Discussion :

[dev_KooK]

Salut,

Je veux récupérer le contenu d'un répertoire avec rsync.
Seulement certains fichiers de certains répertoires commençant tous par le même motif.

Voilà ma commande :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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RSYNC_OPTS='-va --no-motd -n --list-only'
REMOTE_HOST='anonymous@ftp.ncbi.nih.gov'
dir=genomes
rsync $RSYNC_OPTS --include-from=rsync-patterns.lst $REMOTE_HOST::$dir $dir/

avec ce rsync-patterns.lst

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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genomes
genomes/H_sapiens
genomes/H_sapiens/CHR_*
genomes/H_sapiens/CHR_*/hs_ref_GRCh37_chr*.gbk.gz
 
- *

Bien sur, ça ne fonctionne pas.
J'ai essayé de mettre CHR_** et CHR_***, mais rien n'y fait.
(les dossiers s'appellent CHR_01, CHR_02, ...)

Est-ce que l'un de vous à une solution ?

KooK

[dev_KooK]

Bon, après un grand moment du recherche, je suis à même de me répondre.

Je donne déjà le dossier racine (pardonner si ce n'est pas le bon terme) à surveiller dans la ligne de commande -> "dir=genomes",
donc inutile de le remettre dans le fichier rsync-patterns.lst

Oh, et puis j'avais une faute dans le nom d'un des dossiers (ça c'est pour ceux qui voudrait tester)

Voilà ce qu'il convient d'y écrire

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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H_sapiens
H_sapiens/CHR_*
H_sapiens/CHR_*/hs_ref_GRCh37.p10_chr*.gbk.gz
- *

KooK