Discussion :

[mido1951]

Bonjour,
J'ai un ensemble d'entêtes avec leurs séquences:
Voici un exemple:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
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9
10
>channel_109_read_10_twodirections_Corr
CTAATTAATGAAAACGTCCTTGGCAAATGCT-TTC-GCAGTAGTTAGTCTTCAATAAATCCAAGAATTTCACCTCTGACAAT
>channel_109_read_10_template
TACTTTAATGAAAACGTCCTTGGCAAATGCT-TTCGCAGTAGTTAGTCTTCAATAAATCCAAGAATTTCACCTCTGACAATTGAATACTGATGCCCCCGACCGTCC
>channel_42_read_11_twodirections
TCCTACCGCACCCTGCATTCGAACCGACTTCTAATGTTCGACCGCAAACC
>channel_396_read_70_complement_CC
ATATCGGAGCCAATGTATATCGAGAAAATCCGTGAAGATATCAGACAGGTAGAGAACCTTTTAAATAAAGAAAATGTAAAGATTACGGT
>channel_113_read_8_twodirections
CTAAGGTTTAGTCATGGAGAAGACAAGTTCGAAAAGAGTTTGGAAACGAATTCGAGTAGGCTTGTCGTTCGTTATGTTTTTGTAAATGGCCTCGTCAAAC

Comme vous voyez il y a des séquences qui contiennent "template" et compelement et moi je veux éliminer ces séquences avec leurs entêtes.
Est-ce que vous pouvez m'aider sur ce problème?
Merci

[Matt_Houston]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

sed '/channel_[0-9]\+_read_[0-9]\+_template/{N;d;}' fichier.txt

[mido1951]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

sed '/channel_[0-9]\+_read_[0-9]\+_template/{N;d;}' fichier.txt

excusez-moi est-ce que vous pouvez m'expliquer comment faire?
MErci

[BufferBob]

salut,

je propose, avec le souci de me faire comprendre par ceux qui me liront qui s'inscrira dans la continuité de la discussion :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

$ sed -e '/template\|complement/,/^[^>]/d' fichier

[mido1951]

salut,

je propose, avec le souci de me faire comprendre par ceux qui me liront qui s'inscrira dans la continuité de la discussion :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

$ sed -e '/template\|complement/,/^[^>]/d' fichier

elle ne permet pas de supprimer la séquence et son entête où il y a le mot "template" ou complement".

[BufferBob]

elle ne permet pas de supprimer la séquence et son entête où il y a le mot "template" ou complement".

si