Discussion :

[yozakine]

Bonjour,
actuellement débutant en python3 j'aurais besoin d'aide pour un exercice.
En effet j'ai un fichier "gène csv" avec dedans des lignes d'espèces avec un gène précis.
Un petit exemple pour mieux voir :

Code :

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sacs            chro    SUSAZ_00115     complement(15609..16733)                cysteine desulfurase            Genes.78052
sacs            chro    SUSAZ_00120     complement(16720..18426)                AMP-dependent synthetase        K01895  Genes.23416
sacs            chro    SUSAZ_00125     complement(18438..18914)                nucleotide binding protein PINc K07060  Genes.790508
sacs            chro    SUSAZ_00130     complement(18904..19650)                inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase  K00858  Genes.275996
sacs            chro    SUSAZ_00135     complement(19659..19943)                hypothetical protein            Genes.791779
sacs            chro    SUSAZ_00140     20092..21093            ferredoxin--NADP reductase      K00384  Genes.145309

Sacs est une espèces parmi les 2800, j'aimerai faire un dictionnaire de type set avec en clef le nom de l'espèce (ici sacs, mais les autres espèces aussi) et en valeur leurs gène (ici Genes.78052 , Genes.23416 etc etc)
De ce style là : dico[sacs]= 'Genes.145309', 'Genes.791779' ...
Hors je ne comprends pas cela veut pas et j'ai beau chercher sur internet je ne trouve pas de solution :/ Votre aide sera la bienvenue.

Je vous montre mon script actuel :

Code :

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import re
from collections import defaultdict
dicoesp= defaultdict(set) #dictionnaire d'espece
with open('genes.csv', 'r') as F1:
    for ligne in F1:
        lignepropre=ligne.rstrip('\n')
        lignesplit=lignepropre.split('\t')
        #print(lignesplit[0])
        #print(lignesplit[-1])
        a=lignesplit[0]
        b=lignesplit[-1]
        dicoesp[a]={b}
print(dicoesp['sacs'])

#pour essayer avec une seule espèce et voir si cela marché, pour l'instant cela m'affiche rien de concluant

Merci d'avance

[wiztricks]

Salut,

Hors je ne comprends pas cela veut pas et j'ai beau chercher sur internet je ne trouve pas de solution

Pour trouver une solution, il faut déjà énoncer le problème pour avoir une idée sur quoi chercher...
Si vos variables a et b sont correctes, la question à se poser pourrait être "comment ajouter b au set associé à dicoesp[a]?" ou "comment s'utilise un defaultdict(set)?".

- W

[Sve@r]

Bonjour

et j'ai beau chercher sur internet je ne trouve pas de solution

Ben oui. Internet ne te donnera que des idées "générales" pour traiter des données, pas des solutions spécifiques à ton souci spécifique (sauf cas exceptionnel où ton truc spécifique est en fait un truc tellement déjà fait que la solution est alors donnée mais vu le cas d'espèce, ça métonnerait fort).
Donc par exemple telle méthode permettra de faire telle opération de base, telle autre méthode te permettra de faire telle autre opération. A toi de décomposer ton problème spécifique en opérations élémentaires successives, puis appliquer ensuite les méthodes élémentaires pour exécuter lesdites opérations.

cela veut pas

Ici, en admettant que "a" et "b" contiennent les bonnes infos (et déjà donc là peut-être qu'un print() permettrait de le vérifier), ta seule erreur est dans l'écriture dicoesp[a]={b}. En effet, que se passe-t-il pour les anciennes valeurs de "x" quand tu écris x=y ? Est-ce que cela correspond à la notion de "rajouter dans x la valeur de y aux autres valeurs s'y trouvant déjà" ??? C'est pourtant un truc qui aurait dû te sauter à la figure au moment où tu l'écrivais quoi. Tu es sensé te repésenter dans ton esprit l'action de chaque instruction que tu écris au moment où tu l'écris ; pas d'écrire des trucs "au petit bonheur" en "espérant" que "cela voudra bien"...