Discussion :

[abdou3058]

bonjour tous le monde
j'ai une liste qui ressemble à ca :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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@t =(
### Actinobacteria
T0003
T0007
T0016
### Nematodes 
T0009
### Acidobaacteria 
T0004
T0107
T0116
 ce que je veux est de compter les lignes qui suivent chaque clade séparément 
j'ai galéré mais j'y arrive pas 
mon code actuel est :
@liste = grep {$_=~m/^T\d\d\d\d\d|^###\s/}@taxonomy;
foreach (@liste){
if ($_=~m/^T\d\d\d\d\d/){
$compteur=1;
push (@sax,$compteur);
 
 
}
 
 
 
 
}

merci d'avance de votre aide; bonne journée

[abdou3058]

bonjour;
mon code actuel ressemble à ca :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $taxo;
open($taxo ,'<','taxonomy');
 
my @taxonomy;
while (my $ligne = <$taxo>){
push (@taxonomy, $ligne);
#print "$ligne\n";
 
}
my @liste;
my @dox;
 
my @sax;
my @clade3;
my $z=0;
my %hash;
@liste = grep {$_=~m/^T\d\d\d\d\d|^###\s/}@taxonomy;
my $compteur=0;
foreach (@liste){
if ($_=~m/^T\d\d\d\d\d/i){
$compteur++;
push (@sax,$compteur);
}
elsif($_=~m/^###\s/){
$compteur=0;}
print "$compteur:$_\n";
 
}
 
<>;

mais ce que je veux est de compter les lignes qui commence par T pour chaque clade (^###)
j'y arrive pas merci de vos aide
bonne journée

[abdou3058]

voilà mon code actuell
mais les résultats qui sortent ne correspondent pas pour chaque clade il m'attribue le comptage du clade précédent

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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@liste = grep {$_=~m/^T\d\d\d\d\d|^###\s/}@taxonomy;
my $compteur=0;
foreach (@liste){
my $z++;
if ($_=~m/^T\d\d\d\d\d/i){
$compteur++;
 
 
}
if($_=~m/^###\s/){
 
$hash{$_} = $compteur;
$compteur=0;}
}
 
 
foreach my $i (keys (%hash)){
 print "$i=>$hash{$i}\n"}

[Lolo78]

Bonsoir,

Lis ton fichier ligne à ligne.
Si tu rencontres une espèces (une ligne de type ### Actinobacteria), extrait le nom qui te servira de clef pour un hachage.
Continue à lire les lignes, et compte les lignes commençant par T
Si tu rencontres une ligne ne commençant pas par T, tu commences une nouvelle espèce; il faut alors remplir le hachage avec le nom mémorisé précédemment comme clé et le compteur;
là, tu réinitialise le compteur, mémorise l nouvelle espèce et recommence pour la suite.

Après avoir fini de lire le fichier, ne pas oublier de remplir le hachage avec la dernière espèce traitée.

[abdou3058]

bonsoir

c'est exactement l'algorithme que j'ai suivi , mais ca me donne des resultats bizzare il attribue le comptage à une clé qui ne corresponde pas au final j'arrive à sortir les clés et aussi le comptage mais il donne arbitrairement chaque valeur à n'importe quel clé
aussi j'ai besoin de savoir comment marquer chaque clé (^###) sur le coup sans faire le while
voilà mon code

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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use strict;
use warnings;
 
######question 2 PARTIE III#### 
 
 
my $taxo;
open($taxo ,'<','taxonomy');
my %hash_clade_13;
 
my @taxonomy;
while (my $ligne = <$taxo>){
push (@taxonomy, $ligne);
#print "$ligne\n";
 
}
my @liste;
my $kays;
@liste = grep {$_=~m/^T\d\d\d\d\d|^###\s/}@taxonomy;
#print "@liste\n";
my $compteur=0;
foreach (@liste){
my $z++;
if ($_=~m/^T\d\d\d\d\d/i){
$compteur++;
 
 
}
if($_=~m/^###\s/){
$kays=$_;
 
$hash_clade_13{$kays} = $compteur;
$compteur=0;}
}
 
 
foreach my $i (keys (%hash_clade_13)){
#print "$i=>$hash_clade_13{$i}\n"
 }
foreach  (keys(%hash_clade_13)){
if ($hash_clade_13{$_}>13){
print "$_=>$hash_clade_13{$_}\n";}
}

merci beaucoup lolo78 bonne soirée

[abdou3058]

aussi
j'essaie de faire un hash de tableaux avec les clade (### Alveolates par ex) qui contient plusieurs valeurs qui sont les especes (hsa par ex ) donc plusieurs clés associes à plusieurs especes chacune , mais le code que j'ai ne m'attrappe que 21 clés tant que j'attendais à 47 dans mon fichiers et aucune especes associes avec les clés voilà mon code

Code :

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#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
 
my $taxo;
open($taxo ,'<','taxonomy');
my @taxonomy;
while (my $ligne = <$taxo>){
push (@taxonomy, $ligne);
 
}
my @t;
my @esp;
my $x;
my $Z=0;
my (%donnees, $dk);
foreach $x(@taxonomy){
if ($x=~m/^###\s/){$dk=$x;$Z++}
if ($x=~m/^T\d\d\d\d\d\s/g){
@esp=split/\s/,$x;
${$donnees{$dk}}[$Z]=$esp[1];
 
}
 
}
 
my @liste_cles = keys (%donnees);
my $P=$#liste_cles + 1;
print "$P\n";
print "@liste_cles\n";
my $A=@{$donnees{"### Alveolates"}};
 
 
 
 
<>

merci par avance

[Lolo78]

Bonjour,

voici un exemple simple avec des données sur les couleurs, utilisant un simple hachage:

Code :

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use strict;
use warnings;
 
my @couleurs = qw /
    ##bleus
    ciel
    marine
    outremer
    ##rouges
    cerise
    brique
    sang_de_boeuf
    ecarlate
    ##jaune
    d-or
    serein /;
 
my (%histogramme, $couleur_base);;
for my $coul (@couleurs) {
     if ($coul =~ /#+(\w+)/) {
     	$couleur_base = $1;
     	next;
     }
     $histogramme{$couleur_base} ++;
}
print "$_ $histogramme{$_}\n" for sort keys %histogramme;

Ce qui affiche:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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bleus 3
jaune 2
rouges 4

[abdou3058]

bonjour
merci beaucoup lolo78 votre code est claire et ca marche, avec mes données aussi mais je comprends pas qu'est ce que signifi next dans ce contexte et for sort keys à la fin et comment t'as lancé le compteur , aussi moi j'ai essayé qu'avec la fonction foreach est ce que c'est pareil svp ??

Code :

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my $taxo;
open($taxo ,'<','taxonomy');
my %hash_clade_13;
my $clade_especes;
my @taxonomy;
while (my $ligne = <$taxo>){
push (@taxonomy, $ligne);
#print "$ligne\n";
 
}
my @liste;
@liste = grep {$_=~m/^T\d\d\d\d\d|^###\s/}@taxonomy;
for my $x(@liste){
if ($x =~ /^###\s(\w+)/){
$clade_especes=$1;
next;
 
}
$hash_clade_13{$clade_especes}++;
 
}
 
print "$_ $hash_clade_13{$_}\n" for sort keys %hash_clade_13;
 
<>;

merci beaucoup

[Lolo78]

Bonjour,

Sur le next: si la ligne commence par #, je mets à jour $couleur_base (pour alimenter ensuite le hachage de compteurs) et le next dit de passer à l'élément suivant, car je ne veux pas effectuer l'incrémentation du compteur pour la ligne de titre. Dans ce cas, on aurait aussi bien pu écrire!:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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for my $coul (@couleurs) {
    if ($coul =~ /#+(\w+)/) {
        $couleur_base = $1;
    } else {
        $histogramme{$couleur_base} ++;
    }
}

A la fin, on boucle sur les clefs diu hachage pour imprimer leur valeur et les compteurs associés. Le sort est ici assez inutile, il trie les clef du hachage.

Sinon, "for" et "foreach" sont synonymes et font la même chose.

[abdou3058]

merci beaucoup des explications j'ai trié aprés que les clades qui ont plus de 13 especes voilà le code

Code :

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for my $x(@liste){
if ($x =~ /^###\s(\w+)/){
$clade_especes=$1;
next;
 
}
$hash_clade_13{$clade_especes}++;
 
}
 
my %hash_clade_sorted;
my $clade_espece_sorted;
print "PARTIE III(question 2):les clades qui ont plus que 13 especes sont :\n";
while( my ($k,$v) = each(%hash_clade_13) ) {
if ($v>13) {
$clade_espece_sorted=$k;
$hash_clade_sorted{$clade_espece_sorted}=$v;
 
print "Clef=$clade_espece_sorted=> Valeur=$hash_clade_sorted{$clade_espece_sorted}\n";
}
 
}

ca marche parfaitement je passe à une autre question
bonne journée à vous tous

[Lolo78]

Bonjour,

je te conseille très fortement de prendre a peine d'indenter ton code correctement (espaces en début de ligne pour faire apparaître la structure logique du programme), comme je l'ai fait dans mes exemples de code. Cela te fera gagner beaucoup de temps, surtout quand tes programmes deviendront plus complexes. Le compilateur s'en moque, mais le lecteur humain y tient beaucoup. C'est vraiment essentiel.

[abdou3058]

oui c est vrai merci c'est pour ca j'oublie à chaque fois les ; et {}
merci infiniment de votre aide