Discussion :

[Piotree]

Bonjour à vous,

Je rencontre une petite difficulté dans un script. J'ai un premier fichier qui contient des motifs à supprimer dans un fichier B, voici mon code:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

while read line; do sed -e 's/'"${line}"'[ACGT]*//g' fichierB.txt > test;done < fichierA.txt

Je n'arrive à supprimer qu'un motif parmi ma liste (la dernière).
Quelqu'un aurait une idée et pourrait m'expliquer pourquoi ce script ne fonctionne pas pour toutes les mutations mais seulement pour une ?
De plus, tous les motifs ne sont pas forcément présent.

Merci pour votre aide

[al1_24]

La cause du problème : à chaque boucle tu relis le fichier B, non modifié, et tu enregistres les modifications dans un nouveau fichier nommé test, qui sera écrasé à la boucle suivante.
La solution : renommer à chaque boucle le fichier test en fichier B ou utiliser l'option -i de sed.

[Piotree]

carrément juste avec sed -i ca devrait fonctionner...merci (à force d'avoir la tête dessu...)

[Piotree]

Désolé mais au final la solution me crée un nouveau problème pour la commande sed:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

sed -e 's/'"${line}"'[ACGT]*//g'

ici l'idée de cette commande est de supprimer les motifs ${line} suivant potentiellement à la fin, la ou les lettres A ou C ou G ou T répétées de 0 à n fois. Mais cette commande supprime tous les motifs ayant la valeur de ${line}.
je m'explique: si une valeur de ${line} est 302 la commande va supprimer par exemple 302T. Pour ça c'est ok mais elle va aussi supprimer 16302C pour afficher à la place 16. Là c'est mois cool...

j'ai essayé cette commande:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

sed -e 's/'"${line}"'[ACGT]*\>//g'

mais ça ne marche pas....

Si quelqu'un a une idée? merci beaucoup

[al1_24]

Il faut commencer par identifier les motifs qui précédent la chaine à supprimer.

[disedorgue]

Bonjour,

Une autre solution, tu fabriques une suite de commande sed en traitant tout le fichierA puis tu l'utilises pour le fichierB:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

sed 's:.*:s/&[ACGT]*//g:' fichierA.txt | sed -f - fichierB.txt

Par contre, il faut que tu fasses un tri de position des pattern de ton fichierA, car si tu l'utilises tel quel, tu vas rencontrer le souci suivant:
par exemple d'abord traiter 309.1 et ensuite 309 car si tu supprimes d'abord 309, sed ne trouvera jamais 309.1

[jack-ft]

Désolé mais au final la solution me crée un nouveau problème pour la commande sed:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

sed -e 's/'"${line}"'[ACGT]*//g'

Attention! Le texte du code doit être entre les balises [ C O D E ] et [ / C O D E ] (sans les espaces).

Personnellement, j'écrirais plutôt avec des guillemets:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

sed -e "s/${line}[ACGT]*//g"

ici l'idée de cette commande est de supprimer les motifs ${line} suivant potentiellement à la fin, la ou les lettres A ou C ou G ou T répétées de 0 à n fois.

J'imagine que tu veux dire "supprimer les motifs ${line} suivis potentiellement à la fin, par la ou les lettres A ou C ou G ou T répétées de 0 à n fois.", non?

Mais attention! Est-ce vraiment ce que tu veux?

Un exemple: si la valeur de ${line} est 302, alors la ligne "302999TGCA" contient bien "302[ACGT]*"!!!
En effet, 302 est suivi de 0 occurrences de ACG ou T, vu qu'il est suivi d'un 9!!!

De même, il va aussi trouver la ligne "888302TGCA" ou même la ligne "888302999GTCC".

En bref, toutes les lignes contenant "302"...

Mais cette commande supprime tous les motifs ayant la valeur de ${line}.

Normal (voir ci-dessus).

je m'explique: si une valeur de ${line} est 302 la commande va supprimer par exemple 302T. Pour ça c'est ok mais elle va aussi supprimer 16302C pour afficher à la place 16. Là c'est mois cool...

Ce qui serait cool, ce serait que tu nous dises ce que tu veux!

Tu veux supprimer toute la ligne "16302[ACGT]*" et ne pas garder "16"?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

sed -e "s/.*${line}[ACGT]*//g"

Tu veux conserver la ligne parce qu'elle commence par 16302 et non par 302?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

sed -e "s/^${line}[ACGT]*//g"

Quid des lignes "302999TGCA"?

Si tu veux les conserver, c'est-à-dire si tu veux supprimer les lignes contenant "302", suivie d'au moins une occurrence de ACG ou T, alors il faut remplacer [ACGT]* par [ACGT][ACGT]* (ou une autre syntaxe (plus ou moins portable... suivant la version de "sed")).

[Piotree]

Merci à tous pour vos commentaires et suggestions...

jack-ft je veux supprimer tous les motifs du fichierA présent dans le fichierB mais pas les lignes contenant les motifs seulement les motifs. Dans le fichierA la présence des motifs sans lettres (ACGT) signifie que si on trouve un de ces motifs dans le fichierB il sera au moins suivi d'une de ces lettres ou plus.
EX dans fichierA on a 302 et dans fichierB on a 302AC mais j'ai d'autres fichiers ou on a 302T. Je veux seulement les supprimer.

Encore merci