Discussion :

[Uranne-jimmy]

Bonjour, je cherche le moyen de récupérer des abscisses de points d'inflexion de différentes courbes (des croissances bactériennes plus ou moins jolies) que j'ai traité par régression en utilisant drm avec une méthode L.3, je sais pas si vous me suivez :s

Toujours est-il que j'ai réussi à obtenir le slope (normal c'est l'un des arguments que rend drm) mais pas l'abscisse de mon point, que faire?

Si je dois passer par la double dérivé, comment récupéré de façon systématique la fonction issue de la linéarisation

(je viens tout juste d'une licence pro bioinformatique, j'ai eu des cours sur R, mais jamais allant aussi loin dans ce type de recherche)

Merci d'avance

[Meseira]

Bonjour,

quel est la nature de tes courbes? Sont-elles lisses? Peux-tu donner un exemple de tes données?

Si tes courbes sont croissantes, il te suffit de chercher les points d'annulation de la dérivée.

[Uranne-jimmy]

Bonjour, mes courbes sont de nature assez basique :
une phase de croissance lente, suivie d'une exponentielle, une phase de ralentissement et souvent une asymptote haute pour finir, une croissance bactérienne, et en effet j'ai une courbe qui apparait en général assez lisse, mais c'est un modèle que je dois adapter à un maximum de cas et donc je ne garantie pas qu'elle le soit à tous les coups.

Tu me proposes de voir à quelle valeur la dérivée s'annule, mais comment récupérer la fonction de ma régression ?

[Meseira]

Je n'ai pas parlé de régression, j'ai simplement répondu à comment trouver les points d'inflexion d'une courbe croissante. Si tu as de la régression à faire, c'est donc que tu construis toi-même tes courbes à partir de points observés, par exemple. Si tel est le cas et toujours pour des phénomènes croissants, tu peux détecter la stagnation sur des fenêtres de taille bien choisie. Il faudrait un exemple...

[Uranne-jimmy]

Excuse moi, je n'ai pas du expliquer assez correctement ma demande.
Je fonctionne avec des données expérimentales qui sortent d'un appareil qui lit tout les temps t une valeur numérique, je dois utiliser ces données pour trouver le point d'inflexion, du moins son abscisse. Je n'ai pas la possibilité de mettre des données car le pc sur lequel je travail n'a pas internet, mais google est mon ami : voici un exemple chopé sur google image et qui est semblable à mon cas : http://www.microbe-edu.org/etudiant/imgphisio/hem2.jpg

En gros dans mon parcours sur R, j'ai des données, je fait une regression en utilisant drc, ça me donne une courbe, je ne sais pas comment récuperer la courbe ni comment trouver directement l'abscisse que je recherche.
La fonction sera de ce type: y=(asymptote haute)/(exp(-slope*(log(x)-log(IC50)))
Et la fonction drm me retourne également les paramètres asymptote haute, slope, IC50.

Je suis désolé je ne peux pas présenter d'autres données, je suis limité à internet sur ce PC-ci.

[Sengar]

En gros dans mon parcours sur R, j'ai des données, je fait une regression en utilisant drc, ça me donne une courbe, je ne sais pas comment récuperer la courbe ni comment trouver directement l'abscisse que je recherche.
La fonction sera de ce type: y=(asymptote haute)/(exp(-slope*(log(x)-log(IC50)))
Et la fonction drm me retourne également les paramètres asymptote haute, slope, IC50.

Bonjour,
Pour récupérer la courbe c'est pas très dur tu as écris la reponse tout seul.
Tu as la forme de la fonction, tu as les paramètres, ou est le problème?


Pourquoi fit tu ta courbe avec une regression drm?
Je me plante peut être dans le calcul mais ta fonction m'a l'air équivalente à: (asymptote haute/IC50^slope) * x^slope

Donc une simple fonction puissance à une constante multiplicative près.
Cette fonction n'a pas de point d'inflexion.

Donc je comprend pas trop pourquoi utiliser une telle regression pour trouver les points d'inflexions??