Discussion :

[Isabella83]

Bonjour à tous,
J'ecris un petit script bash, et je rencontre quelques difficulté. Je pense que le problème vient de ma condition dans le if :
Voici un morceau du code :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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if [ "$nb" -lt "$pi_sens_region_gene" ] && [ -s "tmp_no_exon_FBgn0003028.bed" ];
				echo "exon exist"
				then
					ligne_pi_3UTR=`intersectBed -a tmp_no_exon_FBgn0003028.bed -b 3UTR_FBgn_controle_13.bed -wa -wb | grep 'FBgn0003028' | cut -f 4 | sort -u | wc -l`
					intersectBed -a tmp_no_exon_FBgn0003028.bed -b 3UTR_FBgn_controle_13.bed -v > tmp_no_3UTR_FBgn0003028.bed
					nb=$(($nb+$ligne_pi_3UTR))
					echo "nb apres then 3UTR " $nb
				elif [ "$nb" -lt "$pi_sens_region_gene" ] && [ ! -s "tmp_no_exon_FBgn0003028.bed" ] &&  [ -s "tmp_no_intron_FBgn0003028.bed" ];   
					echo "tmp_no_exon_FBgn0003028.bed n exist pas , mais intron existe "
					then
					ligne_pi_3UTR=`intersectBed -a tmp_no_intron_FBgn0003028.bed -b 3UTR_$nom.bed -wa -wb | grep 'FBgn0003028' | cut -f 4 | sort -u | wc -l`
					intersectBed -a tmp_no_intron_FBgn0003028.bed -b 3UTR_FBgn_controle_13.bed -v > tmp_no_3UTR_FBgn0003028.bed
					nb=$(($nb+$ligne_pi_3UTR))
					echo "nb apres elif 3UTR :" $nb
				else [ "$nb" -lt "$pi_sens_region_gene" ] && [ ! -s "tmp_no_exon_FBgn0003028.bed" ] && [ ! -s "tmp_no_intron_FBgn0003028.bed" ] ;
					echo "ni exon ni intron exist "
					ligne_pi_3UTR=`intersectBed -a pi_sens_gene_region_FBgn0003028.bed -b 3UTR_FBgn_controle_13.bed -wa -wb | grep 'FBgn0003028' | cut -f 4 | sort -u | wc -l`
					intersectBed -a pi_sens_gene_region_FBgn0003028.bed -b 3UTR_FBgn_controle_13.bed -v > tmp_no_3UTR_FBgn0003028.bed
					nb=$(($nb+$ligne_pi_3UTR))
					echo "nb apres else 3UTR :" $nb		
 
			fi

Je pense qu'en fait toutes les conditions du if ne sont pas respectée, est ce que la syntaxe est correcte ?

[jmv]

Salut,

Ligne 15: il ne peut pas y avoir de test après "else".
Soit il faut enlever le test, soit remplacer else par elif.

Et puis cette syntaxe me semble bizarre

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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if [ "$nb" -lt "$pi_sens_region_gene" ] && [ -s "tmp_no_exon_FBgn0003028.bed" ];
				echo "exon exist"
				then
                                ...

Qu'est ce que ce echo vient faire entre if et then ??? et aussi le ';' ?

jmv

[jack-ft]

Je plussoie !

Attention! Tout ce code est tout à fait permis (et ne provoque probablement pas d'erreur); il m'arrive même d'utiliser des trucs du même genre, mais avec des pincettes!

Le test du 'if' est la séquence d'instructions [ "$nb" -lt "$pi_sens_region_gene" ] && [ -s "tmp_no_exon_FBgn0003028.bed" ]; echo "exon exist" qui compare "$nb" et, le cas échéant, vérifie la taille du fichier, puis, dans tous les cas, affiche "exon exist", lequel retourne toujours 0.
Donc, dans tous les cas, le 'if' exécute le corps du 'then' et ne passe donc jamais dans les 'elif'.

Lorsqu'on demande à un (bon) éditeur (comme emacs ou vim) d'indenter le code tout seul, comme un grand, on obtient ceci, qui peut mettre la puce à l'oreille:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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if [ "$nb" -lt "$pi_sens_region_gene" ] && [ -s "tmp_no_exon_FBgn0003028.bed" ];
    echo "exon exist"
then
    ligne_pi_3UTR=`intersectBed -a tmp_no_exon_FBgn0003028.bed -b 3UTR_FBgn_controle_13.bed -wa -wb | grep 'FBgn0003028' | cut -f 4 | sort -u | wc -l`
    intersectBed -a tmp_no_exon_FBgn0003028.bed -b 3UTR_FBgn_controle_13.bed -v > tmp_no_3UTR_FBgn0003028.bed
    nb=$(($nb+$ligne_pi_3UTR))
    echo "nb apres then 3UTR " $nb
elif [ "$nb" -lt "$pi_sens_region_gene" ] && [ ! -s "tmp_no_exon_FBgn0003028.bed" ] &&  [ -s "tmp_no_intron_FBgn0003028.bed" ];   
    echo "tmp_no_exon_FBgn0003028.bed n exist pas , mais intron existe "
then
    ligne_pi_3UTR=`intersectBed -a tmp_no_intron_FBgn0003028.bed -b 3UTR_$nom.bed -wa -wb | grep 'FBgn0003028' | cut -f 4 | sort -u | wc -l`
    intersectBed -a tmp_no_intron_FBgn0003028.bed -b 3UTR_FBgn_controle_13.bed -v > tmp_no_3UTR_FBgn0003028.bed
    nb=$(($nb+$ligne_pi_3UTR))
    echo "nb apres elif 3UTR :" $nb
else [ "$nb" -lt "$pi_sens_region_gene" ] && [ ! -s "tmp_no_exon_FBgn0003028.bed" ] && [ ! -s "tmp_no_intron_FBgn0003028.bed" ] ;
    echo "ni exon ni intron exist "
    ligne_pi_3UTR=`intersectBed -a pi_sens_gene_region_FBgn0003028.bed -b 3UTR_FBgn_controle_13.bed -wa -wb | grep 'FBgn0003028' | cut -f 4 | sort -u | wc -l`
    intersectBed -a pi_sens_gene_region_FBgn0003028.bed -b 3UTR_FBgn_controle_13.bed -v > tmp_no_3UTR_FBgn0003028.bed
    nb=$(($nb+$ligne_pi_3UTR))
    echo "nb apres else 3UTR :" $nb		
fi

ce n'est probablement pas ce que tu veux faire!

Déplace les 2 echo (avant le premier 'then' et avant le 2ème 'then') après le 'then' respectif.

[ok.Idriss]

Bonjour.

Sinon je sais que ça marche mais quand on fait des comparaisons de valeurs numériques avec les opérateurs -lt, le, -gt, -ge, -ne, -eq je ne suis pas fan avec les " autour des variables qui me font penser à un test de chaine de caractères (donc induisent en erreur d'une certaine manière sur le contenu des variables).

Les " sont surtout nécessaires quand il s'agit de test sur les chaînes avec les opérateurs =, != et =~ entre autres.

Idriss

[N_BaH]

les guillemets ne sont pas nécessaires avec =~, car cet opérateur ne peut être utiliser qu'avec [[, qui protège les chaînes par lui-même (autant à gauche qu'à droite).

[Sve@r]

Salut,
Qu'est ce que ce echo vient faire entre if et then ??? et aussi le ';' ?

jmv

Salut
C'est autorisé mais comme le dit jack-ft, ça fait foirer le test.

Le principe général du if est if commande_unix. Si la commande renvoie un statut 0, le if est vrai sinon il ne l'est pas.
Généralement on voit if test car le test est la commande unix la plus générale pour évaluer des trucs. Mais parfois on peut mettre autre chose pour évaluer des trucs que test ne sait pas faire...
Exemple if expr $a + 0 1>/dev/null 2>&1 sera vrai si $a est un nombre entier et faux dans le cas contraire (sauf si $a vaut 0 cause petit souci avec expr qui renvoie 1 dans ce cas mais c'était juste pour illustrer)

Et donc ici on entre dans ce cas sauf que la commande unix est en fait 2 commandes à suivre séparées par un point-virgule

• L'évaluation de $nb et de la taille du fichier
• L'affichage du message

Cette seconde commande étant exécutée en dernier, le if évalue le statut de cette dernière et comme celui-ci est 0, rentre dans le then et jamais dans le else.

Solution de base effectivement: mettre le echo dans le then ce qui le sort du if
Solution pour celui qui veut se la jouer:

Code :

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if test $nb -lt $pi_sens_region_gene && test -s "tmp_no_exon_FBgn0003028.bed" && echo "exon exist"
then
    ...
fi

D'accord aussi avec la remarque sur les guillemets associés avec l'opérateur -lt

PS: j'aime pas trop utiliser les crochets alias du test car ils font perdre de vue la notion essentielle de la syntaxe if commande...

[jack-ft]

Généralement on voit if test car le test est la commande unix la plus générale pour évaluer des trucs. Mais parfois on peut mettre autre chose pour évaluer des trucs que test ne sait pas faire...

PS: j'aime pas trop utiliser les crochets alias du test car ils font perdre de vue la notion essentielle de la syntaxe if commande...

Tout à fait, mon cher Thierry!

Cette syntaxe est tellement oubliée que je trouve très fréquemment des commandes du genre:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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if [[ $(fgrep truc file | wc -l) -gt 0 ]] # À éviter absolument!!!
then blabla ; else pablabla ; fi

un peu moins pire (sic!):

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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if [[ $(fgrep -c truc file) -gt 0 ]] # À éviter aussi!!!
then blabla ; else pablabla ; fi

Beaucoup mieux:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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if fgrep -q truc file # Oui!!!
then blabla ; else pablabla ; fi