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Bioinformatique Perl Discussion :

Tutoriel - Comment installer le module BioPerl ? [Tutoriel]


Sujet :

Bioinformatique Perl

  1. #1
    Responsable Perl et Outils

    Avatar de djibril
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    Par défaut Tutoriel - Comment installer le module BioPerl ?
    Bonjour,

    Suite à quelques difficultés des forumeurs à installer le module BioPerl, voici un nouveau tutoriel :


    Bonne lecture et merci de me donner vos avis positifs ou négatifs, vos corrections, commentaires...

  2. #2
    Responsable Perl et Outils

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    C'est calme !

  3. #3
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    C'est trop super ça ! Un super grand Merci
    -- Jasmine --

  4. #4
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    Je remonte un topic vieux d'un peu plus d'un an...

    Mais j'avoue que je ne serais pas inintéressé par un tuto (plus orienté sur l'usage que l'installation) de la distribution Bioperl-DB qui va avec Bioperl.

    Déjà, pour l'installation j'ai pas mal ramé mais malgré toutes les erreurs que j'ai obtenu lors de l'installation (via cpan, je suis sous ubuntu par ailleurs)... mais pour ce qui est de l'utiliser dans un script basique, ce 'est vraiment pas simple. Même si la programmation orientée objet ne me fais pas trop peur en général, là c'est tout de même complexe, pas franchement intuitif et parfois on se trouve tout de même avec des erreurs ou des avertissements qui font plus penser à des bugs...

    Si un jour quelqu'un qui connaît bien cette distribution veut se lancer dans la rédaction d'un tuto, ça sera avec grand plaisir !

    En tout cas pour ce qui est de ce tuto-ci, il retrace bien le cheminement que j'avais dû suivre pour installer Bioperl sous windows (à l'époque... depuis, j'ai effacé cet épisode de ma mémoire quasiment ). Très bon boulot !

  5. #5
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    bio perl a un wiki plutôt bien fait avec pleins de howtos sur différents modules.
    Nous les geeks, c'est pas qu'on a une case en moins, c'est juste qu'on compte à partir de zéro.
    Plus les choses changent, plus elles restent les mêmes

  6. #6
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    Oui Gardyen, pour bon nombre de modules de Bioperl, le wiki est largement suffisant pour bien démarrer. Mais Bioperl-db en soit est assez hermétique... La doc au sujet des modules (http://http://doc.bioperl.org/bioperl-db/) est moins bien renseignée, bien que bâtie comme pour bioperl (http://doc.bioperl.org/releases/bioperl-1.6.1/) et la mise en oeuvre en est du coup plus difficile à cerner.
    Mes quelques essais récents m'ont (et me posent encore) quelques soucis, avec des modules qui bien que maintenant installés ont produits nombre d'erreurs lors des tests pré-installation et produisent encore nombre d'erreurs et d'avertissements quand je les utilise, même avec les scripts fournis dans le zip sur github...
    ça ne semble pas très "propre", ce qui me fait penser que je ne dois pas bien l'utiliser, ou bien... ?

    Mais si quelqu'un ici a connaissance d'un petit tuto quelque part spécifique bioperl-db (pas juste bioperl), je suis preneur !

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