Discussion :

[irishupk]

Bonjour à tous ,

Je me permet de solliciter votre aide. En effet, j'ai précédement était déjà bloqué pour ce même genre de question. J'ai donc essayer d'adapter les dictionaire de language python pour réaliser ce que je souhaitais mais sans succès. je me suis donc rabattue sur du bash. Voici le problème : je possède deux fichiers :
ort.csv
AGAP002556
AGAP010489
NA
NA
NA
NA
NA
AGAP012320
AGAP010409
AGAP011647
NA
NA

et
BD.csv qui me sert de base de données

AGAP002189;agamobp14;Q8I8T3;188;2R;17331871;17332553;Classic;mclassic9;NA;aaegobp18;cquiobp63
AGAP008398;agamobp21;Q8I8S3;131;3R;10317255;10317835;Classic;mclassic5;NA;aaegobp8;cquiobp23
AGAP010409;agamobp22;Q7PGA3;144;3L;2853087;2853645;Classic;mclassic8;NA;aaegobp81;cquiobp44
AGAP012318;agamobp23;Q8I8R9;131;3L;40168852;40169329;Classic;mclassic3;NA;aaegobp9;cquiobp22
AGAP012319;agamobp24;Q8I8R8;176;3L;40171315;40172237;Classic;mclassic2;NA;aaegobp77;cquiobp21
AGAP012320;agamobp25;Q7Q088;142;3L;40209434;40210326;Classic;mclassic3;NA;aaegobp11;cquiobp19
AGAP012321;agamobp26;Q8I8R6;131;3L;40213816;40214477;Classic;mclassic3;NA;aaegobp35;cquiobp20
AGAP012323;agamobp27;Q5TN65;134;3L;40218226;40218764;Classic;mclassic1;NA;aaegobp65;cquiobp16
AGAP012325;agamobp28;Q8I8R4;134;3L;40221011;40221620;Classic;mclassic3;NA;aaegobp12;cquiobp18
AGAP012322;agamobp63;Q6H900;135;3L;40217381;40217853;Classic;mclassic4;NA;aaegobp61;cquiobp17
AGAP012324;agamobp64;Q5TN67;142;3L;40219631;40220284;Classic;mclassic1;NA;aaegobp15;cquiobp15

Le but est donc de rechercher les éléments de ort.csv dans BD.csv. Si il retrouve le motif, il imprime les colonnes 8 et 9 en y ajoutant (by inference) pour chaque colonne (soit ici Classic (by inference) et mclassic (by inference)). Si il n'y a pas de correspondance mettre NA. Voici le code que j'ai réalisé pour le moment sans succès.... Je suis ouverte à toutes proposition de résolutions :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/bin/bash
 
cut -d ';' -f 10 albopictus.csv >1.txt
sed -e 's/ //g' 1.txt >ort.csv
rm 1.txt
 
 
for ligne in `cat ort.csv`
do
a= grep -w $ligne BD.csv | cut -d';' -f 1 | head -1
if [ -n "$a" ]
then
awk '{print $8, $9}' BD.csv
else
echo "NA"
fi
 
done

Vous en remerciant

[N_BaH]

Bonjour,

quand je vois ça (on dirait les plans au sol d'une usine à gaz), je me dis qu'il y a un problème d'algorithme.

[Flodelarab]

Bonjour

Je plussoie.

En plus, ça sent le mensonge, car ça m'étonnerait que awk '{print $8, $9}' BD.csv donne quoi que ce soit de bon sans préciser le séparateur en point-virgule.


Néanmoins, voici quelques idées:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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$ awk -F';' '(FNR==NR){a[$1]++;next;} {trouve=false;for (i in a) if (i==$1) {trouve=true;print $1,$8,$9;}; if (trouve==false) print $1,"NA"; }' ort.csv bd.csv                                                                                                                                   
AGAP002189 NA
AGAP008398 NA
AGAP010409 Classic mclassic8
AGAP010409 NA
AGAP012318 NA
AGAP012319 NA
AGAP012320 Classic mclassic3
AGAP012320 NA
AGAP012321 NA
AGAP012323 NA
AGAP012325 NA
AGAP012322 NA
AGAP012324 NA

On charge le premier fichier en mémoire et on filtre le second avec le premier.

[irishupk]

Bonjour, et merci d'avoir répondu.

Je ne suis que débutante et j'ai donc dû mal avec la programmation.

En ce qui concerne le awk, je l'ai tiré d'un cour d'un de mes professeur et celà marché pour recuperer les colonne 8 et 9 :/

à cette question, il utilise aussi la même écriture du awk : https://www.developpez.net/forums/d1...-colonnes-awk/

Mais j'essaye tout de suite de voir avec vos idée pour le awk

[disedorgue]

Bonjour,

Bonjour

Je plussoie.

En plus, ça sent le mensonge, car ça m'étonnerait que awk '{print $8, $9}' BD.csv donne quoi que ce soit de bon sans préciser le séparateur en point-virgule.


Néanmoins, voici quelques idées:

Code :

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$ awk -F';' '(FNR==NR){a[$1]++;next;} {trouve=false;for (i in a) if (i==$1) {trouve=true;print $1,$8,$9;}; if (trouve==false) print $1,"NA"; }' ort.csv bd.csv                                                                                                                                   
AGAP002189 NA
AGAP008398 NA
AGAP010409 Classic mclassic8
AGAP010409 NA
AGAP012318 NA
AGAP012319 NA
AGAP012320 Classic mclassic3
AGAP012320 NA
AGAP012321 NA
AGAP012323 NA
AGAP012325 NA
AGAP012322 NA
AGAP012324 NA

On charge le premier fichier en mémoire et on filtre le second avec le premier.

Bizarre, quand il trouve, il ne trouve pas aussi

[irishupk]

En effet, c'est bizarre XD ^^

J'ai tout compte fait réussit à faire mon script Merci quand même !

[Flodelarab]

Bonjour,


Bizarre, quand il trouve, il ne trouve pas aussi

Voilà un script vraiment égal à zéro. (3 fois)
J'aurais dû rester sur (0;1).

Code :

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$ awk -F';' '(FNR==NR){a[$1]++;next;} {trouve=0;for (i in a) if (i==$1) {trouve=1;print $1,$8,$9;}; if (trouve==0) print $1,"NA"; }' ort.csv bd.csv
AGAP002189 NA
AGAP008398 NA
AGAP010409 Classic mclassic8
AGAP012318 NA
AGAP012319 NA
AGAP012320 Classic mclassic3
AGAP012321 NA
AGAP012323 NA
AGAP012325 NA
AGAP012322 NA
AGAP012324 NA