macro imagej stack overlay automatisation

**roroploplo** · 08/08/2018, 22h26

Bonjour à tous,
Je dois très régulièrement traiter une série de huit fichiers tiff avec un nom puis une numérotation de T1 à T8.
J’essaie de faire une macro pour me faciliter la tache.
Les images contiennent 4 stack. J'aimerai (et c'est la fonction qui me manque) faire une recherche des chaines de caractères dans les noms de fichier d'un dossier. Pour les images contenant T1, T2 et T3, enregistrer en tiff les stack 4. Pour le fichier contenant T8 enregistrer la stack 1.
Ensuite je dois faire des overlay à 50% des images 1 avec 8, 2 avec 8 et 3 avec 8 en les enregistrant en tiff.
Voici mon code pour le moment, c'est vraiment brouillon je suis vraiment novice.
Merci d'avance.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
 
//Select folder containing stacks to process.
input = getDirectory("Choose substack Directory");
output = input+ File.separator()
 
list = getFileList(input);
for (i=0; i<list.length; i++) 
{
 
	if " nom de fichier comporte: T1 T2 T3 Faire"
	{
		open(input+list[i]);
		Stack.setFrame(4);
                saveAs("tiff", output+File.separator()+"T1 T2 ou T3");
		close();
	}
	if " nom de fichier comporte: T8 Faire"
	{
		open(input+list[i]);
		Stack.setFrame(1);
                saveAs("tiff", output+File.separator()+"T8");
		close();
	}
}
 
 
Ouvrir images T8 
run("Add Image...", "image=[T1] x=0 y=0 opacity=50");
saveAs("tiff", output+File.separator()+"T1-T8");
close();
run("Add Image...", "image=[T2] x=0 y=0 opacity=50");
saveAs("tiff", output+File.separator()+"T1-T8");
run("Add Image...", "image=[T3] x=0 y=0 opacity=50");
saveAs("tiff", output+File.separator()+"T1-T8");

**Tchoukatroc** · 09/08/2018, 10h18

La fonction indexOf(string, substring) peut te permettre de chercher si T1, T2 ou T3 font partie du nom de ton image. Par exemple : indexOf(string, "T1") te renverra la valeur -1 si string(le nom de ton fichier) ne contient pas T1.

if " nom de fichier comporte: T1 ou T2 ou T3 Faire"

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

if(indexOf(string, "T1")>-1||indexOf(string, "T2")>-1||indexOf(string, "T3")>-1)

|| est l'opérateur or (ou)

**roroploplo** · 09/08/2018, 15h24

Merci beaucoup je vais essayer de le faire marcher avec ta fonction.

**roroploplo** · 10/08/2018, 00h46

J'en suis là, pour le moment ça marche pour les temps T1 T2 T3 mais pas pour T7 et T8, ducoup j'ai essayé de mettre le code à part mais ca ne marche pas et c'est très lent.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
 
m = 0
 
//Select folder containing stacks to process.
input = getDirectory("Choose substack Directory");
 
 
 
//Create output folder.
File.makeDirectory(input+ File.separator()+"Overlay");
output = input+ File.separator()+"Overlay";
 
Dialog.create("File type");
Dialog.addString("File suffix: ", ".tif", 5);
Dialog.show();
suffix = Dialog.getString();
 
setBatchMode(true);
 
list = getFileList(input);
for (i=0; i<list.length; i++) 
{
	if (endsWith(list[i], suffix))
	{
		m++;
		open(input+list[i]);
 
		if(indexOf(list[i], "T1")>-1){
 
			setSlice(4);
			processFile(output, list[i]);
			close();
 
		} else {
			if(indexOf(list[i], "T2")>-1)
			{		
                                setSlice(4);
				processFile2(output, list[i]);
				close();
		} else {
 
			if(indexOf(list[i], "T3")>-1)
			{
 
				setSlice(4);
				processFile3(output, list[i]);
				close();
 
			}
			}
		}
 
 
	}
 
 
}
 
function processFile(output, file)
{
	run("Duplicate...", " "); 
	name = list[i];
        dotIndex = indexOf(name, ".");
        title = substring(name, 0, dotIndex);
	saveAs("tiff", output+File.separator()+" T1");
	close(); 
}
 
function processFile2(output, file)
{
	run("Duplicate...", " "); 
	name = list[i];
        dotIndex = indexOf(name, ".");
        title = substring(name, 0, dotIndex);
	saveAs("tiff", output+File.separator()+" T2");
	close(); 
}
 
function processFile3(output, file)
{
	run("Duplicate...", " "); 
	name = list[i];
        dotIndex = indexOf(name, ".");
        title = substring(name, 0, dotIndex);
	saveAs("tiff", output+File.separator()+" T3");
	close(); 
}
 
 
list = getFileList(input);
for (i=0; i<list.length; i++) 
{
	if (endsWith(list[i], suffix))
	{
		m++;
		open(input+list[i]);
 
		if(indexOf(list[i], "T7")>-1){
			Stack.setFrame(1);
			processFile7(output, list[i]);
			close();
 
		} else {
			if(indexOf(list[i], "T8")>-1)
			{		
                               	Stack.setFrame(1);
				processFile8(output, list[i]);
				close();
 
 
			}
			}
		}
 
 
	}
 
 
}
 
function processFile7(output, file)
{
	run("Duplicate...", " "); 
	name = list[i];
        dotIndex = indexOf(name, ".");
        title = substring(name, 0, dotIndex);
	saveAs("tiff", output+File.separator()+" T7");
	close(); 
}
 
function processFile8(output, file)
{
	run("Duplicate...", " "); 
	name = list[i];
        dotIndex = indexOf(name, ".");
        title = substring(name, 0, dotIndex);
	saveAs("tiff", output+File.separator()+" T8");
	close(); 
}
 
setBatchMode(false);
 
showMessage("Macro is finished");

**Tchoukatroc** · 10/08/2018, 10h32

J'ai un peu retravaillé ton code, il y avait des erreurs d'accolades {}. Ça a l'air de marcher sur un petit test que j'ai fait.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
 
m = 0
 
//Select folder containing stacks to process.
input = getDirectory("Choose substack Directory");
 
 
 
//Create output folder.
File.makeDirectory(input+ File.separator()+"Overlay");
output = input+ File.separator()+"Overlay";
 
Dialog.create("File type");
Dialog.addString("File suffix: ", ".tif", 5);
Dialog.show();
suffix = Dialog.getString();
 
setBatchMode(true);
 
list = getFileList(input);
for (i=0; i<list.length; i++) 
{
	if (endsWith(list[i], suffix))
	{
		m++;
		open(input+list[i]);
 
		if((indexOf(list[i], "T1")>-1)||(indexOf(list[i], "T2")>-1)||(indexOf(list[i], "T3")>-1))
		{
 			setSlice(4);
			processFile(output, list[i]);
			close();
 		}
 
 		if((indexOf(list[i], "T7")>-1)||(indexOf(list[i], "T8")>-1))
		{
			Stack.setFrame(1);
			processFile2(output, list[i]);
			close();		 
		} 
	} 
}
 
 
 
 
function processFile(output, file)
{
	run("Duplicate...", " "); 
	name = list[i];
        dotIndex = indexOf(name, ".");
        title = substring(name, 0, dotIndex);
	if(indexOf(list[i], "T1")>-1) saveAs("tiff", output+File.separator()+" T1");
	if(indexOf(list[i], "T2")>-1) saveAs("tiff", output+File.separator()+" T2");
	if(indexOf(list[i], "T3")>-1) saveAs("tiff", output+File.separator()+" T3");
	close(); 
}
 
function processFile2(output, file)
{
	run("Duplicate...", " "); 
	name = list[i];
        dotIndex = indexOf(name, ".");
        title = substring(name, 0, dotIndex);
	if(indexOf(list[i], "T7")>-1) saveAs("tiff", output+File.separator()+" T7");
	if(indexOf(list[i], "T8")>-1) saveAs("tiff", output+File.separator()+" T8");
	close(); 
}
 
setBatchMode(false);
 
showMessage("Macro is finished");

Si tu ne le fais pas déjà, je te conseil d'utiliser Fiji ou ImageJ2 pour écrire les macros car ils contiennent un éditeur de macro un peu plus poussé que sur ImageJ1. Tu as la colorisation syntaxique et il te permet de voir où s'ouvre et se ferme les accolades. Ça évite les erreurs de syntaxe. Exemple sur l'image ci-dessous.

Nom : Sans titre.jpg
Affichages : 610
Taille : 179,5 Ko

Nom : Sans titre.jpg
Affichages : 610
Taille : 179,5 Ko

**Tchoukatroc** · 10/08/2018, 12h20

Le code est encore plus court comme ça, j'avais pas vu que toutes les fonctions processFile étaient identiques. Tes stacks sont ils des stacks en z ou en temps, parce que selon le cas, il faut utiliser setSlices pour le z ou setFrame pour le temps.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
 
m = 0
 
//Select folder containing stacks to process.
input = getDirectory("Choose substack Directory");
 
//Create output folder.
File.makeDirectory(input+ File.separator()+"Overlay");
output = input+ File.separator()+"Overlay";
 
Dialog.create("File type");
Dialog.addString("File suffix: ", ".tif", 5);
Dialog.show();
suffix = Dialog.getString();
 
//setBatchMode(true);
 
list = getFileList(input);
for (i=0; i<list.length; i++) 
{
	if (endsWith(list[i], suffix))
	{
		m++;
		open(input+list[i]);
 
		if((indexOf(list[i], "T1")>-1)||(indexOf(list[i], "T2")>-1)||(indexOf(list[i], "T3")>-1)) Stack.setFrame(4);
		if((indexOf(list[i], "T7")>-1)||(indexOf(list[i], "T8")>-1)) Stack.setFrame(1);
 
		processFile(output, list[i]);
		run("Close All");
	} 
}
 
function processFile(output, file)
{
	run("Duplicate...", " "); 
	waitForUser;
	name = list[i];
    dotIndex = indexOf(name, ".");
    title = substring(name, 0, dotIndex);
 
	if(indexOf(list[i], "T1")>-1) saveAs("tiff", output+File.separator()+" T1");
	if(indexOf(list[i], "T2")>-1) saveAs("tiff", output+File.separator()+" T2");
	if(indexOf(list[i], "T3")>-1) saveAs("tiff", output+File.separator()+" T3");
	if(indexOf(list[i], "T7")>-1) saveAs("tiff", output+File.separator()+" T7");
	if(indexOf(list[i], "T8")>-1) saveAs("tiff", output+File.separator()+" T8");
 
	close(); 
}
 
 
setBatchMode(false);
 
showMessage("Macro is finished");

**roroploplo** · 10/08/2018, 18h30

Bonjour, un grand merci tu m'aide énormément c'est parfait.
Super je connaissais pas imagej2 ça a l'air en effet plus facile utiliser.
Les stack sont en z j'avais changé car cela ne fonctionnait pas. J'ai essayé de paramétrer le plugin bioformat pour qu'il soit windowsless lors de l'importation mais ça n'a pas marché, tu sais comment faire?
Je vais essayer d'ecrire la partie pour faire des overlay maintenant.
Bonne soirée

**roroploplo** · 10/08/2018, 18h34

Bonjour, un grand merci tu m'aide énormément c'est parfait.
Super je connaissais pas imagej2 ça a l'air en effet plus facile utiliser.
Les stack sont en z j'avais changé car cela ne fonctionnait pas. J'ai essayé de paramétrer le plugin bioformat pour qu'il soit windowsless lors de l'importation mais ça n'a pas marché, tu sais comment faire?
Je vais essayer d’écrire la partie pour faire des overlay maintenant.
Bonne soirée

macro imagej stack overlay automatisation

ImageJ Java

Discussions similaires

Partager

Partager