Discussion :

[pontarose]

Bonjour,

J'ai 2 fichiers.
Je voudrais stocker mes valeurs dans un tableau multidimensionnel

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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fichier 1
item1 2 8
item2 3 6

tab[ligne1][colonne1]= 2
tab[ligne1][colonne2]= 8
tab[ligne2][colonne1]= 3
tab[ligne2][colonne2]= 6

fichier 2

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
>reference
catgtgcgtctatgcatgcagt

Je voudrais stocker également ces deux valeurs dans un tableau.
tab2[refernce]=catgtgcgtctatgcatgcagt


Pour enfin parcourir mes 2 tableaux et extraire l'information qui m'interesse.
parcourir tab
parcourir tab2

Merci par avance

[N_BaH]

Bonjour,

awk fait ça très bien, "nativement".
cf. GNU Awk Manual User's Guide

[pontarose]

Merci de votre réponse.


J'ai lu lelien mais je n'arrive toujours pas à comprendre!

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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while read nom deb fin
do
echo "$nomseq" "$start" "$stop"
 
declare -A tableau
 
   tableau[lin_1,col_1]=$nomseq
   tableau[lin_2,col_2]=$start
   tableau[lin_3,col_3]=$stop
 
done < fichier1

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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while read nom sequence
do
echo $nom
echo $sequence
tabl[$nom]=[$sequence]
done <fihcier2

#parcours des 2 fichiers

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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for i in "tableau[@]"
do
echo "ligne: $l ; colonne:$tableau["$l","$c"]"";
done
for (name in tabl) {
       print "Nom : " name " | Home : " tabl[name]
}
#calcul

Je n'arrive pas à afficher tous les éléments de mon tableau

[N_BaH]

Attention, tu mélanges les syntaxes bash et awk; ça va pas le faire !

à ta place, je ferais tout en awk, ça risque de vite tourner à l'usine à gaz en bash !
les tableaux associatifs sont hashés, ils ne seront pas affichés dans l'ordre.
il existe en gawk des fonctions de tri des tableaux, qui permettront de les restituer dans un ordre donné, pas en bash.

[pontarose]

Je ne comprends pas ce qui ne va pas dans mon script!
je ne comprends pas comment construire un tableau multidimensionnel avec cette histoire SUBSEP is "@"

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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BEGIN{FS="\t"}
 {
for (i=1;i<NF;i++)
tab[$1,$2]=$3
}
END {
#affichage
for (x = 1; x <= NF; x++) 
{for (y = NR; y <= 1; y++)
               print (tab[x, y])
          print("\n")
     }
}

#fichier 2

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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BEGIN{FS="\t"}
{
for (i=1;i<NF;i++) 
tab2[$1]=$2
}
END {
    for (mot in tab2)
            print  mot, tab2[mot]
}

je ne demande pas la réponse mais si vous pouviez m'expliquer car j'ai beau lire mais je ne pense pas avoir compris

[N_BaH]

t'étais pas loin.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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$ cat fichier1 
item1 2 8
item2 3 6

en gros :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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$ awk '{for (i=1;i<=NF;i++){ar[NR][++c]=$i}};END{for(i in ar){for(y in ar[i])printf("%s\t",ar[i][y]); print ""}}' fichier1 
item1   2       8
item2   3       6

le deuxième fichier peut être traité en bash (sauf l'ordre).
mais les deux tableaux n'existant pas dans le même contexte ne pourront interagir l'un avec l'autre.

ça vaudrait le coup que, en situation, tu nous montres ce que tu veux faire.