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R Discussion :

Installation d'un package


Sujet :

R

Vue hybride

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  1. #1
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    Par défaut Installation d'un package
    Bonjour,
    j'ai besoin d'utiliser le package XML2R situé à cette adresse : http://cran.r-project.org/web/packages/XML2R/index.html
    J'ai téléchargé le package (Package source: XML2R_0.0.5.tar.gz ) puis j'ai utilisé la fonctionnalité 'install package' de rstudio pour l'installer. J'ai essayé aussi de donner directement l'url du cran pour l'installation.

    J'ai alors ce message dans tous les cas :
    install.packages("~/workspace/language_R/XML2R_0.0.5.tar.gz", repos = NULL, type = "source")
    Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
    (as ‘lib’ is unspecified)
    ERROR: dependencies ‘XML’, ‘RCurl’ are not available for package ‘XML2R’
    * removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/XML2R’
    Warning in install.packages :
    installation of package ‘/home/user/workspace/language_R/XML2R_0.0.5.tar.gz’ had non-zero exit status
    J'ai également essayé la commande
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    install.packages("XML2R")
    fournit dans le fichier 'readme' du package que j'ai téléchargé :
    XML2R
    =======

    EasieR XML data collection. For an introduction to the package, see [here](http://cpsievert.github.io/XML2R/)

    To install the [CRAN](http://cran.r-project.org/web/packages/XML2R/index.html) version use: `install.packages("XML2R"); library(XML2R)`
    et j'obtiens :
    > install.packages("XML2R")
    Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
    (as ‘lib’ is unspecified)
    also installing the dependencies ‘XML’, ‘RCurl’

    essai de l'URL 'http://cran.rstudio.com/src/contrib/XML_3.98-1.1.tar.gz'
    Content type 'application/x-gzip' length 1582216 bytes (1.5 Mb)
    URL ouverte
    ==================================================
    downloaded 1.5 Mb

    essai de l'URL 'http://cran.rstudio.com/src/contrib/RCurl_1.95-4.1.tar.gz'
    Content type 'application/x-gzip' length 870915 bytes (850 Kb)
    URL ouverte
    ==================================================
    downloaded 850 Kb

    essai de l'URL 'http://cran.rstudio.com/src/contrib/XML2R_0.0.5.tar.gz'
    Content type 'application/x-gzip' length 8829 bytes
    URL ouverte
    ==================================================
    downloaded 8829 bytes

    * installing *source* package ‘XML’ ...
    ** package ‘XML’ correctement décompressé et sommes MD5 vérifiées
    checking for gcc... gcc
    checking for C compiler default output file name...
    rm: cannot remove `a.out.dSYM': Is a directory
    a.out
    checking whether the C compiler works... yes
    checking whether we are cross compiling... no
    checking for suffix of executables...
    checking for suffix of object files... o
    checking whether we are using the GNU C compiler... yes
    checking whether gcc accepts -g... yes
    checking for gcc option to accept ISO C89... none needed
    checking how to run the C preprocessor... gcc -E
    checking for sed... /bin/sed
    checking for pkg-config... /usr/bin/pkg-config
    checking for xml2-config... no
    Cannot find xml2-config
    ERROR: configuration failed for package ‘XML’
    * removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/XML’
    Warning in install.packages :
    installation of package ‘XML’ had non-zero exit status
    * installing *source* package ‘RCurl’ ...
    ** package ‘RCurl’ correctement décompressé et sommes MD5 vérifiées
    checking for curl-config... no
    Cannot find curl-config
    ERROR: configuration failed for package ‘RCurl’
    * removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/RCurl’
    Warning in install.packages :
    installation of package ‘RCurl’ had non-zero exit status
    ERROR: dependencies ‘XML’, ‘RCurl’ are not available for package ‘XML2R’
    * removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/XML2R’
    Warning in install.packages :
    installation of package ‘XML2R’ had non-zero exit status

    The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpeH8dJP/downloaded_packages’
    > library(XML2R)
    Erreur dans library(XML2R) : aucun package nommé ‘XML2R’ n'est trouvé

    C'est la première fois que j'installe un package alors je ne sais pas si je fais une mauvaise manipulation.
    Merci pour votre aide

  2. #2
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    Par défaut Utilise la version Windows .zip
    Bonjour,
    Tu peux choisir la version suivante, qui est dans la meme page du lien que tu as transmis:
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    Windows binary: XML2R_0.0.5.zip
    Pas la peine de décompresser le zip. Utilise la même procédure pour l'installation. Cela devrait marcher.
    Merci

  3. #3
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    Par défaut
    Merci pour ta réponse.
    J'ai oublié de préciser que je suis sous ubuntu donc je ne peux pas utiliser la version
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    Windows binary: XML2R_0.0.5.zip

  4. #4
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    Par défaut
    Bonjour,

    cette vidéo (implementing Rstudio and R on Ubuntu) sur youtube peut vous intéresser (installation des packages via un site miroir vers la 8ème minute):


    Bonne continuation

  5. #5
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    Par défaut
    merci, je viens de regarder cette vidéo. J'ai fait la même manipulation pour installer mon package mais j'obtiens le même résultat.

    > install.packages("XML2R")
    Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
    (as ‘lib’ is unspecified)
    also installing the dependencies ‘XML’, ‘RCurl’

    essai de l'URL 'http://cran.rstudio.com/src/contrib/XML_3.98-1.1.tar.gz'
    Content type 'application/x-gzip' length 1582216 bytes (1.5 Mb)
    URL ouverte
    ==================================================
    downloaded 1.5 Mb

    essai de l'URL 'http://cran.rstudio.com/src/contrib/RCurl_1.95-4.1.tar.gz'
    Content type 'application/x-gzip' length 870915 bytes (850 Kb)
    URL ouverte
    ==================================================
    downloaded 850 Kb

    essai de l'URL 'http://cran.rstudio.com/src/contrib/XML2R_0.0.5.tar.gz'
    Content type 'application/x-gzip' length 8829 bytes
    URL ouverte
    ==================================================
    downloaded 8829 bytes

    * installing *source* package ‘XML’ ...
    ** package ‘XML’ correctement décompressé et sommes MD5 vérifiées
    checking for gcc... gcc
    checking for C compiler default output file name...
    rm: cannot remove `a.out.dSYM': Is a directory
    a.out
    checking whether the C compiler works... yes
    checking whether we are cross compiling... no
    checking for suffix of executables...
    checking for suffix of object files... o
    checking whether we are using the GNU C compiler... yes
    checking whether gcc accepts -g... yes
    checking for gcc option to accept ISO C89... none needed
    checking how to run the C preprocessor... gcc -E
    checking for sed... /bin/sed
    checking for pkg-config... /usr/bin/pkg-config
    checking for xml2-config... no
    Cannot find xml2-config
    ERROR: configuration failed for package ‘XML’
    * removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/XML’
    Warning in install.packages :
    installation of package ‘XML’ had non-zero exit status
    * installing *source* package ‘RCurl’ ...
    ** package ‘RCurl’ correctement décompressé et sommes MD5 vérifiées
    checking for curl-config... no
    Cannot find curl-config
    ERROR: configuration failed for package ‘RCurl’
    * removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/RCurl’
    Warning in install.packages :
    installation of package ‘RCurl’ had non-zero exit status
    ERROR: dependencies ‘XML’, ‘RCurl’ are not available for package ‘XML2R’
    * removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/XML2R’
    Warning in install.packages :
    installation of package ‘XML2R’ had non-zero exit status

    The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpeH8dJP/downloaded_packages’
    > library(XML2R)
    Erreur dans library(XML2R) : aucun package nommé ‘XML2R’ n'est trouvé

  6. #6
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    HTH

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