Discussion :

[Benjamin014]

Bonjour, j'aimerais savoir comment faire pour affecter plusieurs max sur une même variable dans mon code ci dessous:
http://image.noelshack.com/fichiers/...59-python1.png

Pour arriver à ça comme résultat:
Chaîne : « ACCATAGC »
représentation valide d'un brin d'ADN.
Les fréquences sont : - Adénine 37.5 % - Cytosine 37.5 % - Guanine 12.5 % - Thyamine 12.5 %
La(es) base(s) nucleique(s) la(es) plus presente(s) est(sont):
- Adénine
- Cytosine

merci

[BufferBob]

salut,

t'as essayé des trucs ? montre du code pour qu'on puisse t'aider

[lg_53]

Quand tu dis : "Les fréquences sont : - Adénine 37.5 % - Cytosine 37.5 % - Guanine 12.5 % - Thyamine 12.5 %", tu stockes cela comment dans la machine ? Un dictionnaire ? Une liste de 4 éléments ? Un array numpy de 4 éléments ? Dans 4 variables distinctes ? Tu garde la correspondances avec les noms de molécules à côté ? ....

Avec 4 valeurs tu peux tout simplement le faire à la main. Après il existe d'autres méthodes toute faites mais ca va dépendre du stockage de l'info. Par exemple si c'est dans une liste on va avoir :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

indices_des_max = [i for i, x in enumerate(my_list) if x == max(my_list) ]

en numpy :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

indices_des_max = np.where(my_array == np.max(my_array))[0]

[Benjamin014]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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 str = 'ACCATAGC'
print ( "Chaîne : «" , str , '»' )
 
est_ADN = True
 
a = 0
c = 0
g = 0
t = 0
 
for x in str:
    if x not in ('A','C','G','T') :
        print (str,'ne représent pas de brin d\'ADN.')
        break
 
for x in str:
    if x == 'A' in str:
        a = a+1
    if x == 'C' in str:
        c = c+1
    if x == 'G' in str:
        g= g+1
    if x == 'T' in str:
        t = t+1
 
w=len(str)
 
 
max(a,c,g,t)
 
 
print (str,'représentation valide d\'un brin d\'ADN.\
Les fréquences sont : - Adénine',a/w*100,' % - Cytosine ',c/w*100,'  % - Guanine ',g/w*100,' % - Thyamine',t/w*100,' %\
La(es) base(s) nucleique(s) la(es) plus presente(s) est(sont):',)

[lg_53]

Tu peux donc t'en sortir avec la pemière instructions que j'ai proposée :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my_list = [a,c,g,t]
bases = ["adenine","cytosine","guanine","thyamine"]
indices_des_max = [i for i, x in enumerate(my_list) if x == max(my_list) ]
for i in indices_des_max :
    print(bases[i])

[VinsS]

Salut,

Utilise count() pour simplifier ton code

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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>>> adn = 'ACCATAGC'
>>> a = adn.count('A')
>>> c = adn.count('C')
>>> g = adn.count('G')
>>> t = adn.count('T')
>>> a, c, g, t
(3, 3, 1, 1)
>>> max(a, c, g, t)
3

[Benjamin014]

Merci

[Supernul]

Bonjour,

ton algo est à vomir J'espère que tu ne travailles pas sur une chaine de plusieurs millions de caractères avec le dernier étant mauvais car sinon tu vas perdre du temps pour rien.

Une proposition de code:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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from collections import Counter
 
# U n'est pas valide ?
code = {'A': 'Adénine', 'C': 'Cytosine', 'G': 'Guanine', 'T':'Thymine'}
 
adn = 'ATACGGTAGTCGTATTGCAGCAGGTCCA'
 
if len([ k for k in set(adn) if k not in code.keys()]):
    print(adn, 'n\'est pas un fragment ADN valide')
else:
    cnt = Counter()
    length = len(adn)
    for x in adn:
        cnt[x] += 1
    print(adn, ' est un fragment ADN valide')
    print('Les fréquences sont :')
    for k in cnt.keys():
        print('-',  code[k], '{:.2%} ;'.format(cnt[k]/length))
 
    inv_cnt = {}
    for k, v in cnt.items():
        inv_cnt[v] = inv_cnt.get(v, [])
        inv_cnt[v].append(k)
 
    most_common = inv_cnt[max(list(inv_cnt.keys()))]
    print('La(es) base(s) nucleique(s) la(es) plus presente(s) est(sont):')
    for c in most_common:
        print('-',  code[c])

[BufferBob]

salut,

je propose ce truc :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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from collections import Counter
 
def coincoin(seq):
   dico = {'A': 'Adénine', 'C': 'Cytosine', 'T': 'Thymine', 'G': 'Guanine'}
   print('Chaîne : « {} »'.format(seq))
   if seq and all([i in 'ACTG' for i in seq]):
      print("représentation valide d'un brin d'ADN")
      z = Counter(seq)
      print('Les fréquences sont :', ' '.join('- {} {:.1f}%'.format(dico[i], z[i]*100/len(seq)) for i in z))
      k = [i for i in z if z[i] == z[max(z, key=z.get)]]
      print(
         'L{0} base{1} nucléïque{1} l{0} plus présente{1} {2}:\n{3}'.format(
            *('es', 's', 'sont') if len(k)>1 else ('a', '', 'est'),
            '\n'.join('- {}'.format(dico[i]) for i in k)
         )
      )
   else:
      print("représentation non-valide d'un brin d'ADN")

et son exécution :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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>>> coincoin('')
Chaîne : «  »
représentation non-valide d'un brin d'ADN
 
>>> coincoin('ACCATAGC')
Chaîne : « ACCATAGC »
représentation valide d'un brin d'ADN
Les fréquences sont : - Adénine 37.5% - Cytosine 37.5% - Thymine 12.5% - Guanine 12.5%
Les bases nucléïques les plus présentes sont:
- Adénine
- Cytosine
 
>>> coincoin('AAAAAAACT')
Chaîne : « AAAAAAACT »
représentation valide d'un brin d'ADN
Les fréquences sont : - Adénine 77.8% - Cytosine 11.1% - Thymine 11.1%
La base nucléïque la plus présente est:
- Adénine

[racine carrée]

Ou bien voici une autre solution ...

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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def analyse(chaine):
    infos={'A':[0,"adenine"],'C':[1,"cytosine"],'G':[2,"guanine"],'T':[3,"thyamine"]}
    taux=[0]*4
    for k in chaine:
        if k not in 'ACGT': return "ceci n'est pas un brin d'ADN"
        taux[infos[k][0]]+=1
    maxi=[k for k in infos if taux[infos[k][0]]==max(taux)]
    print("ce brin d'ADN contient:\n".join(["{0}% de {1}\n".format(100*taux[infos[k][0]]/len(chaine),infos[k][1]) for k in infos])+''.join(["La plus présente est:\n" if len(maxi)==1 else "les plus présentes sont:\n"]+["la {}\t".format(infos[k][1]) for k in maxi]))

Bon courage