Le souci vient probablement du fait que phpMyAdmin est une application serveur installée sur votre serveur et qui accède donc à la BDD en tant que localhost alors que les deux logiciels que vous avez cités sont exécutés depuis votre poste qui doit donc se connecter via votre IP.
Et le serveur MySQL doit être programmé pour ne pas accepter de connexions provenant de l'extérieur, ou bien l'utilisateur MySQL que vous utilisez pour vous connecter n'a le droit de se connecter qu'en localhost.
Commencez par vérifier dans votre fichier de configuration si le paramètre skip-networking est décommenté.
Ensuite, vérifiez que l'utilisateur MySQL est autorisé à se connecter depuis votre IP. Un conseil : créez un utilisateur MySQL spécifique autorisé depuis seulement votre IP pour l'administration de votre base et n'autorisez root que en localhost.
GRANT ALL PRIVILEGES ON [votre bdd].* TO '[votre user admin]'@'[votre IP]' IDENTIFIED BY PASSWORD [le mot de passe chiffré]
Ou bien la même chose via phpMyAdmin.
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