Utiliser R dans perl

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22/08/2011, 12h07
arm3366

Utiliser R dans perl
Bonjour,
J'utilise depuis peu R dans perl pour simplifier certains calculs.
Je sais comment creer des objets R avec
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 $R->send( qq` x <- 1 y <- 2 sum<-x+y \n print(sum) ` ); my $sum = $R->read; print $sum,"\n";
mais si j'ai une liste @l sur laquelle je veux faire des calcul, je ne sait pas comment l'utiliser dans R
j'ai essaye de:
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 $R->send( qq` tab <- read.table("@l") x <- tab[1] y <- tab[2] sum<-x+y \n print(sum) ` ); my $sum = $R->read; print $sum,"\n";
mais ça ne marche pas.
Si quelqu'un à une idée de la façon de faire, merci de son aide
22/08/2011, 13h14
mamax29

A mon avis, pour récupérer ton tableau tu devrais passer par sa référence:

Code:

"\@l"

Merci pour ta reponse, mais ça ne marche pas

Code:

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my @tab = sort @TDC;
        $ntab = $#tab+1;
        #ouverture du pont  
        $R->startR;
        # Lecture de l'objet
        $R->send(
         qq`
         data <- read.table("\@tab")
         x <-data[1]
         y <-data[2]
         sum<-x+y
     \n print(sum)
      `
       );
       my $sum = $R->read;
       print $sum,"\n";
 
       # fermeture du pont
       $R->stopR();

22/08/2011, 15h16
stoyak
Je t'invite à relire la fonction read.table :

Citation:

Reads a file in table format and creates a data frame from it, with cases corresponding to lines and variables to fields in the file.

Tu lis un fichier qui sera stocké sous la forme d'un data.frame.

Pour faire un test sur un tableau, voici une première ébauche :
Code:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 my @l = ("4","6"); $R->send( qq` tab <- c($l[0],$l[1]) x <- tab[1] y <- tab[2] sum<-x+y \n print(sum) ` ); my $sum = $R->read; print $sum,"\n";
22/08/2011, 15h32
arm3366

j'ai utilisé la fonction read.tab pour esperer charger une liste et par ce qu'en perl je ne sais pas comment tranformer une liste en data.frame ou autre.
22/08/2011, 15h43
stoyak

comment penses-tu avoir accès à ton tableau en Perl ? Par une déclaration comme celle que j'ai écrite ?
A combien évalues-tu le nombre d'éléments de ton tableau ?

En fait, la question se pose davantage du côté de R que de Perl. Comment chargerais-tu tes données dans R ? La plupart du temps, on passe par la lecture d'un fichier.
Donc une solution serait de créer un fichier temporaire à partir de ton tableau Perl. Et tu lirais ton fichier temporaire par la fonction read.table dans R.

Une fois tes traitements terminés, tu pourras détruire le fichier temporaire. Sa création est simplifiée en Perl. Tu devrais trouver les codes adéquats dans la FAQ.
22/08/2011, 16h06
arm3366

merci pour la réponse, et je pense que j'ai pas d'autres choix que de passer par les fichier temporaires.
:ccool:
23/08/2011, 09h28
stoyak

Si tu as ta réponse, je pense que tu devrais tagger ton post [Résolu] !
24/08/2011, 11h26
arm3366

pas vraiment, j'ai juste apprécie l’idée et au final ça marche pas encore !!
24/08/2011, 11h58
stoyak

Dans ce cas, n'hésite pas à continuer de poster.

Tu peux d'ailleurs poster tes tests de fichiers temporaires en cours !