Discussion :

[abdel1342]

Bonjour tout le monde,

Comme l'explique bien le titre je veux faire un clustering hiérarchique à partir de , non pas une seule matrice, mais deux matrices qui contiennent les mêmes titres mais pas les même les valeurs.

Mon code pour l'instant:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
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10
 
data1 <- read.table("Result1.csv",header=TRUE,row.names=1,sep="\t")
data2 <- read.table("Result2.csv",header=TRUE,row.names=1,sep="\t")
 
distdata1 <- (dist(data1)
distdata2 <- (dist(data2)
 
hc <- hclust(distdata1 et distdata2, "ave") #C'est ici que je veux fairele clustering des 2matrices
 
plot(hc)

J'ai modifié le titre pour ajouter s'il est possible de calculer une matrice de distance depuis 2 tableaux, sachant que les 2 tableaux contiennent les même titre de colonnes et de lignes mais avec des information différentes (valeurs différentes). Et donc faire un simple clustering sur cette matrice ce qui résoudra aussi mon problème.

Merci.

Cordialement

[abdel1342]

J'ai mis

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

hc <- hclust(distdata1+distdata2, "ave")

mais je crois que cette ligne va additionner les valeurs des 2 matrices.

je cherche encore!!

[lilly74]

Bonjour,

connaissez-vous

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

?rbind

?

J'espère que cela vous mettra sur la bonne voie.

Bonne journée

[abdel1342]

Bonjour, Merci pour votre réponse.

Non je ne connais pas ça et jamais utilisé.

je vais voir à quoi il consiste et comment l'utiliser. Merci

Cordialement

[abdel1342]

rbind (comme cbind) ne fait que coller des lignes (ou des colonnes) et ce n'est pas ce que je veux. Je veux calculer une matrice de distances à partir de 2 tableaux de données et non pas les fusionner.

Je croyais que j'étais clair. Pour l'être encore plus :

les informations contenues dans le 2eme tableau ne sont pas de la même nature que le 1er, mais ce sont des informations complémentaires.

Cordialement.

[A. D.]

Bonjour,

Dans votre premier message, vous dîtes :

deux matrices qui contiennent les mêmes titres mais pas les même les valeurs.

Ici personnellement, je comprends que vous avez deux matrices contenant les mêmes variables, pour moi : mêmes titres = mêmes noms de colonnes.

Or ensuite vous indiquez ceci :

les informations contenues dans le 2eme tableau ne sont pas de la même nature que le 1er, mais ce sont des informations complémentaires.

Donc vous avez deux matrices dont les lignes correspondent aux mêmes individus mais qui ne contiennent pas de colonnes en commun (matrice 1 : données / matrice 2 : infos complémentaires), est-ce bien cela?

Si tel est le cas, je ne comprends pas bien pourquoi vous ne pourriez pas utiliser la fonction "cbind" pour "coller" vos deux matrices ensembles...


Dans une telle situation, peut-être qu'un court mais représentatif extrait de votre jeu de données pourrait éclairer les lecteurs quant à la compréhension de votre problème.


Cordialement,

A.D.