L'erreur venait du nom de l'application qui doit avoir un certain format ! Je m'en suis douté après avoir cherché et comparé plein d'exemple sur internet. Mais, elles sont où les spécifications sur le nom ?
app = unique_app_new_with_commands ("org.troumad.perso", NULL,"foo", COMMAND_FOO,"bar", COMMAND_BAR,NULL);
J'ai l'impression que ça marche 
Il va me rester à nettoyer le code de tous les mouchards que j'ai mis pour les tests et de tester...
nb : ces modification sont valable pour Linux et Windows ? Je n'ai pas vu que ce n'était que pour Linux.
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