Discussion :

[Jasmine80]

Bonjour,

J'ai un script qui fait appel à un software : ClustalW. Ce dernier renvoie les valeurs de ses calculs à l'écran. J'aimerais savoir si il est possible de les récupérer dans un fichier. Le STDOUT de sortie est l'écran comment puis-je le modifier? Je n'ai pas trouvé de réponse dans la FAQ's.

J'ai trouvé sur le net cette explication
http://www.dil.univ-mrs.fr/~chris/Perl/Fichiers.htm

La procédure écrit une ligne sur le périphérique standard de sortie <STDOUT>.
Avant l'instruction "select (FICHIER);", le message apparait bien sur l'écran qui est toujours le périphérique de sortie standard.
Par contre, l'exécution de cette instruction effectue une redirection de <STDOUT> vers le fichier explicitement spécifié. La seconde écriture se fait sur le fichier en question.

Voici le script dans lequel j'aimerais modifier STDOUT

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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use strict;
use Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw;
 
open (FICHIER,">value.txt");
select (FICHIER);
 
my @fichiers = qw(P:/.../test.txt);
 
 
foreach my $fich (@fichiers){
    &ClustalW2 ($fich);
 
}
 
close (FICHIER);

Mais le fichier reste vide et les scores de ClustalW apparaissent à l'écran.


Merci pour votre aide,

[Jedai]

C'est sans doute parce que ClustalW n'écrit pas sur STDOUT mais sur STDERR, pour rediriger STDERR, il suffit de le rouvrir sur le bon fichier :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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close STDERR;
open STDERR, '>', "fichier"
  or die "...";

D'un autre côté, as-tu conscience qu'il te suffit de lancer ton script avec les bonnes redirections pour obtenir le même effet :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

perl tonScript.pl 2>fichier

??

--
Jedaï

[Jasmine80]

D'un autre côté, as-tu conscience qu'il te suffit de lancer ton script avec les bonnes redirections pour obtenir le même effet

J'avais vu cela au cours de linux, il y a trois ans à la fac. Je préfère lancer directement mon script via l'éditeur car mes scripts sont écrits sur un disque virtuel (dans une très grande arborescence de fichiers) alors que Perl est installé sur un des disques durs.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

perl tonScript.pl 2>fichier

A quoi sert le 2?


Pour ce qui est de STDERR, c'est étrange car les scores sont toujours écrit à l'écran par contre les messages d'erreurs sont écrits dans le fichier.
Par exemple, le message d'erreur quand je n'envoie qu'une seule séquence dans l'alignement.

------------- EXCEPTION -------------
MSG: Bad input data (sequences need an id ) or less than 2 sequences in ARRAY(0x20c74ac) !
STACK Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw::align C:/Perl/site/lib/Bio/Tools/Run/Alignment/Clustalw.pm:484
STACK main::ClustalW2 P:\Perl\scripts2\PCR_BA~1\SUB_CL~1.PL:57
STACK toplevel P:\Perl\scripts2\PCR_BA~1\SUB_CL~1.PL:15

--------------------------------------

Les messages 'courant' de perl (comme l'oubli d'une déclaration) apparaissent toujours à l'écran.

On dirait qu'il y a trois flux
- les messages d'erreur de Perl
- les scores de ClustalW
- les messages d'erreur en relation avec ClustalW qui doivent provenir du module de Bio



Maintenant au sujet de la console

J'ai testé le script via la console (Windows). J'ai copié le script.pl dans le répertoire Perl/bin, j'y ai crée un fichier ClustalW_values.txt vide. Ensuite, je me suis placée dans le répertoire de Perl et j'ai effectué la commande

c:\Perl> perl sub_ClustalW.pl 2>ClustalW_values.txt

Et là, rien du tout même pas un message d'erreur et le fichier texte est toujours vide.



Merci pour ton aide,

[Jedai]

Essaie de rouvrir STDOUT comme je l'ai fait pour STDERR, il est possible que ClustalW écrive directement sur STDOUT plutôt que d'utiliser simplement print.

A quoi sert le 2?

Le 2 est le numéro du flux à rediriger (1 est le STDOUT, 2 le STDERR)

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Jedaï

[Jasmine80]

Essaie de rouvrir STDOUT comme je l'ai fait pour STDERR, il est possible que ClustalW écrive directement sur STDOUT plutôt que d'utiliser simplement print.

Oui, cela fonctionne. Un grand merci pour ton aide.