Discussion :

[Seabirds]

Bonjour à toutes et à tous !

J'ai besoin de manipuler une structure de données qui a cette forme :
Chaque ligne représente un individu récolté à une coordonnée pas forcément unique dans le jeu de données. Pour chaque individu on a une valeur associée à l'allèle A1 (ou A2) d'un locus ( = un point du génome) auquel est attribué un joli nom (locus DJRD456 par exemple). Taille actuelle : 300 ind x 20 locus x 2 alleles

Code :

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____|   coords   |        nom locus 1  ||   nom locus 2     ||     ... 
____|___________|       A1       A2   ||       A1      A2   ||     ... 
-------------------------------------------------------------------------------
1     | (44 ; 1.5)   |    123   154    ||    211   456    ||     ...
2     | (44 ; 1.5)   |    211   456    ||    123   211    ||     ...
3     | (39 ; 3.5)   |    434   111    ||    434   154    ||     ...

J'ai bien fait un truc qui marche (mais crado, trop compliqué, très certainement pas du tout efficace, un peu comme mon tableau ci-dessus ) et évidemment je galère à lui filer une interface sympatoche.
Je suis très mauvais dans la manipulation des structures de données. Quels réflexes vous viennent ici spontanément à l'esprit ?
En vous remerciant,

[Abacar94]

Bonjour à toutes et à tous !
Taille actuelle : 300 ind x 20 locus x 2 alleles

Avant de commencer un travail tu doit te fixer certains principes.....tu veux faire une allocation statique ou dynamique ?

[Seabirds]

Merci de ta réponse
Donc ça c'est la première question qu'on doit se poser. C'est noté.

Pour l'instant le chemin d'accès au fichier est connu à la compilation et l'objet est créé sur la pile. Mais je ne sais pas si c'est la meilleure alternative.

Cette donnée est une variable du programme, j'imagine que c'est synonyme de "non-connue à la compilation"
Cela dit le temps de compilation est très faible devant le temps d'exécution, alors je ne sais pas à quel point il serait idiot de recompiler le programme pour chaque jeu de donnée à traiter.

A quel point ça ne répond pas à ta question ?

[Abacar94]

Ce que je voulait de demander quel allocation veut tu faire ?

1. Pour l'allocation statique: C'est la plus facile, on doit connaitre au préalable le nombre d’individu,de locus et d’allèle....mais elle a des inconvénient une fois qu'on fixe le nombre on ne peut plus changer
2. Pour l'allocation dynamique: c'est la plus difficile par ce qu'on doit utiliser des pointeur dans nôtres structure mais son avantage est qu'on ne fixe pas le nombres le nombre d’individu,de locus et d’allèle on insert seulement les donnée.....on peut a chaque fois ajouter d'autres données ou même en supprimer

[Seabirds]

D'accord. Alors si je comprends bien l'allocation statique est suffisante, parce que le nombre d'individus, de loci et d'allèles sont fixés par le fichier, et que le programme n'a pas vocation à rajouter/enlever des individus ou des allèles.
Par contre on doit pouvoir dupliquer le jeu de données et modifier les valeurs des allèles du jeu dupliqué, c'est faisable avec l'allocation statique ?

Je réponds encore à côté ?

[foetus]

C'est la différence entre Ma_Struct tab[XXX]; et Ma_Struct* tab = NULL;.

Mais si tu veux dupliquer bien tu fais ... 2 variables locales - statiques ou pas tab_ori et tab

[Abacar94]

Par contre on doit pouvoir dupliquer le jeu de données et modifier les valeurs des allèles du jeu dupliqué, c'est faisable avec l'allocation statique ?
Je réponds encore à côté ?

Ta parfaitement compris ce que je veut dire......et aussi tu peut dupliquer le jeu de données et modifier les valeurs des allèles du jeu dupliqué, c'est faisable avec l'allocation statique

[jo_link_noir]

Allocation dynamique ou non n'est que le résultat d'une contrainte. Je trouve le raisonnement taille variable = allocation, taille fixe = allocation statique plutôt très restrictive.

Avant toutes choses, il faut déterminer quelles seront les contraintes d'entrée et de sortie.

- La manière d'utiliser les données (grossièrement les algorithmes en jeux. Cette partie influence énormément l'interface)
- la plage de valeur ou valeur possible des données
- leur nombre: pré-définit, calculé/déduit, variable, limité
- les contraintes de temps et de mémoire.
- etc

Sinon, de façon naïve, les données sont des structures (locus, coord, ligne) et les données multiples des tableaux (vector ou array). En essayant toutefois de linéariser les vectors de vectors pour une question de vitesse d'accès. Mais ce n'est pas cela qui devrait changer l'interface.