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ImageJ Java Discussion :

macro imagej stack overlay automatisation


Sujet :

ImageJ Java

  1. #1
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    Par défaut macro imagej stack overlay automatisation
    Bonjour à tous,
    Je dois très régulièrement traiter une série de huit fichiers tiff avec un nom puis une numérotation de T1 à T8.
    J’essaie de faire une macro pour me faciliter la tache.
    Les images contiennent 4 stack. J'aimerai (et c'est la fonction qui me manque) faire une recherche des chaines de caractères dans les noms de fichier d'un dossier. Pour les images contenant T1, T2 et T3, enregistrer en tiff les stack 4. Pour le fichier contenant T8 enregistrer la stack 1.
    Ensuite je dois faire des overlay à 50% des images 1 avec 8, 2 avec 8 et 3 avec 8 en les enregistrant en tiff.
    Voici mon code pour le moment, c'est vraiment brouillon je suis vraiment novice.
    Merci d'avance.


    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    //Select folder containing stacks to process.
    input = getDirectory("Choose substack Directory");
    output = input+ File.separator()
     
    list = getFileList(input);
    for (i=0; i<list.length; i++) 
    {
     
    	if " nom de fichier comporte: T1 T2 T3 Faire"
    	{
    		open(input+list[i]);
    		Stack.setFrame(4);
                    saveAs("tiff", output+File.separator()+"T1 T2 ou T3");
    		close();
    	}
    	if " nom de fichier comporte: T8 Faire"
    	{
    		open(input+list[i]);
    		Stack.setFrame(1);
                    saveAs("tiff", output+File.separator()+"T8");
    		close();
    	}
    }
     
     
    Ouvrir images T8 
    run("Add Image...", "image=[T1] x=0 y=0 opacity=50");
    saveAs("tiff", output+File.separator()+"T1-T8");
    close();
    run("Add Image...", "image=[T2] x=0 y=0 opacity=50");
    saveAs("tiff", output+File.separator()+"T1-T8");
    run("Add Image...", "image=[T3] x=0 y=0 opacity=50");
    saveAs("tiff", output+File.separator()+"T1-T8");

  2. #2
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    Par défaut
    La fonction indexOf(string, substring) peut te permettre de chercher si T1, T2 ou T3 font partie du nom de ton image. Par exemple : indexOf(string, "T1") te renverra la valeur -1 si string(le nom de ton fichier) ne contient pas T1.

    if " nom de fichier comporte: T1 ou T2 ou T3 Faire"

    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    if(indexOf(string, "T1")>-1||indexOf(string, "T2")>-1||indexOf(string, "T3")>-1)
    || est l'opérateur or (ou)

  3. #3
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    Par défaut
    Merci beaucoup je vais essayer de le faire marcher avec ta fonction.

  4. #4
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    Par défaut
    J'en suis là, pour le moment ça marche pour les temps T1 T2 T3 mais pas pour T7 et T8, ducoup j'ai essayé de mettre le code à part mais ca ne marche pas et c'est très lent.

    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    m = 0
     
    //Select folder containing stacks to process.
    input = getDirectory("Choose substack Directory");
     
     
     
    //Create output folder.
    File.makeDirectory(input+ File.separator()+"Overlay");
    output = input+ File.separator()+"Overlay";
     
    Dialog.create("File type");
    Dialog.addString("File suffix: ", ".tif", 5);
    Dialog.show();
    suffix = Dialog.getString();
     
    setBatchMode(true);
     
    list = getFileList(input);
    for (i=0; i<list.length; i++) 
    {
    	if (endsWith(list[i], suffix))
    	{
    		m++;
    		open(input+list[i]);
     
    		if(indexOf(list[i], "T1")>-1){
     
    			setSlice(4);
    			processFile(output, list[i]);
    			close();
     
    		} else {
    			if(indexOf(list[i], "T2")>-1)
    			{		
                                    setSlice(4);
    				processFile2(output, list[i]);
    				close();
    		} else {
     
    			if(indexOf(list[i], "T3")>-1)
    			{
     
    				setSlice(4);
    				processFile3(output, list[i]);
    				close();
     
    			}
    			}
    		}
     
     
    	}
     
     
    }
     
    function processFile(output, file)
    {
    	run("Duplicate...", " "); 
    	name = list[i];
            dotIndex = indexOf(name, ".");
            title = substring(name, 0, dotIndex);
    	saveAs("tiff", output+File.separator()+" T1");
    	close(); 
    }
     
    function processFile2(output, file)
    {
    	run("Duplicate...", " "); 
    	name = list[i];
            dotIndex = indexOf(name, ".");
            title = substring(name, 0, dotIndex);
    	saveAs("tiff", output+File.separator()+" T2");
    	close(); 
    }
     
    function processFile3(output, file)
    {
    	run("Duplicate...", " "); 
    	name = list[i];
            dotIndex = indexOf(name, ".");
            title = substring(name, 0, dotIndex);
    	saveAs("tiff", output+File.separator()+" T3");
    	close(); 
    }
     
     
    list = getFileList(input);
    for (i=0; i<list.length; i++) 
    {
    	if (endsWith(list[i], suffix))
    	{
    		m++;
    		open(input+list[i]);
     
    		if(indexOf(list[i], "T7")>-1){
    			Stack.setFrame(1);
    			processFile7(output, list[i]);
    			close();
     
    		} else {
    			if(indexOf(list[i], "T8")>-1)
    			{		
                                   	Stack.setFrame(1);
    				processFile8(output, list[i]);
    				close();
     
     
    			}
    			}
    		}
     
     
    	}
     
     
    }
     
    function processFile7(output, file)
    {
    	run("Duplicate...", " "); 
    	name = list[i];
            dotIndex = indexOf(name, ".");
            title = substring(name, 0, dotIndex);
    	saveAs("tiff", output+File.separator()+" T7");
    	close(); 
    }
     
    function processFile8(output, file)
    {
    	run("Duplicate...", " "); 
    	name = list[i];
            dotIndex = indexOf(name, ".");
            title = substring(name, 0, dotIndex);
    	saveAs("tiff", output+File.separator()+" T8");
    	close(); 
    }
     
    setBatchMode(false);
     
    showMessage("Macro is finished");

  5. #5
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    Par défaut
    J'ai un peu retravaillé ton code, il y avait des erreurs d'accolades {}. Ça a l'air de marcher sur un petit test que j'ai fait.

    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    m = 0
     
    //Select folder containing stacks to process.
    input = getDirectory("Choose substack Directory");
     
     
     
    //Create output folder.
    File.makeDirectory(input+ File.separator()+"Overlay");
    output = input+ File.separator()+"Overlay";
     
    Dialog.create("File type");
    Dialog.addString("File suffix: ", ".tif", 5);
    Dialog.show();
    suffix = Dialog.getString();
     
    setBatchMode(true);
     
    list = getFileList(input);
    for (i=0; i<list.length; i++) 
    {
    	if (endsWith(list[i], suffix))
    	{
    		m++;
    		open(input+list[i]);
     
    		if((indexOf(list[i], "T1")>-1)||(indexOf(list[i], "T2")>-1)||(indexOf(list[i], "T3")>-1))
    		{
     			setSlice(4);
    			processFile(output, list[i]);
    			close();
     		}
     
     		if((indexOf(list[i], "T7")>-1)||(indexOf(list[i], "T8")>-1))
    		{
    			Stack.setFrame(1);
    			processFile2(output, list[i]);
    			close();		 
    		} 
    	} 
    }
     
     
     
     
    function processFile(output, file)
    {
    	run("Duplicate...", " "); 
    	name = list[i];
            dotIndex = indexOf(name, ".");
            title = substring(name, 0, dotIndex);
    	if(indexOf(list[i], "T1")>-1) saveAs("tiff", output+File.separator()+" T1");
    	if(indexOf(list[i], "T2")>-1) saveAs("tiff", output+File.separator()+" T2");
    	if(indexOf(list[i], "T3")>-1) saveAs("tiff", output+File.separator()+" T3");
    	close(); 
    }
     
    function processFile2(output, file)
    {
    	run("Duplicate...", " "); 
    	name = list[i];
            dotIndex = indexOf(name, ".");
            title = substring(name, 0, dotIndex);
    	if(indexOf(list[i], "T7")>-1) saveAs("tiff", output+File.separator()+" T7");
    	if(indexOf(list[i], "T8")>-1) saveAs("tiff", output+File.separator()+" T8");
    	close(); 
    }
     
    setBatchMode(false);
     
    showMessage("Macro is finished");
    Si tu ne le fais pas déjà, je te conseil d'utiliser Fiji ou ImageJ2 pour écrire les macros car ils contiennent un éditeur de macro un peu plus poussé que sur ImageJ1. Tu as la colorisation syntaxique et il te permet de voir où s'ouvre et se ferme les accolades. Ça évite les erreurs de syntaxe. Exemple sur l'image ci-dessous.

    Nom : Sans titre.jpg
Affichages : 196
Taille : 179,5 Ko

  6. #6
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    Par défaut
    Le code est encore plus court comme ça, j'avais pas vu que toutes les fonctions processFile étaient identiques. Tes stacks sont ils des stacks en z ou en temps, parce que selon le cas, il faut utiliser setSlices pour le z ou setFrame pour le temps.

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    //Select folder containing stacks to process.
    input = getDirectory("Choose substack Directory");
     
    //Create output folder.
    File.makeDirectory(input+ File.separator()+"Overlay");
    output = input+ File.separator()+"Overlay";
     
    Dialog.create("File type");
    Dialog.addString("File suffix: ", ".tif", 5);
    Dialog.show();
    suffix = Dialog.getString();
     
    //setBatchMode(true);
     
    list = getFileList(input);
    for (i=0; i<list.length; i++) 
    {
    	if (endsWith(list[i], suffix))
    	{
    		m++;
    		open(input+list[i]);
     
    		if((indexOf(list[i], "T1")>-1)||(indexOf(list[i], "T2")>-1)||(indexOf(list[i], "T3")>-1)) Stack.setFrame(4);
    		if((indexOf(list[i], "T7")>-1)||(indexOf(list[i], "T8")>-1)) Stack.setFrame(1);
     
    		processFile(output, list[i]);
    		run("Close All");
    	} 
    }
     
    function processFile(output, file)
    {
    	run("Duplicate...", " "); 
    	waitForUser;
    	name = list[i];
        dotIndex = indexOf(name, ".");
        title = substring(name, 0, dotIndex);
     
    	if(indexOf(list[i], "T1")>-1) saveAs("tiff", output+File.separator()+" T1");
    	if(indexOf(list[i], "T2")>-1) saveAs("tiff", output+File.separator()+" T2");
    	if(indexOf(list[i], "T3")>-1) saveAs("tiff", output+File.separator()+" T3");
    	if(indexOf(list[i], "T7")>-1) saveAs("tiff", output+File.separator()+" T7");
    	if(indexOf(list[i], "T8")>-1) saveAs("tiff", output+File.separator()+" T8");
     
    	close(); 
    }
     
     
    setBatchMode(false);
     
    showMessage("Macro is finished");

  7. #7
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    Bonjour, un grand merci tu m'aide énormément c'est parfait.
    Super je connaissais pas imagej2 ça a l'air en effet plus facile utiliser.
    Les stack sont en z j'avais changé car cela ne fonctionnait pas. J'ai essayé de paramétrer le plugin bioformat pour qu'il soit windowsless lors de l'importation mais ça n'a pas marché, tu sais comment faire?
    Je vais essayer d'ecrire la partie pour faire des overlay maintenant.
    Bonne soirée

  8. #8
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    Les stack sont en z j'avais changé car cela ne fonctionnait pas. J'ai essayé de paramétrer le plugin bioformat pour qu'il soit windowsless lors de l'importation mais ça n'a pas marché, tu sais comment faire?
    Je vais essayer d’écrire la partie pour faire des overlay maintenant.
    Bonne soirée

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