Discussion :

[chandlerbing87]

Bonjour à tous,

Je suis en train de formater un fichier qui correspond à ça :

A A C C A A T C T T T T
A A C G A A C C T A T T
A C T C T A G C C T A T
A A C C A A C C T T T A

où pour chaque ligne toutes les lettres sont séparées par une tabulation. Seulement le nombre de ligne et de colonne peut-être variable.

Et je souhaiterai avoir 1 colonne sur 2 un / comme ici :

A/A C/C A/A T/C T/T T/T
A/A C/G A/A C/C T/A T/T
A/C T/C T/A G/C C/T A/T
A/A C/C A/A C/C T/T T/A

j'ai déjà écris cela mais ça ne marche pas :

sed "s/\([ACGT]\)\([ACGT]\)/\1\/\2\\t/g" filename

Pouvez-vous m'aider ???

Cordialement

[zipe31]

Salut,

Un truc comme ça :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
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9
10
11
$ cat plop
A       A       C       C       A       A       T       C       T       T       T       T
A       A       C       G       A       A       C       C       T       A       T       T
A       C       T       C       T       A       G       C       C       T       A       T
A       A       C       C       A       A       C       C       T       T       T       A

$ sed 's#\([^\t]*\)\(\t\)\([^\t]*\)\(\t\|$\)#\1/\3\4#g' plop
A/A     C/C     A/A     T/C     T/T     T/T
A/A     C/G     A/A     C/C     T/A     T/T
A/C     T/C     T/A     G/C     C/T     A/T
A/A     C/C     A/A     C/C     T/T     T/A

Comme ta mise en forme n'est pas très explicite, il se peut que le résultat final ne soit pas conforme à tes attentes, mais la syntaxe devrait s'adapter facilement...

[chandlerbing87]

Je suis désolé d'abuser mais lorsque je tape la ligne de commande sed, ça ne fonctionne pas chez moi.... ça me sort exactement la même chose que lorsque je tape "cat plop".

[zipe31]

Quel système ?
Quelle version de sed ?
C'est bien des tabulations entre tes lettres au moins ?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

cat -A ton_fichier

Pour vérifier que c'est bien des tabulations.
Le résultat doit ressembler à ça :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
$ cat -A plop
A^IA^IC^IC^IA^IA^IT^IC^IT^IT^IT^IT$
A^IA^IC^IG^IA^IA^IC^IC^IT^IA^IT^IT$
A^IC^IT^IC^IT^IA^IG^IC^IC^IT^IA^IT$
A^IA^IC^IC^IA^IA^IC^IC^IT^IT^IT^IA$

[chandlerbing87]

Je suis sous Mac OS X 10.6.8.
Je ne connais pas la version de mon sed.
Et lorsque je fais cat -A il me dit cat : illegal option.

Merci de ton aide

[zipe31]

Je suis sous Mac OS X 10.6.8.
Je ne connais pas la version de mon sed.

Essaie avec sed --version

Et lorsque je fais cat -A il me dit cat : illegal option.

Essaie avec sed alors sed -n l fichier

[chandlerbing87]

Voila ce que j'obtiens en faisant sed -n l fichier

A\tA\tC\tC\tA\tA\tT\tC\tT\tT\tT\tT$
A\tA\tC\tG\tA\tA\tC\tC\tT\tA\tT\tT$
A\tC\tT\tC\tT\tA\tG\tC\tC\tT\tA\tT$
A\tA\tC\tC\tA\tA\tC\tC\tT\tT\tT\tA$

pour sed --version ça ne marche pas