Discussion :

[renépaul]

Bonjour,

j'obtiens une erreur lors de l'exécution de mon programme que j'ai du mal à comprendre.

Code :

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*** glibc detected *** /chemin/vers/executable: munmap_chunk(): invalid pointer: 0xb1e0a8b0 ***

en fait ce qui m'étonne c'est que cet erreur ce produit juste après l'appel d'une fonction1 dans une fonction2. si je fait le traitement de fonction1 directement dans fonction2 je n'ai pas l'erreur. j'ai vérifier l'adresse de tous les éléments envoyés à ma fonction en paramètre et aucune ne correspond au pointer désigné comme invalid.

d'ailleur voici le corp de la fonction :

Code :

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void
FindHole(ImageType::Pointer image, ImageType::RegionType region, int direction)
{
    std::cout<<"&&&&&&&&&&&&&&&&&FIND HOLE&&&&&&&&&&&&&&"<<std::endl;
    std::cout<<image<<std::endl;
    LinearConstIteratorType lcoit(image, region);
    lcoit.SetDirection(direction);
 
    //a vector which contains vectors for the coef slop of the intensity profile
    std::vector <std::vector<float> > vect_vect_coefSlop;
    //a vector which contains vectors for the position of the extrema
    std::vector <std::vector<int> > vect_vect_extremaPosition;
 
    //for each line
    for (lcoit.GoToBegin(); !lcoit.IsAtEnd(); lcoit.NextLine())
    {
        //create vector for intensity profile, derive extrema position, and coefSlop
        std::vector <unsigned short> vect_intensite;
        std::vector < short> vect_derive;
        std::vector <int> vect_extremaPosition;
        std::vector <float> vect_coefSlop;
        //for each pixel of the current line
        while ( !lcoit.IsAtEndOfLine() )
        {
            //collect the intensity of the current pixel
            vect_intensite.push_back(lcoit.Get());
            ++lcoit;
        }
 
        //then from the seconde to the penultimate intensity pix
        for (int i=1; i<vect_intensite.size()-1; ++i)
        {
            //calculate derive
            vect_derive.push_back(vect_intensite[i+1]-vect_intensite[i-1]);
        }
        //then for each derive
        bool old_signe = true;
        if (vect_derive[0]<0) old_signe = false;
        for (int j = 1; j<vect_derive.size(); ++j)
        {
            bool signe;
            //explore signe and update old_signe
            if (vect_derive[j] < 0)
            {
                signe = false;
            }
            else
            {
                signe = true;
            }
            //if we have a change of slop signe
            if (old_signe != signe )
            {
 
                vect_extremaPosition.push_back(j);
                //std::cout<<"extrema position at line : "<<l<<", column : "<<j<<std::endl;
            }
            old_signe = signe;
        }
 
        for (int k = 1; k<vect_extremaPosition.size(); ++k)
        {
 
            int currentCol = vect_extremaPosition[k];
            int oldCol = vect_extremaPosition[k-1];
 
            float coefSlop = (vect_intensite[currentCol] - vect_intensite[oldCol])/(currentCol-oldCol+0.0) ;
            vect_coefSlop.push_back(coefSlop);
            //std::cout<<"coef slop : "<<coefSlop<<std::endl;
        }
        //hold the coefSlop and the extrema position for each lines
        vect_vect_coefSlop.push_back(vect_coefSlop);
        vect_vect_extremaPosition.push_back(vect_extremaPosition);
    }
 
    //for each lines
    float coefSlopValue_old = 0;
    int bestLine = 0;
    for (int l = 0; l < vect_vect_coefSlop.size(); ++l)
    {
        //for each column
        int count = 0;
        float coefSlopValue = 0;
        for (int c = 0; c <vect_vect_coefSlop[l].size(); ++c)
        {
            //if we have a coeficient <-20 between 2 extrema the first one is a max wich point on a hole !!
            if (vect_vect_coefSlop[l][c] < -20)
            {
                ++count;
                coefSlopValue += vect_vect_coefSlop[l][c];
            }
            else
            {
                vect_vect_coefSlop[l].erase(vect_vect_coefSlop[l].begin() + c-1);
                vect_vect_extremaPosition[l].erase(vect_vect_extremaPosition[l].begin() + c-1);
            }
            if (count == 4)
            {
                //std::cout<<"4 aligned hole!"<<std::endl;
                coefSlopValue /= 4;
                //std::cout<<"coefSlopValue : "<<coefSlopValue<<std::endl;
                if  (coefSlopValue < coefSlopValue_old)
                {
                    coefSlopValue_old = coefSlopValue;
                    bestLine = l;
                    std::cout<<"best 4 aligned hole at line : "<<l<<std::endl;
                }
            }
        }
    }
    std::cout<<"&&&&&&&&&&&&&&&&&FIND HOLE DONE&&&&&&&&&&&&&&"<<std::endl;
}

image est un smartPointer de la librairie itk

(je travail avec l'EDI code::blocks et le compilateur gcc)
GDB me dit que la dernière fonction (de mon programme) appelée est bien FindHole.

Si vous avez une idée, sur ce qui peut être la cause de ce genre d'erreurs, votre avis m'intéresse.
Bonne journée.
rp

[koala01]

Salut,

Ce qu'il faudrait voir, c'est l'endroit où cette fonction est appelée, et vérifier que le pointeur transmis en premier argument corresponde bel et bien à l'adresse d'un objet correct et valide (qu'il existe bien et qu'il n'a pas été détruit )

Il n'est pas impossible que tu doives remonter au niveau de la pile d'appel pour t'assurer que l'objet en question n'est effectivement jamais détruit

Pour t'en assurer, je te conseillerais de trouver la première fonction exécutée qui occasionne (éventuellement) l'appel à ta fonction FindHole dans laquelle l'adresse sur laquelle pointe le pointeur est définis, puis de mettre un break point au niveau du destructeur de la classe, ainsi qu'un autre dans la fonction FindHole ...

Si tu t'arrête au niveau du destructeur avant que la fonction ne soit effectivement appelée, tu auras très certainement fait un pas de géant dans la résolution de ton problème

[renépaul]

Salut Koala01.

merci de t'intéresser a mon problème. Je pense comprendre ce que tu veux m'expliquer, et l'avoir déjas vérifier. (je n'ai pas une grande experience du debogage tu l'a peut être senti ). je n'arrive pas à correctement utiliser GDB apparament car les libraire que j'utilise n'ont pas été compiler en mode debug lors de l'installation. du coup GDB ne veux pas me dire la ligne qui à provoquer l'erreure dans mes fonction qui utilise ces librairies,

d'un autre coté il ne veux pas non plus s'arreter à mes breakpoint (même dans le main par exemple) , je comprend pas j'ai pourtant bien activé l'option -g dans mes Build's option et je suis bien en mode debug (avec code::blocks).

bon en attendant que je trouve une solution à ce problème, j'ésaye de me débrouiller avec des cout.
voici l'appel de ma fonction FindHole :

Code :

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//R because it is resampled
    ImageType::Pointer imageR = reader->GetOutput();
 
    //process intensity profile
    std::cout<<"processing intensity profile  : "<<std::endl;
 
    //create  a region just for the object of interest.
    start[0] = 0;
    start[1] = 0;
    size[0] =floor((imageR->GetLargestPossibleRegion().GetSize()[0])*1/3);
    size[1] =imageR->GetLargestPossibleRegion().GetSize()[1];
    region.SetSize( size );
    region.SetIndex( start );
    std::cout<<"region start : ["<<start[0]<<"] ["<<start[1]<<"]"<<std::endl;
    std::cout<<"region end : ["<<start[0]+size[0]<<"] ["<<start[1]+size[1]<<"]"<<std::endl;
    std::cout<<imageR<<std::endl;
    FindHole(imageR, region, 0);
std::cout<<"//////////High-Contrast :: measure on AX T1 slice 1 :: Done\\\\\\\\\\\\\\\\\\\\"<<std::endl;
}

comme tu peux le voir j'ai afficher mon pointer vers mon image avant et à l'interieur de la fonction FindHole.

dans les deux cas j'obtient dans la console :

Code :

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Image (0xb0d09ef0)
  RTTI typeinfo:   itk::Image<unsigned short, 2u>
  Reference Count: 5
  Modified Time: 6202
  Debug: Off
  Observers: 
    none
  Source: (0xb0d04d50) 
  Source output name: Primary
  Release Data: Off
  Data Released: False
  Global Release Data: Off
  PipelineMTime: 6067
  UpdateMTime: 6203
  RealTimeStamp: 0 seconds 
  LargestPossibleRegion: 
    Dimension: 2
    Index: [0, 0]
    Size: [584, 272]
  BufferedRegion: 
    Dimension: 2
    Index: [0, 0]
    Size: [584, 272]
  RequestedRegion: 
    Dimension: 2
    Index: [0, 0]
    Size: [584, 272]
  Spacing: [0.12207, 0.12207]
  Origin: [0, 0]
  Direction: 
1 0
0 1
 
  IndexToPointMatrix: 
  0.12207 0
0 0.12207
 
  PointToIndexMatrix: 
  8.192 0
0 8.192
 
  Inverse Direction: 
  1 0
0 1
 
  PixelContainer: 
    ImportImageContainer (0xb0d07ae0)
      RTTI typeinfo:   itk::ImportImageContainer<unsigned long, unsigned short>
      Reference Count: 1
      Modified Time: 6200
      Debug: Off
      Observers: 
        none
      Pointer: 0xb2f7fe48
      Container manages memory: true

les seule différence étant Modified Time (logique) et reference count, qui est incrémenter de 1 lors de l'appel de la fonction (encore logique puisqu'on le recopie non ?).

du coup je n'ai pas l'impression que le problème vienne de mon smart pointer, mon intuition me fait plutôt soupsonner un de mes vector. (mais c'est du feeling total )

Je précise Que toute les lignes de FindHole sont éxécuter, en tous cas tous les cout mais pas le cout juste après son appelle.
voila, j'espère que ça ne fait pas trop de chose d'un coup, en tous les cas encore merci pour ton aide.

Bonne journée,
rp

[renépaul]

Ok, en commentant certaines lignes de ma fonction j'ai pu trouver les lignes coupables:

Code :

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vect_vect_coefSlop[l].erase(vect_vect_coefSlop[l].begin() + c-1);
vect_vect_extremaPosition[l].erase(vect_vect_extremaPosition[l].begin() + c-1);

je ne vois pas trop ce qui cloche (ces deux lignes fonctionne parfaitement en dehors du corps de ma fonction)

encore merci koala01.

[Rewpparo]

Ya pas mal de choses qui peuvent merder dans ces deux lignes.

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vect_vect_coefSlop[l]

As tu bien 2 éléments dans vect_vect_coefSlop ?

Code :

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vect_vect_coefSlop[l].begin() + c-1

as tu bien suffisamment d'éléments dans vect_vect_coefSlop[1] ?

D'une manière générale, et sans comprendre le sens de ton programme, c'est assez crade d'utiliser des indices entiers dans la STL. C'est prévu par simplicité, mais les algos doivent être faits en utilisant des itérateurs autant que possible. Plutot que de récupérer systématiquement un élément d'un vecteur par indice, récupère le une fois et gardes une référence. Maintenant suivant l'algos des fois on peut pas faire autrement. Mais déjà essaies de limiter au maximum les appels a des [] et autres +int des itérateurs, c'est des nids à problèmes.

[renépaul]

C'est vrai que ce que j'ai fait n'était pas très propre et effectivement le problème apparaissait car j'éssayait de supprimer un élément qui n'éxistait pas (encore). maintenant que j'ai pu verifier que mon programme avait le comportement attendut je vais suivre ton conseil et le réécrire en utilisant des itérateurs. (j'aurait dailleur du commencer par là ça m'aurait fait gagner du temps au final ).

merci pour les conseils.

[Rewpparo]

j'aurait dailleur du commencer par là ça m'aurait fait gagner du temps au final

C'est un peu une autre façon de concevoir les algos, mais une fois habitué, ca permet des possibilités d'écrire les algos de manière plus simple et plus clair.