Discussion :

[_Camille_]

Bonjour à tous !
J'ai une BDD concernant des relevés entomologiques.
En ligne se trouvent les relevés, et en colonne se trouvent différentes informations telles que les espèces (abondance dans chaque case), les traits biologiques (pourcentage de représenté dans chaque relevé), le type de culture de chaque relevé, etc.

J'ai au total 13 colonnes de traits et donc une colonne avec le type de culture (qualitative).
J'ai fait au préalable une ACP sur les traits. Je voudrais savoir quel type d'analyse je pourrais utiliser afin de faire ressortir un éventuel lien entre le type de culture et les traits qui vont être les plus représentés ?

Merci de votre aide

[faubry]

Une première solution qui permet déjà de sa faire une idée sur le lien entre la variable qualitative et les autres variables est de faire une ACP sur les autres variables en ajoutant la variable qualitative comme variable supplémentaire (ou illustrative). Cette approche est quelques fois appelée 'ACP à la française' dans la littérature anglo-saxonne. C'est parfaitement possible avec la fonction ACP du package de FactoMineR.

[_Camille_]

Merci pour l'info ! Je vais regarder cela alors

[_Camille_]

Bonjour !
Alors du coup j'ai tenté de faire la méthode avec le FactoMineR

Au préalable j'ai donc refait ma BDD: il y a 15 colonnes -> une des relevés avec donc les relevés en ligne, une des cultures, et 13 sur les traits.
Chaque case représente une valeur de trait moyen dans chaque relevé.
J'ai donc fait la formule suivante pour faire apparaître mes traits:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

res.pca= PCA(Trait[,3:15], graph=T, ncp=3, scale.unit=TRUE)

J'obtiens ceci: Pièce jointe 268185

Du coup par la suite j'ai voulu ajouter une valeur explicative qualitative (décrite en facteur dans R) via la formule suivante:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

res.pca= PCA(Trait[,3:15], graph=T, ncp=3, scale.unit=TRUE, quali.sup=2)

J'obtiens ceci: Pièce jointe 268190

Le problème du coup c'est que cela ne fait pas apparaître ma variable, celle ci est composée de 8 modalité différentes, faut il que je précise le nombre de modalité ou du coup que je mette plus de dimension dans l'ACP? J'ai du mal à comprendre pourquoi cela ne fonctionne pas ...

[faubry]

Je ne peux pas ouvrir les pièces jointes (message 'pièce jointe non valide') mais je suppose que les graphes représentent l'espace des variables. Les modalités de la variable qualitative supplémentaire sont représentées dans l'espace des individus (barycentre des individus du groupe). Les deux espaces peuvent être superposés dans un biplot via la fonction fviz_pca_biplot du package factoextra (documentation de base plus complete : http://www.sthda.com/english/wiki/fa...-visualization)