Discussion :

[Jey_dc3]

Bonjour,

Je poste ce nouveau sujet car je cherche à modifier un tableau de données sous R.
J'ai des données avec, en 1ère colonne, différents points d'échantillonnages (dans l'exemple en pièce-jointe on en a 2 : LA080015 et LA080018).
Pour chacun de ces sites on a comptés le nombre de poissons (colonne "nb_ind") en notant l'espèce ("codeSp") et la classe de taille ("P" pour petit, "M" pour moyen et "G" pour grand).
Le problème, c'est que je ne veux pas avoir, pour un même point d'échantillonnage, deux lignes avec la même espèce mais une seule par espèce avec le nombre maximal d'individus. Sauf dans le cas où les individus ne font pas partie de la même classe de taille.

Par exemple :
A partir de ça...

LA080015 2 -999 Choegrap NA -999 P -999 1 -999 -999
LA080015 2 -999 Choegrap NA -999 G -999 1 -999 -999
LA080015 2 -999 Scarrivu NA -999 P -999 1 -999 -999
LA080015 3 -999 Scarrivu NA -999 P -999 1 -999 -999
LA080015 1 -999 Acannigri NA -999 M -999 6 -999 -999
LA080015 2 -999 Acannigri NA -999 M -999 4 -999 -999

Je souhaite obtenir ceci :

LA080015 2 -999 Choegrap NA -999 P -999 1 -999 -999
LA080015 2 -999 Choegrap NA -999 G -999 1 -999 -999
LA080015 3 -999 Scarrivu NA -999 P -999 1 -999 -999
LA080015 1 -999 Acannigri NA -999 M -999 6 -999 -999


Dans cet exemple ci-dessus, on a deux fois Choegraph. Cependant, ne faisant pas partie de la même classe de taille, je souhaite conserver les données concernant ces deux individus.
Pour les Acannigri, on a deux lignes dont une avec 6 individus et l'autre avec 4 individus. Là, je souhaite donc ne conserver que la ligne avec le maximum d'individus soit la ligne avec les 6 individus.
Enfin dans le cas des Scarrivu, on a deux lignes avec 1. Je ne souhaite garder également qu'une ligne avec le maximum d'individus (1). Peu importe laquelle.

Je cherche une fonction me permettant de faire ceci automatiquement pour chaque site.
Je ne sais pas si mes explications étaient assez claires, ce n'est pas évident à expliquer.
J'ai mis un fichier xls en pièce-jointe au cas où.
Si quelqu'un avait une solution à mon problème cela m'aiderait énormément.
Merci d'avance,

Jérémy

[A. D.]

Bonjour,

Alors, je ne suis pas bien sûre d'avoir compris ton exemple, mais voici une idée qui m'est venue comme ça (je ne l'ai pas testée donc il y a peut-être quelques éléments à adapter) :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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X<-read.csv("Exemple.xls",header=TRUE)
 
S<-NULL
 
X1<-X[which(X[,1]==LA080015),]
X2<-X[which(X[,1]==LA080018),]
 
f1<-unique(factor(X1[,4]))
nf1<-length(f1)
 
for(i in 1:nf1)
{
	u<-X1[which(X1[,4]==f1[i]),]
	v<-u[which.max(u[,9]),]
	S<-rbind(S,v)
}
 
f2<-unique(factor(X2[,4]))
nf2<-length(f2)
 
for(i in 1:nf2)
{
	u<-X2[which(X2[,4]==f2[i]),]
	v<-u[which.max(u[,9]),]
	S<-rbind(S,v)
}

Cordialement,

A.D.

[Jey_dc3]

Merci pour cette réponse.
Je vais tester et l'adapter s'il le faut.

[ced]

Bonjour,

Un autre code peut-être un peu plus synthétique et qui devrait faire la même chose :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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x <- read.csv2("exemple.csv", as.is = T)
y <- aggregate(nb_ind ~ UnitObs + codeSp + classe_taille, data = test, max)
z <- merge(x, y, by = c("UnitObs", "codeSp", "classe_taille", "nb_ind"))

ced

[Jey_dc3]

Merci pour cette solution!
J'ai réussi à obtenir les données que je souhaitais avoir.
Voici également une solution donnée par une collègue :

donneesMax<-aggregate(donneesStaviro$nb_ind,list(donneesStaviro$UnitObs,donneesStaviro$codeSp,donneesStaviro$classe_taille),max,na.rm=T)

Merci encore!