Discussion :

[abdel1342]

Bonjour tout le monde,

Comme l'explique bien le titre je veux faire un clustering hiérarchique à partir de , non pas une seule matrice, mais deux matrices qui contiennent les mêmes titres mais pas les même les valeurs.

Mon code pour l'instant:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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data1 <- read.table("Result1.csv",header=TRUE,row.names=1,sep="\t")
data2 <- read.table("Result2.csv",header=TRUE,row.names=1,sep="\t")
 
distdata1 <- (dist(data1)
distdata2 <- (dist(data2)
 
hc <- hclust(distdata1 et distdata2, "ave") #C'est ici que je veux fairele clustering des 2matrices
 
plot(hc)

J'ai modifié le titre pour ajouter s'il est possible de calculer une matrice de distance depuis 2 tableaux, sachant que les 2 tableaux contiennent les même titre de colonnes et de lignes mais avec des information différentes (valeurs différentes). Et donc faire un simple clustering sur cette matrice ce qui résoudra aussi mon problème.

Merci.

Cordialement

[abdel1342]

J'ai mis

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

hc <- hclust(distdata1+distdata2, "ave")

mais je crois que cette ligne va additionner les valeurs des 2 matrices.

je cherche encore!!

[lilly74]

Bonjour,

connaissez-vous

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

?rbind

?

J'espère que cela vous mettra sur la bonne voie.

Bonne journée

[abdel1342]

Bonjour, Merci pour votre réponse.

Non je ne connais pas ça et jamais utilisé.

je vais voir à quoi il consiste et comment l'utiliser. Merci

Cordialement

[abdel1342]

rbind (comme cbind) ne fait que coller des lignes (ou des colonnes) et ce n'est pas ce que je veux. Je veux calculer une matrice de distances à partir de 2 tableaux de données et non pas les fusionner.

Je croyais que j'étais clair. Pour l'être encore plus :

les informations contenues dans le 2eme tableau ne sont pas de la même nature que le 1er, mais ce sont des informations complémentaires.

Cordialement.

[A. D.]

Bonjour,

Dans votre premier message, vous dîtes :

deux matrices qui contiennent les mêmes titres mais pas les même les valeurs.

Ici personnellement, je comprends que vous avez deux matrices contenant les mêmes variables, pour moi : mêmes titres = mêmes noms de colonnes.

Or ensuite vous indiquez ceci :

les informations contenues dans le 2eme tableau ne sont pas de la même nature que le 1er, mais ce sont des informations complémentaires.

Donc vous avez deux matrices dont les lignes correspondent aux mêmes individus mais qui ne contiennent pas de colonnes en commun (matrice 1 : données / matrice 2 : infos complémentaires), est-ce bien cela?

Si tel est le cas, je ne comprends pas bien pourquoi vous ne pourriez pas utiliser la fonction "cbind" pour "coller" vos deux matrices ensembles...


Dans une telle situation, peut-être qu'un court mais représentatif extrait de votre jeu de données pourrait éclairer les lecteurs quant à la compréhension de votre problème.


Cordialement,

A.D.

[abdel1342]

Merci pour votre réponse


j'ai mis un exemple concret pour expliquer ce que je veux dire et ce que je veux obtenir.

Voici le lien pour le télécharger. Cliquez ici

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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j'ai un tableau qui contient les informations suivante:
 
names	class	info1	info2
dog	1	12	3
cat	1	15	2
fish	1	10	4
cat	2	13	1
fish	2	12	3
dog	2	13	4
fish	3	12	3
dog	3	14	1
cat	3	13	2
 
 
je récupère les informations selon les classes(en colonnes) et les noms (en ligne) de info1 puis de info2 
 
donc, j'obtient le tableau suivant:(pour info1)
 
names	class1	class2	class3
dog	12	13	14
cat	15	13	13
fish	10	12	12
 
 
j'ai calculé ma matrice de distance puis fait le clustering à partir de cela et j'obtiens un résultat satisfaisant.
 
j'ai fait la même chose pour le résultat de de info2 qui est comme suit:
 
names	class1	class2	class3
dog	3	4	1
cat	2	1	2
fish	4	3	3
 
 
et pareil j'obtient un résultat satisfaisant.

____________ Maintenant et c'est le sujet de ma question___________

je veux exploiter le contenu des deux tableaux.

du coup, je ne sais pas si je dois calculer une matrice de distance en regroupant les 2 tableaux

ou, calculer la matrice de distance pour chaque tableau et faire un clustering sur 2 matrices.

Cordialement.


[EDIT]

Si j'utilise cbind j'obtiendrai ce tableau:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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names	class1	class2	class3	class1	class2	class3
dog	12	13	14	3	4	1
cat	15	13	13	2	1	2
fish	10	12	12	4	3	3

et donc si par exemple info1 soit du poids et info2 l'age.

En calculant la matrice de distance elle va faire la liaison entre poids et age.

[A. D.]

Re-bonjour,

Personnellement j'ai pour principe de ne pas télécharger de fichier via des liens dont je ne suis pas certaine, désolée.
Ne pouvez-vous pas donner un "court mais représentatif" extrait de votre jeu de données directement sur le forum?

De plus, vous n'avez pas répondu à ma question :

Donc vous avez deux matrices dont les lignes correspondent aux mêmes individus mais qui ne contiennent pas de colonnes en commun (matrice 1 : données / matrice 2 : infos complémentaires), est-ce bien cela?

Si tel est le cas, je ne comprends pas bien pourquoi vous ne pourriez pas utiliser la fonction "cbind" pour "coller" vos deux matrices ensembles...

Enfin, j'avoue ne pas bien comprendre l'exemple que vous donnez... Que sont "info1" et "info2" dont vous parlez (pas présents dans l'extrait de données)?
A quoi correspondent les colonnes de chacune des deux matrices qui vous intéressent?


Cordialement,

A.D.

[abdel1342]

Re-Bonjour,

j'ai édité le précédent message. et je crois que ça répond à votre question. Et du contenue des info1 et info2 . qui sont des informations relatives aux sujets (dans les lignes) (ça peut être autre que poids et age, j'ai donné ça comme titre d'exemple).

Cordialement