Discussion :

[phoenix420]

J'ai testé listlignesmicrorna.clear() pour effacer le contenu de ma liste, pensant que cela me redonnerait de la mémoire, mais non , seulement très peu ....

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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MEMOIRE après création listlignesmirbase
init = 0(0K)
used = 64210664(62705K)
committed = 66650112(65088K)
max = 66650112(65088K)
 
MEMOIRE après effacement listlignesmirbase
init = 0(0K)
used = 62292424(60832K)
committed = 66650112(65088K)
max = 66650112(65088K)

Pourquoi ?

Car je n'arrive pas trop à modifier mon algo j'ai déjà eu du mal à trouver celui-ci...

[tchize_]

au lieu de lire tout en mémoire, puis de traiter une ligne à la fois, pourquoi est-ce que tu ne fait pas le traitement au fur et à mesure de la lecture. Ce n'est jamais une bonne idée de lire un gros fichier d'un coup en mémoire.

[adiGuba]

Ton problème c'est que tu fais plein de liste et de tableaux dans tous les sens, le tout via plusieurs boucles à l'intérêt douteux...


A quoi te sert la liste listlignesmirbase ?
Pourquoi le recopier dans un tableau tabdonneesmirbase ?
A quoi te servent les différentes boucles qui suivent ?

Et surtout : Quel est l'objectif de ton algo ?

a++

[phoenix420]

J'ai essayé, mais je n'ai pas réussi à faire un algo qui fonctionne ...

C'est mon post concernant "récupérer des lignes dans un fichier texte après 2-3 lignes"

http://www.developpez.net/forums/d92...er-texte-java/

[phoenix420]

Pour l'intérêt de mon algo, c'est expliqué dans le post cité dans mon message précédent.

J'ai un fichier texte et l'utilisateur de mon application va effectuer une recherche de type "hsa-mir-..." ou "cel-..." etc.

Bref ce que l'utilisateur va saisir va être recherché dans mon fichier texte.
Dans mon "mauvais algo" je copiais mon fichier texte dans une ArrayList, et j'effectuais des SPLIT pour sélectionner, tester les lignes lues.

Si je veux améliorer mon algo (le rendre fonctionnel plutôt...) il faudrait que dès que je trouve la ligne d'intérêt (ID recherche_utilisateur .....) je conserve les lignes jusqu'à rencontrer "//" en début de ligne.

Je détaillerai cela demain si je n'ai pas été assez clair

[phoenix420]

J'ai réussi en modifiant mon algo qui est maintenant le suivant :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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public static void donneesmirna()
{ 
     recherche = saisiemirna.getText().toLowerCase();
     longrecherche = recherche.length();
 
     //lecture du fichier texte	
     try
         {
        	InputStream ips=new FileInputStream(datamicrorna); 
    	InputStreamReader ipsr=new InputStreamReader(ips);
	BufferedReader br=new BufferedReader(ipsr);
 
	try
    	 {		
	String ligne;
	boolean indicateur = false;
 
	while ((ligne=br.readLine())!=null)
	{
	if (indicateur==true)
		{
		listlignesmirbase.add(ligne);
		if (ligne.regionMatches(0, "//", 0, 2)==true)
			{
			break;
			}
		}
 
	if ((ligne.regionMatches(0,"ID",0,2)==true) && (ligne.regionMatches(5, recherche, 0, longrecherche)==true))
		{
		indicateur = true;
		listlignesmirbase.add(ligne);
		}
	}
 
	int longlistmicrorna = listlignesmirbase.size()+1;
	int i=0;
 
	while(!listlignesmirbase.get(i).regionMatches(21, "/accession=", 0, 11))
   		{
   		i++;
   		}
 
	txtaccess = listlignesmirbase.get(i).substring(listlignesmirbase.get(i).indexOf("\"")+1, listlignesmirbase.get(i).lastIndexOf("\""));
 
	int m=0;
 
	while(!listlignesmirbase.get(m).regionMatches(0, "SQ", 0, 2))
		{
		m++;
		}
 
	m=m+1;
 
	while(m!=longlistmicrorna-2)
		{
		txtseq = txtseq +listlignesmirbase.get(m);
		m++;
		}
 
	txtseq = txtseq.trim(); // on élimine les espaces extérieurs
	txtseq = txtseq.replaceAll(" ",""); // on élimine les espaces intérieurs
	txtseq = txtseq.replaceAll("[\\d]","");  // on élimine tous les chiffres 
	txtseq = txtseq.replace("null","");
 
    	numaccess.setText(txtaccess);
	numid.setText(recherche);
	seqq.setText(txtseq);
 
          }
 
          finally 
    	 {
	br.close();
    	 }
        }
 
        catch (Exception e1)
        {
        	System.out.println(e1.toString());
        }	
}

Merci beaucoup pour votre aide qui m'a été très précieuse ! J'ai retesté la mémoire et ça fait un grand changement !! ça fait plaisir à voir !

Merci encore !