Recherche de motif et impression de colonne

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Bonjour à tous ,

Je me permet de solliciter votre aide. En effet, j'ai précédement était déjà bloqué pour ce même genre de question. J'ai donc essayer d'adapter les dictionaire de language python pour réaliser ce que je souhaitais mais sans succès. je me suis donc rabattue sur du bash. Voici le problème : je possède deux fichiers :
ort.csv
AGAP002556
AGAP010489
NA
NA
NA
NA
NA
AGAP012320
AGAP010409
AGAP011647
NA
NA

et
BD.csv qui me sert de base de données

AGAP002189;agamobp14;Q8I8T3;188;2R;17331871;17332553;Classic;mclassic9;NA;aaegobp18;cquiobp63
AGAP008398;agamobp21;Q8I8S3;131;3R;10317255;10317835;Classic;mclassic5;NA;aaegobp8;cquiobp23
AGAP010409;agamobp22;Q7PGA3;144;3L;2853087;2853645;Classic;mclassic8;NA;aaegobp81;cquiobp44
AGAP012318;agamobp23;Q8I8R9;131;3L;40168852;40169329;Classic;mclassic3;NA;aaegobp9;cquiobp22
AGAP012319;agamobp24;Q8I8R8;176;3L;40171315;40172237;Classic;mclassic2;NA;aaegobp77;cquiobp21
AGAP012320;agamobp25;Q7Q088;142;3L;40209434;40210326;Classic;mclassic3;NA;aaegobp11;cquiobp19
AGAP012321;agamobp26;Q8I8R6;131;3L;40213816;40214477;Classic;mclassic3;NA;aaegobp35;cquiobp20
AGAP012323;agamobp27;Q5TN65;134;3L;40218226;40218764;Classic;mclassic1;NA;aaegobp65;cquiobp16
AGAP012325;agamobp28;Q8I8R4;134;3L;40221011;40221620;Classic;mclassic3;NA;aaegobp12;cquiobp18
AGAP012322;agamobp63;Q6H900;135;3L;40217381;40217853;Classic;mclassic4;NA;aaegobp61;cquiobp17
AGAP012324;agamobp64;Q5TN67;142;3L;40219631;40220284;Classic;mclassic1;NA;aaegobp15;cquiobp15

Le but est donc de rechercher les éléments de ort.csv dans BD.csv. Si il retrouve le motif, il imprime les colonnes 8 et 9 en y ajoutant (by inference) pour chaque colonne (soit ici Classic (by inference) et mclassic (by inference)). Si il n'y a pas de correspondance mettre NA. Voici le code que j'ai réalisé pour le moment sans succès.... Je suis ouverte à toutes proposition de résolutions :
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 #!/bin/bash cut -d ';' -f 10 albopictus.csv >1.txt sed -e 's/ //g' 1.txt >ort.csv rm 1.txt for ligne in `cat ort.csv` do a= grep -w $ligne BD.csv | cut -d';' -f 1 | head -1 if [ -n "$a" ] then awk '{print $8, $9}' BD.csv else echo "NA" fi done
Vous en remerciant

25/04/2018, 16h04
Invité

Bonjour,

quand je vois ça (on dirait les plans au sol d'une usine à gaz), je me dis qu'il y a un problème d'algorithme.

Bonjour :coucou:

Je plussoie.

En plus, ça sent le mensonge, car ça m'étonnerait que awk '{print $8, $9}' BD.csv donne quoi que ce soit de bon sans préciser le séparateur en point-virgule.

Néanmoins, voici quelques idées:
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 $ awk -F';' '(FNR==NR){a[$1]++;next;} {trouve=false;for (i in a) if (i==$1) {trouve=true;print $1,$8,$9;}; if (trouve==false) print $1,"NA"; }' ort.csv bd.csv AGAP002189 NA AGAP008398 NA AGAP010409 Classic mclassic8 AGAP010409 NA AGAP012318 NA AGAP012319 NA AGAP012320 Classic mclassic3 AGAP012320 NA AGAP012321 NA AGAP012323 NA AGAP012325 NA AGAP012322 NA AGAP012324 NA
On charge le premier fichier en mémoire et on filtre le second avec le premier.

26/04/2018, 09h53
irishupk

Bonjour, et merci d'avoir répondu.

Je ne suis que débutante et j'ai donc dû mal avec la programmation.

En ce qui concerne le awk, je l'ai tiré d'un cour d'un de mes professeur et celà marché pour recuperer les colonne 8 et 9 :/

à cette question, il utilise aussi la même écriture du awk : https://www.developpez.net/forums/d1...-colonnes-awk/

Mais j'essaye tout de suite de voir avec vos idée pour le awk

Bonjour,
Citation:
Envoyé par Flodelarab
Bonjour :coucou:

Je plussoie.

En plus, ça sent le mensonge, car ça m'étonnerait que awk '{print $8, $9}' BD.csv donne quoi que ce soit de bon sans préciser le séparateur en point-virgule.

Néanmoins, voici quelques idées:
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 $ awk -F';' '(FNR==NR){a[$1]++;next;} {trouve=false;for (i in a) if (i==$1) {trouve=true;print $1,$8,$9;}; if (trouve==false) print $1,"NA"; }' ort.csv bd.csv AGAP002189 NA AGAP008398 NA AGAP010409 Classic mclassic8 AGAP010409 NA AGAP012318 NA AGAP012319 NA AGAP012320 Classic mclassic3 AGAP012320 NA AGAP012321 NA AGAP012323 NA AGAP012325 NA AGAP012322 NA AGAP012324 NA
On charge le premier fichier en mémoire et on filtre le second avec le premier.
Bizarre, quand il trouve, il ne trouve pas aussi :mrgreen:

26/04/2018, 20h17
irishupk

En effet, c'est bizarre XD ^^

J'ai tout compte fait réussit à faire mon script Merci quand même !

Citation:

Envoyé par disedorgue

Bonjour,

Bizarre, quand il trouve, il ne trouve pas aussi :mrgreen:

:lol:
Voilà un script vraiment égal à zéro. (3 fois)
J'aurais dû rester sur (0;1).
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 $ awk -F';' '(FNR==NR){a[$1]++;next;} {trouve=0;for (i in a) if (i==$1) {trouve=1;print $1,$8,$9;}; if (trouve==0) print $1,"NA"; }' ort.csv bd.csv AGAP002189 NA AGAP008398 NA AGAP010409 Classic mclassic8 AGAP012318 NA AGAP012319 NA AGAP012320 Classic mclassic3 AGAP012321 NA AGAP012323 NA AGAP012325 NA AGAP012322 NA AGAP012324 NA