Discussion :

[Djeu Kuru]

Bonjour à Tous,

J'ai besoin d'une méthode afin de comparer des traits biologique (reliés à un paramètre environnemental) avec une phylogénie.

J'ai une phylogénie de plante et un tableau de traits adaptatifs (exemple en colonne : lumière minimum de croissance, lumière optimal, etc.) et en lignes mes différentes souches.
J'aimerais relié la phylogénie de mes souches avec ce tableau d'adaptation à la lumière pour voir si il existe des écotypes lié à ce paramètre.

Je suis sure qu'il existe des outils puissant pour cela mais je n'arrive pas à trouver ce que je veux sur le web.
Auriez-vous des suggestions ? Si oui comment construire la matrice phylogénétique ? est-il possible directement avec un fichier .fas ? ou un simple fichier de séquence ?

Merci beaucoup,

Djeu Kuru

[juliatheric]

Bonjour,
Voir par exemple du côté de la bibliothèque ape. Cette image montre justement comment enrichir une phylo. avec des traits ; il y a d'autres exemples sur le site..
Vous avez sans doute aligné vos séquences avant de construire l'arbre. Il se pourrait donc que vous utilisez d'autres outils pour faire le traitement de séquences. Si ces suppositions s'avèrent correctes, vous pourrez explorer le projet Bioconductor, il a beaucoup d'outils dédiés à ces tâches et qui sont bien intégrés les uns aux autres : les sorties obtenues avec certains outils deviennent les entrées pour d'autres outils. Par exemple, pour l'annotation des arbres phylo., il y a la bibliothèque ggtree (qui se base sur certaines fonctionnalités de ape) :

• sur cette page, on montre comment annoter un arbre avec de sous-graphiques, ce qui est faisable dans vos cas puisque les traits sont quantifiables, donc représentables sous forme graphique ;
• celle-ci explique en détail les fonctionnalités d'annotation de ggtree.

[Djeu Kuru]

merci beaucoup je vais explorer tout ça

[Djeu Kuru]

Salut juliatheric,

J'aimerais réaliser quelques graphes similaires à 'image que vous m'avez joint à votre message. Cependant l'exemple de code sur le site du package ape en lien avec cette image ne marche plus ..
par hasard est-ce que vous avez un exemple de code pour faire des graphs similaires ?

Merci beaucoup !
DJ

[juliatheric]

Bonjour,
Oui, ce lien vers les archives de r-sig-phylo est cassé, elles sont actuellement accessibles à partir de cette page. Pour cette image, voici le contexte :

• L'image originale fait partie d'un article publié en 2011 ; sur PubMed, elle est visible sur cette URL.
• Sur la liste de diffusion de R dédiée à la Phylogénie, quelqu'un a demandé comment reproduire cette image (la même question que la vôtre donc).
• La réponse est venue du mainteneur du paquet ape, Emmanuel PARADIS. Elle se trouve ici (i.e. le code inclus).

[Djeu Kuru]

En effet j'ai envoyé un mail à l'un des auteurs du papier mais je n'ai pas reçu de réponse à ce jour.
Merci beaucoup pour votre du coup c'est exactement ce que je cherchais