Utiliser R dans perl

**arm3366** · 22/08/2011, 12h07

Bonjour,
J'utilise depuis peu R dans perl pour simplifier certains calculs.
Je sais comment creer des objets R avec

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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$R->send(
 qq`
 x <- 1
 y <- 2
 sum<-x+y
 \n print(sum)
 `
 );
my $sum = $R->read;
print $sum,"\n";

mais si j'ai une liste @l sur laquelle je veux faire des calcul, je ne sait pas comment l'utiliser dans R
j'ai essaye de:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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$R->send(
 qq`
tab <- read.table("@l")
 x <- tab[1]
 y <- tab[2]
 sum<-x+y
 \n print(sum)
 `
 );
my $sum = $R->read;
print $sum,"\n";

mais ça ne marche pas.
Si quelqu'un à une idée de la façon de faire, merci de son aide

**mamax29** · 22/08/2011, 13h14

A mon avis, pour récupérer ton tableau tu devrais passer par sa référence:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

"\@l"

**arm3366** · 22/08/2011, 15h15

Merci pour ta reponse, mais ça ne marche pas

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my @tab = sort @TDC;
        $ntab = $#tab+1;
        #ouverture du pont  
        $R->startR;
        # Lecture de l'objet
        $R->send(
         qq`
         data <- read.table("\@tab")
         x <-data[1]
         y <-data[2]
         sum<-x+y
     \n print(sum)
      `
       );
       my $sum = $R->read;
       print $sum,"\n";
 
       # fermeture du pont
       $R->stopR();

**stoyak** · 22/08/2011, 15h16

Je t'invite à relire la fonction read.table :

Reads a file in table format and creates a data frame from it, with cases corresponding to lines and variables to fields in the file.

Tu lis un fichier qui sera stocké sous la forme d'un data.frame.

Pour faire un test sur un tableau, voici une première ébauche :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my @l = ("4","6");
 
$R->send(
 qq`
tab <- c($l[0],$l[1])
 x <- tab[1]
 y <- tab[2]
 sum<-x+y
 \n print(sum)
 `
 );
my $sum = $R->read;
print $sum,"\n";

**arm3366** · 22/08/2011, 15h32

j'ai utilisé la fonction read.tab pour esperer charger une liste et par ce qu'en perl je ne sais pas comment tranformer une liste en data.frame ou autre.

**stoyak** · 22/08/2011, 15h43

comment penses-tu avoir accès à ton tableau en Perl ? Par une déclaration comme celle que j'ai écrite ?
A combien évalues-tu le nombre d'éléments de ton tableau ?

En fait, la question se pose davantage du côté de R que de Perl. Comment chargerais-tu tes données dans R ? La plupart du temps, on passe par la lecture d'un fichier.
Donc une solution serait de créer un fichier temporaire à partir de ton tableau Perl. Et tu lirais ton fichier temporaire par la fonction read.table dans R.

Une fois tes traitements terminés, tu pourras détruire le fichier temporaire. Sa création est simplifiée en Perl. Tu devrais trouver les codes adéquats dans la FAQ.