Discussion :

[hbemar]

Bonjour à tous,

Je suis atuellement en train de réaliser un code en C et de le compiler sur R.

Le problème est que lorsque je compile mon code en C j'ai le message suivant "f3I.c:34:0: attention : « I » redéfini [enabled by default]" "
et lorsque j'ouvre le modèle sous R, celui ci ne fonctionne que pour certaines valeurs de paramètres.

Le problème vient de la fonction f3 (le code est en entier à la fin de la discussion):

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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if(*t<=te) f3=kapa;
if(*t>te) f3 =  d*I;

Je crois que C n'apprécie pas que j'utilise la variable d'état I, mais je souhaiterai faire varier mon paramètre tau en fonction de cette variable d'état dans mon modèle.
j'ai essayer de réécrire le modèle autrement, par exemple en supprimant la fonction f3 et en l'insérer directement dans le modèle comme :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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     if(*t<=te)
    dSdt = -betabis*S*I + alpha * exp(-kapa * (*t-t0)) * S * (1 - (S+I) / K )- delta*S ; 
    if(*t>te)
    dSdt = -betabis*S*I + alpha * exp(-d*I * (*t-t0)) * S * (1 - (S+I) / K )- delta*S ;

Mais cela ne fonctionne pas non plus. Quelqu'un aurait il une idée de comment réécrire le code afin de ne plus avoir ce message d'erreur?

Merci beaucoup pour votre aide et bonne journée.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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/* file lorenz.c */
#include <R.h>
#include <Rinternals.h>
#include <Rdefines.h>
#include <R_ext/Rdynload.h>
#include <Rmath.h>
#include <stdio.h>
#include <math.h>
#include <tgmath.h>
 
static double parms[10];
#define K parms[0]
#define kapa parms[1]
#define t0 parms[2]
#define alpha parms[3]
#define sigma parms[4]
#define ts parms[5]
#define te parms[6]
#define gamma parms[7]
#define beta parms[8]
#define d parms[9]
 
 
/* initializer  */
void initmod(void (* odeparms)(int *, double *))
{
    int N = 10;
    odeparms(&N, parms);
}
 
#define S y[0]
#define I y[1]
#define D y[2]
#define R y[3]
#define dSdt ydot[0]
#define dIdt ydot[1]
#define dDdt ydot[2]
#define dRdt ydot[3]
 
 
/* Derivatives and 1 output variable */
void derivs (int *neq, double *t, double *y, double *ydot,
             double *yout, int *ip)
{
    if (ip[0] < 1) error("nout should be at least 1") ;
 
double gammabis ;
if(*t<=ts) gammabis=0* *t;
if(*t>ts) gammabis=gamma; 
 
double betabis ;
if(*t<=ts) betabis=0* *t;
if(*t>ts) betabis=beta; 
 
double delta ;
if(*t<=ts) delta=0* *t;
if(*t>ts) delta=sigma *(1- exp(-kapa * (*t-ts)));
 
double f3 ;
if(*t<=te) f3=kapa;
if(*t>te) f3 =  d*I;
 
double tau ;
tau=alpha * exp(-f3 * (*t-t0));
 
    dSdt = -betabis*S*I + alpha * exp(-tau* (*t-t0)) * S * (1 - (S+I) / K )- delta*S ; 
    dIdt = betabis * S * I - (delta+gammabis) *I;
 
yout[0] = S + I  ;
 
}
 
/* END file mymod.c */

[ternel]

C'est parce que tu as déjà un I de défini.

[hbemar]

Oui et c'est justement la valeur de ce I au temps t que je veux pour multiplier après avec d

[Médinoc]

Ton EDI ne te signale pas où était défini I précédemment?

[ternel]

Par "déjà défini", il faut comprendre que ton "I" est #define deux fois, possiblement différemment.
C'est une faute.

Au sens du C, #define crée un remplacement de texte dans le code source, ca ne déclare pas une "variable magique pour R".
En réalité, I est remplacé partout par sa définition (à savoir, y[1]).

Ca semble la manière de faire pour R, mais je conseillerai quand même de passer une des macros d'indices dans le tableau y, comme #define I_index 1, et un meilleur nom pour y (par exemple variables ou vars).

le code serait vars[I_index].