Discussion :

[tiftif29]

Bonjour à tous,

Débutante en R, je rencontre un problème auquel je ne trouve pas de réponse..

Mon problème est le suivant :

J'ai un data frame avec 3336 observations et 10 variables (voir ci-dessous). J'ai ordonné mon data_frame selon le n° de l'animal et aussi le jour à l'aide de la ligne de code suivante (en passant j'ai viré les cases où il n'y avait pas de valeur (NA)) :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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2
FIO <- FIO[complete.cases(FIO$animal_number), ]
FIO1  <- FIO [order(FIO[,1],decreasing=FALSE),]

Je souhaitais obtenir un poids moyen par animal et par jour, j'ai donc fait une aggrégation avec l'instruction suivante :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

mean_weight <- aggregate(weight ~day_visit_time+animal_number, data = FIO1, mean)

J'ai également calculé les variables x et y : x correspond à mean-2sd et y correspond à mean+2sd.
J'ai ainsi obtenu le data.frame suivant :

Ce nouveau dataframe agregé ne contient plus que 300 lignes contre 3338 pour le premier, les merger ou appliquer la fonction cbind() est donc impossible.

Je souhaiterais savoir si mon observation z (observation n°i, jour i, animal i) est comprise dans l'intervalle y/y de son groupe (c'est à dire même jour, même n°animal).
Pour cela, je vais utiliser la fonction ifelse tel que :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

ifelse (weight <=x & weight>=y, weight, NA)

Petite particularité :
Le nombre d'observations par jour et par animal n'est pas fixé (cela peut être 10 comme cela peut être 3)

J'ai regardé au niveau des fonctions for et while (correspondance entre n°animal et jour) cela n'aboutit pas à grand chose..

N'hésitez pas à me poser des questions si vous avez des idées, des remarques, si je n'ai pas été clair etc..
Bonne journée,
Cordialement,
Tiphaine

[Supernul]

Bonjour,

regarder du côté de la fonction merge. Un exemple avec deux colonnes pour faire la jointure : https://stackoverflow.com/questions/...on-two-columns

Bonne journée

[mgdondon]

Bonjour,

J'ai ordonné mon data_frame selon le n° de l'animal et aussi le jour à l'aide de la ligne de code suivante :
FIO1 <- FIO [order(FIO[,1],decreasing=FALSE),]

Ici vous ne triez que sur la première variable, c'est-à-dire le numéro de l'animal, pas sur le jour.

Ce nouveau dataframe agregé ne contient plus que 300 lignes contre 3338 pour le premier, les merger ou appliquer la fonction cbind() est donc impossible.

Je ne comprends pas votre remarque :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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6
7
8
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> df1 <- data.frame(id=c(1,1,1,2,2,2))
> df1
  id
1  1
2  1
3  1
4  2
5  2
6  2

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
> df2 <- data.frame(id=c(1,2),poids=c(38,42))
> df2
  id poids
1  1    38
2  2    42

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
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3
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6
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8
9
> df <- merge(df1,df2,by="id")
> df
  id poids
1  1    38
2  1    38
3  1    38
4  2    42
5  2    42
6  2    42

J'ai regardé au niveau des fonctions for et while (correspondance entre n°animal et jour) cela n'aboutit pas à grand chose..

Vous pouvez regarder cette discussion pour résoudre le problème avec une boucle.

Cordialement,

[tiftif29]

Bonjour ,

Merci beaucoup pour vos réponses. J'ai trouvé la solution grâce à vous !

J'ai trouvé cette solution dans la fonction merge! j'avais oublié de mettre entre guillemets l'argument by. Merci vraiment, ça m'a bien aidé, problème résolu donc !


A très vite,
Cordialement,
Tiphaine