Shell dans shell, tourne sans arrêt

Invité · 08/05/2013, 20h39

Bonjour,

ca fait plusieurs jours que je travaille sur un programme pour extraire des résultats d'une simulation et j'ai quelques problèmes:

J'ai un shell qui démarre ma simulation et qui une fois le calcul terminé doit lancer un autre shell qui s'occupe d'extraire les fameux résultats, les mettre dans un dossier, le transfert sur un autre PC et lance le traitement des données avec MATLAB.
Il y a déjà longtemps que j'utilise le premier donc de ce coté là, rien à signaler mais lorsque que j'intègre le second, il est bloqué dans un boucle qui me refait sans aret ma simulation, ce que je ne veux pas. Vous en pensez quoi?

Voici le premier shell:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/bin/sh
 
SIM_TAB=( 'Cas_test' )
PRO_NUM=8
DESTINATION= BLABLA
 
 
# ==========BOUCLE==================
SIM_NUM=${#SIM_TAB[*]}
 
for((i=0;i<=($SIM_NUM - 1);i++))
do
SIM_NAME=${SIM_TAB[$i]}
 
BATCH_NAME=$SIM_NAME'.sh'
cp batch-4-18.sh $SIM_NAME/$BATCH_NAME
cd $SIM_NAME
qsub -pe mpich $PRO_NUM $BATCH_NAME
 
 
# =======ATTENTE FIN DE CALCUL==========
 
while [ $(qstat -r | grep -c $BATCH_NAME) -gt 0 ]
do sleep 15
done
 
# =======EXTRACTION DES RESULTATS AVEC STAR CD======
cd ..
. ./Extraction_donnees.sh
 
echo "Simulation Ended" | mail -s " $SIM_NAME ended " EMAIL
 
done
 
rm nohup.out
 
done

Et voici le second:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/bin/sh
 
echo "Simulation Ended" | mail -s " $SIM_NAME debut extraction " jonathan.brulatout.1@ens.etsmtl.ca
 
# ===== CHANGEMENT DU DOSSIER =====
source ./Simulation_18_extract.sh
cd $SIM_NAME
 
# ======EXTRACTION DES RESULTATS AVEC STAR CD=====
source /share/apps/starcd-4.18/etc/setstar
prostar x << EOT
Injecteur_Diesel
Y
Y
ifile,/state/partition1/home/jbrulatout/Data_Extraction/Export_data_only_dat_trkc.inp
quit
N
EOT
 
# Fonctionnement: Les commandes de STAR CD sont à insérer entre les deux EOT. Les trois premières lignes
# correspondent respectivement au "Case name", "Resume from model?", "Resume echo file". Ensuite viennent
# les commandes que l'on veut executer puis quitter l'application et savegarder ou pas suivant le cas.
 
 
# =====CREATION DU DOSSIER ANALYSE ET DEPLACEMENT DES FICHIERS=====
mkdir Analyse/
mv Injecteur_Diesel.trkc Injecteur_Diesel.dat Analyse/
 
 
# =======TRANSFERT DES DONNÉES======
cd ..
expect - <<ENDSCRIPT
  set timeout -1
  spawn scp -r $SIM_NAME $DESTINATION
  expect {
       "*password:*"
       {
          send "Jbr5a4.t\r"
          exp_continue
      }
  }
ENDSCRIPT
 
echo "Simulation Ended" | mail -s " $SIM_NAME ended " EMAIL
 
# =====CONNEXION LATNA=====
expect - <<ENDCONNEXION
  set timeout -1
  spawn ssh PC_DISTANT
  expect {
       "*password:*"
       {
          send "MDP\r"
          exp_continue
      }
  }
ENDCONNEXION
 
# =====EXTRACTION DES DONNEES AVEC MATBLAB=====
cd Simulation_Doctorat/Simulation_Recuperation/Last_day/$SIM_NAME/Analyse
matlab -nodesktop -nosplash - nojvm -r "addpath('/home/jbrulatout/Simulation_Doctorat/2_Analyse_Matlab'); Droplet$
 
# =====QUITTER LE LATNA=====
#exit

Merci beaucoup pour votre aide
Bonne soirée

**disedorgue** · 08/05/2013, 21h05

Bonjour,

Pourrais tu nous donner les noms de tes scripts et aussi avoir un aperçu du script sourcer dans le deuxieme script qui appelle peut-être le premier qui appelle le second qui source le script qui appelle le premier,etc... ?

il y a aussi d'autres scripts appelé, tu es peut-être dans une boucle infernale...

**N_BaH** · 08/05/2013, 21h06

Bonjour,

le mot qui détermine un document en ligne (here-doc) ne peut pas être "tabulé"

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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commande <<EOF
arg_1
arg_2
EOF

ou alors il faut en instruire le here-doc

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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commande <<-eof
arg_1
arg_2
        eof

où les espaces avant le dernier eof est une vraie tabulation (les éditeurs peuvent être paramétrés pour remplacer les tabulations par un certain nombre d'espaces).

et il y a un done en trop dans le premier script.

fais attention : /bin/sh peut ne pas être bash, et alors certaines extensions (telles les boucles for avec évaluation arithmétique : for (( i=0; i<=n;i++))) provoqueront une erreur.

Invité · 08/05/2013, 23h06

Le premier script s'appelle Simulation_18_extract.sh et il est appellé dans le second qui s'appelle Extraction_donnees.sh. Mais il n'y a pas d'autre script qui entrent en jeu.
Donc la boucle doit se faire à cause du premier script.

J'ai modifié le EOF, mais ça ne change rien.

Pour ce qui est du /bin/sh, je ne pense pas qu'il y est de problème vu que le script fonctionne bien depuis longtemps avec ça mais je me trompe peut être.

J'ai ajouté des commandes pour un envoi de mail dans les scripts et j'ai l'impression qui se passe la chose suivante:
- Le script 1 appelle le second
- Le second débute
- Mais au lieu de reprendre après l'appel du second script, il redémarre du début du premier script sans exécuter les commandes que j'ai entre les EOT...

Pourtant avant de mettre ça dans un shell, j'ai essayé les blocs en les entrant moi même dans le terminal et ça fonctionnait... Y a t il une réelle différence entre les deux?

**Flodelarab** · 08/05/2013, 23h26

Envoyé par Jo33140

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

. ./Extraction_donnees.sh

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

source ./Simulation_18_extract.sh

J'ajoute une troisième citation venue de ma console:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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$ help source
source: source filename [arguments]
    Execute commands from a file in the current shell.

Donc tu as bien un fichier qui exécute l'autre et inversement.

**thierry.chich** · 09/05/2013, 13h40

Dans un cas pareil, il y a une solution qui permet de savoir ce qui se passe:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

#/bin/sh -x

à la place du classique

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

#/bin/sh

Avec ça, on voit les commandes executees, et on n'a plus à jouer aux devinettes.

Invité · 09/05/2013, 17h22

Bonjour,

Effectivement c'est le source ./Simulation... qui posait problème. J'avais mis ça pour que le second script charge les variable du premier mais c'était une erreur de ma part...

J'ai maintenant d'autres erreurs qui apparaissent, je vais gosser un peu et si ça marche pas, je reviendrai vers vous!

En tout cas merci pour votre aide!!

Shell dans shell, tourne sans arrêt

Shell et commandes GNU

Vue hybride

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