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Unix Discussion :

Formatage d'un fichier


Sujet :

Unix

  1. #1
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    Par défaut Formatage d'un fichier
    Bonjour à tous,

    Je suis en train de formater un fichier qui correspond à ça :

    A A C C A A T C T T T T
    A A C G A A C C T A T T
    A C T C T A G C C T A T
    A A C C A A C C T T T A

    où pour chaque ligne toutes les lettres sont séparées par une tabulation. Seulement le nombre de ligne et de colonne peut-être variable.

    Et je souhaiterai avoir 1 colonne sur 2 un / comme ici :

    A/A C/C A/A T/C T/T T/T
    A/A C/G A/A C/C T/A T/T
    A/C T/C T/A G/C C/T A/T
    A/A C/C A/A C/C T/T T/A

    j'ai déjà écris cela mais ça ne marche pas :

    sed "s/\([ACGT]\)\([ACGT]\)/\1\/\2\\t/g" filename

    Pouvez-vous m'aider ???

    Cordialement

  2. #2
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    Par défaut
    Salut,

    Un truc comme ça :

    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    1
    2
    3
    4
    5
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    7
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    9
    10
    11
    $ cat plop
    A       A       C       C       A       A       T       C       T       T       T       T
    A       A       C       G       A       A       C       C       T       A       T       T
    A       C       T       C       T       A       G       C       C       T       A       T
    A       A       C       C       A       A       C       C       T       T       T       A
    
    $ sed 's#\([^\t]*\)\(\t\)\([^\t]*\)\(\t\|$\)#\1/\3\4#g' plop
    A/A     C/C     A/A     T/C     T/T     T/T
    A/A     C/G     A/A     C/C     T/A     T/T
    A/C     T/C     T/A     G/C     C/T     A/T
    A/A     C/C     A/A     C/C     T/T     T/A
    Comme ta mise en forme n'est pas très explicite, il se peut que le résultat final ne soit pas conforme à tes attentes, mais la syntaxe devrait s'adapter facilement...

    $ man woman
    Il n'y a pas de page de manuel pour woman.

  3. #3
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    Par défaut
    Je suis désolé d'abuser mais lorsque je tape la ligne de commande sed, ça ne fonctionne pas chez moi.... ça me sort exactement la même chose que lorsque je tape "cat plop".

  4. #4
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    Quel système ?
    Quelle version de sed ?
    C'est bien des tabulations entre tes lettres au moins ?

    Pour vérifier que c'est bien des tabulations.
    Le résultat doit ressembler à ça :

    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    1
    2
    3
    4
    5
    $ cat -A plop
    A^IA^IC^IC^IA^IA^IT^IC^IT^IT^IT^IT$
    A^IA^IC^IG^IA^IA^IC^IC^IT^IA^IT^IT$
    A^IC^IT^IC^IT^IA^IG^IC^IC^IT^IA^IT$
    A^IA^IC^IC^IA^IA^IC^IC^IT^IT^IT^IA$
    $ man woman
    Il n'y a pas de page de manuel pour woman.

  5. #5
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    Par défaut
    Je suis sous Mac OS X 10.6.8.
    Je ne connais pas la version de mon sed.
    Et lorsque je fais cat -A il me dit cat : illegal option.

    Merci de ton aide

  6. #6
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    Citation Envoyé par chandlerbing87 Voir le message
    Je suis sous Mac OS X 10.6.8.
    Je ne connais pas la version de mon sed.
    Essaie avec sed --version
    Et lorsque je fais cat -A il me dit cat : illegal option.
    Essaie avec sed alors sed -n l fichier
    $ man woman
    Il n'y a pas de page de manuel pour woman.

  7. #7
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    Par défaut
    Voila ce que j'obtiens en faisant sed -n l fichier

    A\tA\tC\tC\tA\tA\tT\tC\tT\tT\tT\tT$
    A\tA\tC\tG\tA\tA\tC\tC\tT\tA\tT\tT$
    A\tC\tT\tC\tT\tA\tG\tC\tC\tT\tA\tT$
    A\tA\tC\tC\tA\tA\tC\tC\tT\tT\tT\tA$

    pour sed --version ça ne marche pas

  8. #8
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    Par défaut
    C'est bien des tabulations...

    Essaie en remplaçant les "\t" par leur équivalent en hexa "\x09" :

    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    sed 's#\([^\x09]*\)\(\x09\)\([^\x09]*\)\(\x09\|$\)#\1/\3\4#g'
    $ man woman
    Il n'y a pas de page de manuel pour woman.

  9. #9
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    Par défaut
    J'abandonne même ça ne marche pas......

    Merci beaucoup

  10. #10
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    Attends !!! T'en vas pas...

    Essaie comme ça :

    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    sed 's#\([^\t]*\)\(\t\)\([^\t]*\)#\1/\3#g'
    Des fois je suis c*n et je me complique la vie
    $ man woman
    Il n'y a pas de page de manuel pour woman.

  11. #11
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    Par défaut
    Merci !!!!
    Mais ça ne fonctionne toujours pas.
    Il parait que la nuit porte conseil alors je vais re-regarder demain !!!

    En tout cas merci beaucoup

  12. #12
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    Est-ce qu'un simple sed 's/\t/ /g' fichier substitue bien toutes les tabulations par des espaces ?
    $ man woman
    Il n'y a pas de page de manuel pour woman.

  13. #13
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    Citation Envoyé par zipe31 Voir le message
    Est-ce qu'un simple sed 's/\t/ /g' fichier substitue bien toutes les tabulations par des espaces ?
    Non donc mon fichier ne doit pas être bien crée.... Pourtant il n'y a pas 60 façons de le faire

  14. #14
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    Je pencherai plus pour la version de sed
    $ man woman
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  15. #15
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    Merci ça fonctionne, j'ai testé ça sur un autre serveur et pas de problème mais avec un autre mac j'ai eu le même problème....

    En tout cas merci pour tout et en particulier pour ta patience

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