcf

[becket]

Rien de compliqué

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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2
 
awk '{ $5=gensub("-","","G",$5) ; print  }' GQPDOMB-stats.vcf > intermédiare.vcf

[irishupk]

Je vous remercie de votre aide !

Bonne soirée !