Discussion :

[rolandbreche]

Bonjour à tous,
problème :
je reçois régulièrement des résultats biologiques sous forme texte mais formatés toujours de la même façon.
je dois saisir a la main chaque donnée pour l' incorporer dans une table access.
un traitement automatique permettra de gagner du temps.
est-ce possible? quelle piste ?.
il parait qu'il existe des outils dédiés pour ce genre de programmation ?
merci de vos réponses.

cordialement

RB

[Invité]

Bonjour

C'est possible, mais il faudrait que tu donnes plus de détails, entre autre comment se présente ton fichier.

Philippe

[rolandbreche]

en fait c'est un fichier hprim nettoyé en fichier texte.
c'est tres banal, l'entete est figée mais le corps peut varier en fonction des examens demandés .

ex :

debut de fichier

LENOM le prenom
ladresse

sodium 140
potassium 4,5
glycémie 1

fin de fichier

le tout dans un fichier texte
cordialement

[Invité]

Re

Et comment est la structure de ta table ?

Philippe

[rolandbreche]

c'est tout simple :
table =
index
n° de la personne ( en lien avec fichier d'identité)
et un item par type de biologie.( une trentaine, mais j'en ajoute régulièrement )

la moulinette je m'en débrouillerai, mais c'est la méthode pour repérer l'item et sa valeur dans le fichier texte qui me préoccupe.

ex ouvrir un fichier de résultat
repérer l'identité
repérer le premier item (ex: albumine)
repérer sa valeur (ex 60 )
intégrer dans une ligne du fichier access ces éléments.

[vodiem]

salut Philippe et bienvenu rolandbreche,

tu as un fichier par personne?
une seule table avec un champ par examen?
...

[rolandbreche]

il y a une table patients et une table biologie
un champ lie les deux
la table de biologie comprend :

index
champ lien avec table "patient"
date de la biologie type=date
champ1 ( ex=urée ). type= numerique
champ2 (ex=creatinine) type= numerique
champ3 type= numerique

etc..
merci de t'interesser à mon cas. c'est sympathique.
cordialement

[vodiem]

dans la table biologie le nom des champs porte les même nom d'analyse que dans le fichier à importer?

le fichier à importer concerne une seul personne ou une succession de personne ?
pourrais tu joindre un exemple de fichier à importer ce serait plus pratique.
voir aussi sont format originel hprim si ce n'est pas crypté.
pourquoi son nettoyage en texte? n'y aurait il pas des informations exploitables à partir de ce format?

[rolandbreche]

le fichier que je reçois est un fichier .txt car il m'est fourni par un logiciel nommé APIMAIL qui mouline le fichier HPRIM crypté en fichier texte décrypté.
je n'ai donc a ma disposition que ce fichier texte dont voici un exemple.
effectivement me format HPRIM contient des balises mais dans mon cas je n'y ai pas accés.


A3093004036
LENOM
M THERESE
LE FRISON
3 rue de la pompe
33000 bordeaux
21/09/1946
2460940088345 30
09092824016
28/09/2009
. laboforte.dlx
brerol roland BRECHE

LABORATOIRE MACHIN-BORDEAUX- numéro: 40 3 00000
Place de la pompe BORDEAUX

Madame TRUC M THERESE Docteur BRECHE rolland
LE FRISON adresse1
3 rue de la pompe adresse2
33000 BORDEAUX 33000 BORDEAUX

Demande n° 28/09/09-2-4016 - -MGEN-TP Le vendredi 09 avril 2010


Hématologie
Valeurs de référence Antériorités

Hémogramme
(SIEMENS : ADVIA)
25/03/08
Hématies 4 130 000/mm3 4 000 000 à 5 400 0004 120 000
Hémoglobine 13,5g/100ml 12,0 à 16,013,0
Hématocrite 39,5% 32,0 à 47,037,7
V.G.M. 95,6¦3 80 à 9591,5
T.C.M.H. 32,7picog 27,0 à 32,031,6
C.C.M.H. 34,2g/dl 32,0 à 36,034,5

Leucocytes 4 890/mm3 4 000 à 8 0005 230
Polynucléaires neutrophiles 60,3 % 2 949/mm3 2 000 à 7 5003 028
Polynucléaires éosinophiles 4,2 % 205/mm3 0 à 600220
Polynucléaires basophiles .....0,9 % 44/mm3 0 à 15063
Lymphocytes .........29,0 % 1 418/mm3 1 500 à 4 0001 532
Monocytes ............5,6 % 274/mm3 200 à 800387

25/03/08
Plaquettes 164 000/mm3 150 000 à 350 000182 000
V.P.M. 9,2¦3 Inf. à 10,010,9

Morphologie Morphologie érythocytaire normale

Enzymologie (COBAS 6000 : ROCHE)
Références Antériorités

25/03/08
TRANSAMINASES SGOT/ASAT *77UI/l Inf à 32 84


25/03/08
Transaminases S.G.P.T (ALAT) *57UI/l Inf à 3168


25/03/08
Gamma-glutamyl transferase (GGT) ***296UI/l 5 à 36355


COBAS 6000 : ROCHE
Valeurs de référence Antériorités
Epreuves

Clairance de la créatinine selon Cockroff
10/07/07
Age 63ans 60
Poids 57Kg 60

25/03/08
Créatinine 7,6mg/l 5 à 97,9
67¦mol/l 44 à 8070

10/07/07
Clairance 68ml/mn sup. à 6080


Glycémie à jeun 1,05g/l 0,70 à 1,100,95
5,83mmol/l 3,88 à 6,105,27

25/03/08
Acide urique *64mg/l 24 à 5766
*381¦mol/l 142 à 339393

25/03/08
Aspect du sérum Légèrement opalescent limpide

25/03/08
Cholestérol **2,20g/l 1,80 à 2,302,03
**5,68mmol/l 4,64 à 5,935,24

25/03/08
Triglycérides *2,63g/l 0,40 à 1,602,74
*3,00mmol/l 0,46 à 1,823,12

25/03/08
Cholestérol H.D.L. 0,71g/l > à 0,450,74
1,83mmol/l > à 1,161,91
Rapport Cholestérol total / H.D.L. 3,10 Inf. à 4,502,74


25/03/08
Cholesterol L.D.L. «*calculé*+ 0,96g/l 0,74
Selon la formule de FRIEDEWALD 2,49mmol/l 1,91
Rapport H.D.L./L.D.L. 0,74 1,00

Daprès les recommandations de lAFSSAPS, la valeur du «Cholestérol  LDL+ à atteindre doit tenir compte du nombre de facteurs de risque cardio-vasculaire (Age : femme à partir de 60 ans, homme à partir de 50 ans, Antécédents familiaux de maladie coronarienne, Tabagisme, Hypertension artérielle, Diabète de type II, Cholestérol - HDL <0.4 g/l ).

Nombre de facteurs de risque cardio-vasculaire
0 1 2 3 et+ Patients à haut risque cardio-vasculaire
Valeur du Cholestérol  LDL à atteindre :<2,20 g/l<1,90 g/l<1,60 g/l<1,30 g/l <1,0 g/l
Conclusion :Résultat(s) en dehors des valeurs normales . Bilan lipidique à interpréter
en fonction de l'âge et de la thérapeutique .

Ionogramme
25/03/08
Sodium 140mmol/l 136 à 145142
25/03/08
Potassium 4,7mmol/l 3,5 à 5,14,6
21/04/06
Chlore 103mmol/l 98 à 107107

MODULAR : ROCHE
Valeurs de référence Antériorités
Thyroide

25/03/08
T.S.H. ultra-sensible 1,700mUI/l 0,27 à 4,201,641



Valeurs de référence Antériorités
Prélèvement effectué au laboratoire

Facturation
Valeurs de référence Antériorités
****FIN****
****FINFICHIER****

qu'en penses tu ?

[vodiem]

qu'en penses tu ?

c'est faisable mais sans balise c'est chaud...
il n'y a pas de structure fixe: item + valeur.
il n'y a donc pas une règle unique pour extraite les données: c'est selon l'item.
ce qui implique aussi qu'il n'est pas possible de proposer l'importation d'un item inconnu.
de plus que fais tu des dates? faut-il en tenir compte?
il sera très difficile de faire la différenciation entre les nouveaux items et les remarques chiffrés...
il y aura toujours une part de vérification manuelle...
tu peux déjà commencer à potasser les regex pour faciliter l'extraction des données item/valeur. pioche les différents tuto sur le net et lis aussi celui plus approprié à access fait par cafeine ici
je pourrais t'aider pour les patterns si tu as du mal.

personnellement je concevrais cela avec une table contenant item, pattern et à l'ouverture du fichier (après extration nom patient...) je rechercherais l'item dans la table et s'il est présent j'utiliserais son pattern pour extraire les données. Préalablement il faut ouvrir un recordset pour remplir les champs appropriés au fur et a mesure de la reconnaissance des items.

si tu as des difficultés n'hésite pas à publier.
bon courage, tu vas en avoir besoin...

[rolandbreche]

j'ai ma réponse.
je m'y mets tout de suite.
a bientot ( ou a plus tard ?)
et merci pour toutes vos suggestions.

amicalement
RB