Discussion :

[angioedema]

Bonjour à tous,

Comme le nom de la discution l'indique je souhaiterais savoir si il est hardu de créer son propre module Perl? En effet je dois récupérer via un script des indications sur le site EMBL-EBI et GeneCard et aucun module de connexion à ces deux bdd internet n'existent.
J'avoue je n'ai effectué aucune recherche, je souhaite avoir tout simplement l'avis de personnes ^^

merci

[Beniou]

Bonjour,

Il est très facile de créer ses propres modules sous PERL. Les quelques obligations d'écriture sont simples et il n'y en a pas beaucoup. Tu ne devrais pas avoir de mal à trouver des tutos.
Ca va t'aider quant à la réutilisabilité de ton code, sa clarté etc. : ne te prive pas

[angioedema]

Merci pour ta réponse. J'irais voir cela alors. Tu aurais pas quelques tutos dans ta manche par azard ? sinon no soucille j'irais chercher

[angioedema]

je viens de regarder le tuto proposer par ce site .... je n'ai absolument rien compris oO il faut savoir que je n'ai jamais fait de programmation orientée objet. Du moins je l'utilise en "magouillant" mais je ne la comprends pas puisque je n'ai pas eu un bon court en DUT bioinfo là dessus. Même sans ces bagages est-ce possible sachant qu'il me reste au maximum deux semaines pour concevoir un ou plusieurs modules et les exploiter ?
Sinon je dois récupérer des champs sur des sites internets peut-être y a t il un module pour ça directement même si il n'est pas spécifique ?

merci

[Beniou]

La création de module simples sous PERL ne traite pas de programmation orientée objet : ce sont juste des fonctions qu'une fois chargées dans un script permettent d'appeler les fonctions de ce module directement au sein de script.
Donc pour ton temps imparti, cela dépend uniquement de ce que tu veux faire dans ton ou tes modules.

Sinon je dois récupérer des champs sur des sites internets peut-être y a t il un module pour ça directement même si il n'est pas spécifique ?

Pourrais-tu préciser un peu mieux tes besoins parce que là c'est assez flou

[angioedema]

un exemple :

J'ai le numéro d'accéssion d'un gène tel que NM_000607
A la main je vais sur le site EMBL-EBI je saisie ma recherche dans la base de donnée génome j'obtiens plusieurs résultats soit plusieurs fiches. Voici un exemple de fiches :
http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/...UMG00000021012
Et j'aimerais récupérer tout les champs résultats correspondant à la recherche NM_000607 sur chaque fiche.

deusième exemple :

Même démarche mais sur le site GeneCard
On obtient une fiche ayant le meilleur score par recherche on la sélectionne et ceci nous donne pour le meme cas :
http://www.genecards.org/cgi-bin/car...arch=NM_000607
et de même j'aimerais récupérer le plus d'information possible

Je ne sais pas si c'est assez clair donc n'hésite pas à me redemander ^^' merci a toi

[Beniou]

Pour ton premier exemple sur le site EBI/EMBL il existe des modules faisant parti de Bioperl qui permettent de faire des recherches sur cette base et d'en extraire de l'information. Regarde sur cette page (http://www.ensembl.org/info/docs/api/index.html) pour plus d'information : installation, utilisation etc.
Peut être que dans la partie bioinfo de Perl sur ce forum il existe des info sur le modules gérant les recherches EMLB/EBI.

Pour ton deuxième exemple, ce site est tellement fouillis qu'on n'y comprend plus grand chose. De plus, avec Firefox la moitié des boutons ne fonctionnent pas donc pour celui là je ne peux pas t'aider. Mais apparemment il n'existe pas de moyen simple de récupérer l'information.

En tout cas, regarde le premier module ainsi que Bioperl en général car faire le parsing des infos par toi même me semble très compliqué vu la quantité d'info et les types différents. En plus, vu ton temps imparti....

Désolé de ne pas plus aider mais si tu as une question spécifique sur le module EBML ou sur Bioperl, poste dans ce forum mais dans la partie bioinfo : il y aura bien quelqu'un qui pourra t'aider.

[angioedema]

Merci je vais regarder ça de plus près ^^ Et pour le second site je sais c'est le fouilli mais bon il reste que certaine infos peuvent être utile donc je verrais pour faire autrement ^^