Discussion :

[Punksociety]

Bonjour,

Voici mon problème:

Dans une base de données, je dispose de composés chimiques avec leur formule.
Il se trouve que lors de l'affichage de mes composés, il est très efficace de les classer par nombre d'atomes, c'est ainsi que les chimistes les retrouvent le plus rapidement.
Ainsi, je souhaite trier mes molécules:
-d'abord selon le nombre de carbones
-ensuite par nombre de Cl
-puis par nombre de N
etc...
sachant que le tri selon les Cl s'effectuera après le tri par carbone et ainsi de suite.
On aura ainsi par exemple en ordre:
C
CClN4
CCl2
C2Cl3N2
C2Cl3N4
C2Cl5N5
C3ClN2
C3Cl2N
C4ClN8
C4Cl2
De plus, ce tri est destiné à être effectué sur une liste de 400 composés chimiques qui ne cessera de s'agrandir. Par ailleurs, les molécules ne sont absolument pas triées dans la base de données mais rentrées complètement aléatoirement selon les besoins.

Ainsi, je me demandais si je pouvais me servir directement de MYSQL pour trier mes données.
Puis je par exemple effectuer un "SELECT molecule ORDER BY C, Cl, N" ou utiliser des Group by avec plusieurs critères de tri (hiérarchisés) ou éventuellement utiliser des requêtes imbriquées?

Sinon, peut être dois je implanter un algorithme de tri en php a posteriori?

Qu'en pensez vous? N'hésitez pas à me demander des précisions.

Merci d'avance pour l'aide que vous pourrez m'apporter.

[CinePhil]

Si la formule est enregistrée d'un seul bloc dans une colonne, il sera difficile de faire un tri sur un morceau de cette chaîne de caractères.

Il nous faudrait un peu plus de précision sur votre modèle de données (la structure de vos tables), comme le demandent les les règles applicables sur ce forum.

[Punksociety]

En fait, je pense avoir une table de ce type:
idCompose, nomCompose, formule, C, Cl, N, etc...
Je viens d'essayer et il semble donc que je puisse faire une requete de type "ORDER BY C, Cl, N" et celle ci me triera correctement mes composés chimiques.

Il ne me reste plus qu'à faire le trigger qui à l'ajout ou à la modification d'un composé chimique déterminera pour chaque composé chimique le nombre d'atomes correspondant à partir de la formule.

Résolu

[CinePhil]

Si vous n'avez que peu d'éléments chimiques différents qui peuvent intervenir dans vos formules, ça peut être acceptable. Mais tous les éléments chimiques du tableau périodique des éléments peut être employé, alors vous aurez beaucoup de colonnes vides pour rien.

La bonne modélisation serait plutôt celle-ci :

MCD :
Formule -1,n----Contenir----0,n- Element

Tables :
Element(E_Id, E_Symbole, E_Nom, ...)
Formule(F_Id, F_Formule, F_Nom, ...)
Contenir(C_IdFormule, C_IdElement, C_NbAtomes, ...)

[Punksociety]

Cette modélisation (celle que vous proposez) est à première vue la plus propre et celle que je pensais utiliser au départ.
Cependant, comment trier efficacement mes données avec celle ci?
Je ne peux plus utiliser de clause ORDER BY multiple.
J'avais pensé éventuellement créer une VUE permettant de jouer l'intermédiaire mais tout ceci me parait compliqué.

Sachant que les composés chimiques de ma BDD ne feront entrer en jeu que des Br, C, Cl, F, H, N, O les 99,9% du temps; j'avais pensé utiliser ce type de modèle :



Mélangeant les deux afin de garantir un tri rapide et facile selon les principaux atomes et une certaine souplesse quant à la formule chimique de mes composés.

Qu'en pensez vous?

Merci

[CinePhil]

Ainsi, je souhaite trier mes molécules:
-d'abord selon le nombre de carbones
-ensuite par nombre de Cl
-puis par nombre de N

La requête suivante devrait afficher les formules par ordre de symbole d'atome (Al, Ar, B, Be, C, Ch, Cl...) puis par quantité inverse (CO2 avant CO) :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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SELECT f.F_Formule, f.F_Nom
FROM Formule f
INNER JOIN Contenir c ON f.F_Id = c.C_IdFormule
INNER JOIN Element e ON c.C_IdElement = e.E_Id
ORDER BY e.E_Symbole, c.C_NbAtomes DESC

A tester.

[Punksociety]

Je vais faire un test propre afin de voir si cela marche.

[Punksociety]

Cela ne semble pas marcher après plusieurs tests.

Après réflexion, cela me semble normal.
Les jointures me donnent une table comme ceci:
idCompose idAtome nomAtome nombreAtomes formule
ce qui fait que le tri ne peut être efficace.
Mysql ne va faire que mettre en ordre les deux colonnes nomAtome et nombreAtomes.

Pour un tri réussi, il faut que j'obtienne une colonne pour chaque atome avec le nombre d'atomes correspondant comme valeur.

On en revient donc au modèle certes moins propre (bcp de vide) et redondant mais efficace au niveau du tri.

Mon raisonnement vous semble-t-il logique?

[CinePhil]

On pourrait avoir un petit jeu de données et ce que donne la requête STP ?

[Yanika_bzh]

Cinephil vous a donné un exemple de modele, effectivement la requete ne pourra pas faire le tri que vous avez demandé.

Vous pouvez (toujours selon le modele de Cinephil) introduire une notion de poids de valeur d'element

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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create table element (E_id int, E_symbole char(3), E_nom char(30), E_poids int)
insert into element values (4,'Br','Brome' 	,10000000)
insert into element values (1,'C','Carbone'	,1000000)
insert into element values (2,'Cl','Chlore'	,100000)
insert into element values (5,'F','Fluor'  	,10000)
insert into element values (6,'H','Hydrogene'  ,1000)
insert into element values (3,'N','Azote'  	,100)
insert into element values (7,'O','Oxygene'  	,10)
 
 
create table formule (F_id int, F_Formule char(30), F_Nom char (200))
insert into formule values (1,'C','Formule 1')
insert into formule values (2,'CClN4','Formule 2')
insert into formule values (3,'C4Cl2','Formule 3')
insert into formule values (4,'C3ClN2','Formule 4')
insert into formule values (5,'C2Cl3N2','Formule 5')
insert into formule values (6,'C2Cl3N4','Formule 6')
 
create table contenir (C_idFormule int, C_IdElement int, C_NbAtomes int)
insert into contenir values (1,1,1) 
insert into contenir values (2,1,1) 
insert into contenir values (2,2,1)
insert into contenir values (2,3,4)
insert into contenir values (3,1,4)
insert into contenir values (3,2,2)
insert into contenir values (4,1,3)
insert into contenir values (4,2,1)
insert into contenir values (4,2,3)
insert into contenir values (5,1,2)
insert into contenir values (5,2,3)
insert into contenir values (5,3,2)
insert into contenir values (6,1,2)
insert into contenir values (6,2,3)
insert into contenir values (6,3,4)
 
select a.F_Formule  from formule a inner join contenir b on (a.F_id=b.C_idFormule) 
inner join element c on (c.E_id = b.C_IdElement)
Group by a.F_Nom
order by sum(b.C_NbAtomes*c.E_poids)

Mais cela reste assez limité (car vous ne pouvez pas avoir plus de 9 éléments identiques dans votre formule ou les resultats seraient biaisés)

Ceci dit, vous pouvez toujours vous inspiré de cela pour affiner votre méthode

A tester et donc a adapter...
Bon courage

[Punksociety]

Merci pour cette réponse, je vais y réfléchir. Le principe semble plutot intéressant même s'il est en effet limité. Beaucoup des molécules auront un nombre d'hydrogène supérieur à 9 par exemple.

De plus, si on en vient à ajouter de nouveaux atomes, il faudra peut être modifier les poids des autres atomes existants (si c'est "P", pas de pb, mais si c'est "Ar", on doit tout décaler) ce qui devient compliqué.

Aucun modèle ne semble être parfaitement adapté à ce problème, je crois que le mieux à faire est de trouver un bon compromis.