Discussion :

[Nenette_cherie]

Bonjour,

Je travaille actuellement sur une base access 2003. Pour faire une analyse bioinfo, j'ai besoin de comparer efficacement des patterns entre eux afin de :

- voir les inclusions (un pattern est en fait une sous partie d'un autre)
C-G-D est inclu dans M-P-C-G-D-Y
C-G-D est aussi inclu dans M-P-[CD]-G-D(2)-[YRM]
(je précise que les patterns sont au format "Prosite" d'origine -pour ceux qui connaissent- mais je les traduis en SQL lors du traitement par expressions régulières et les fonctions associées)

- les recouvrements (la fin d'un pattern est le début d'un autre)...
ex simple : M-P-C-G-D / C-G-D-Y-L

Je n'ai malheureusement rien trouver sur ce thème . Les seuls exemples sur les expressions régulières en SQL (ou autres) sont pour effectuer des recherches dans des chaines de caractères. Je n'ai pas trouver de solutions pour permettre d'analyser (à la place des chaine de caractères habituelles) des patterns. Je ne veux pas non plus faire toutes les combinaisons possibles des patterns pour les mettre en chaines de caractères car cela serait vraiment énormes.

à titre d'idées :
je travaille sur des séquences protéiques (20 acides aminés) avec en plus, la possiblité dans les pattern de mettre des incertitudes (c'est à dire un X symbolisant une des 20 lettres).
Exemple de pattern : C-G-x-D : longueur 4, 20 combinaison possibles !! mais voici un plutot le genre de pattern que je peux obtenir : C-G-x(2,4)-D (que je convertis bien sur en SQL pour un traitement info) représente une séquence de longueur 5 à 7, mais cela donne (à cause du x) de nombreuses combinaisons !!

Je suis ouverte à toutes suggestions... Merci !

[pgz]

Bonjour,

Faut-il comprendre avec les exemples que tu as donnés que dans les recherches d'inclusion :
- les séparateurs du genre - ' / ... sont ignorés?
- dans le cas de C-G-x(2,4)-D, comment doit être traité (2,4), comme un carractère unique?

pgz

[Nenette_cherie]

Bonjour,

Faut-il comprendre avec les exemples que tu as donnés que dans les recherches d'inclusion :
- les séparateurs du genre - ' / ... sont ignorés?
- dans le cas de C-G-x(2,4)-D, comment doit être traité (2,4), comme un carractère unique?

pgz

Effectivement, les - sont enlevés lors du passage en sql.
en ce qui concerne les parenthèses, cela correspond à un intervalle de 2 à 4 acides aminés parmis les 20 possibles, donnant une chaine de longueur finale de 5 à 7 acides aminés.
soit en SQL : CGD.{2,4}D
Il s'agit vraiment de comparer 2 expressions régulières entre elles pour savoir si l'une comprends (inclu) l'autre ou si son début = la fin de l'autre. En prenant bien sur toutes les combinaisons des expressions régulières en compte. Ainsi, CGD.{2,4]D inclu les motifs CDG, CGDY, CGD.{2}D, C.DYN mais pas CGD.D (manque un acide aminé)

[Shansson]

Bonjour,
Je n'ai pas de réponse immédiate, mais tu peux toujours essayer de trouver ton bonheur ici : Les Expressions Rationnelles appliquées en VBA Access

[Nenette_cherie]

Merci quand même mais j'avais déjà regardé maintes et maintes fois ce tuto (très bien fait d'ailleurs) mais je n'ai pas trouvé mon bonheur. Je vais quand même le revoir (on ne sait jamais... ). Je continuerais un peu de chercher dans cette voie mais je vais envisager d'autres solutions également. Si jamais vous trouvez une solution plus tard, elle sera toujours la bienvenue !Merci à tous !