Discussion :

[sky2000]

Bonjour,

Dans un fichier j'ai un tableau de 100000 colonnes et 800 lignes. Je voudrai extraire de ce fichier 500 colonnes. Les numéros des colonnes à extraire sont mises dans un autre fichier (1 par ligne).
J'ai essayé plusieurs commande avec sed, ou encore awk mais je n'y suis pas arrivée. Avec awk il me met l'erreur suivante:
awk: program limit exceeded: maximum number of fields size=32767
FILENAME="Genotypes.dat" FNR=1 NR=1

Et est ce que vous savez s'il est possible de faire cela avec le terminal de linux?

Je vous remercie par avance.

[Beniou]

bonjour,

Je n'ai jamais testé avec autant de colonnes mais peut être que la commande cut peut t'aider en spécifiant les colonnes à extraire et le délimiteur.

[frp31]

à mon avis si awk est si limité que ça
une boucle avec un cut et un shift ou un sed et un shift selon ce que tu préfère devrait passer.
la boucle permettant le traitement ligne par ligne. et bien sur dans ce cas il faut utiliser des variables de type tableau pour pouvoir reconstruire les colonnes facilement par la suite