graphiques avec perl

**Jasmine80** · 23/04/2010, 15h10

Bonjour,

J'aimerais faire un simple graphique 2D en perl. J'ai donc une série de valeurs (x, y). Quels modules me conseillez-vous? J'avais pensé à un fichier de sortie excel, mais ça peu-être sous une autre forme.

Merci,

**djibril** · 23/04/2010, 15h15

Le module GD

**Jasmine80** · 23/04/2010, 15h48

Merci, je vais y regarder.

Que signifie :

# make sure we are writing to a binary stream
binmode STDOUT;

**djibril** · 23/04/2010, 15h52

Quand tu créeras ton image, il ne faudra pas oublier de faire

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

binmode $filehandle;

histoire de bien créer ton fichier binaire.

**Jasmine80** · 26/04/2010, 09h31

J'ai essayé de créer un graphique à partir du script du CPAN mais je n'arrive pas à écrire dans le fichier de sortie.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
#!/usr/local/bin/perl
 
 
#------------- GD.pl
 
use strict;
use warnings;
 
use FileHandle;
 
# Interface to Gd Graphics Library
use GD;
 
 
# create a new image
my $filehandle = FileHandle->new(">P:/Theorie/Cathy/Myco_pyro/test.jpg") or die;
# make sure we are writing to a binary stream
binmode $filehandle;
 
my $im = new GD::Image($filehandle);
 
 
# allocate some colors
my $white = $im->colorAllocate(255,255,255);
my $black = $im->colorAllocate(0,0,0);       
my $red = $im->colorAllocate(255,0,0);      
my $blue = $im->colorAllocate(0,0,255);
 
 
# make the background transparent and interlaced
$im->transparent($white);
$im->interlaced('true');
 
# Put a black frame around the picture
$im->rectangle(0,0,99,99,$black);
 
# Draw a blue oval
$im->arc(50,50,95,75,0,360,$blue);
 
# And fill it with red
$im->fill(50,50,$red);
 
 
# Convert the image to PNG and print it on standard output
print $im->png;

Comment faire afin de donner mes coordonnées (x,y) et pour y faire passer une droite de régression? Ce module le permet-il, ou doit-on le combiner à un autre?

Merci pour votre aide,

**Jasmine80** · 26/04/2010, 09h39

Regression.pm - weighted linear regression package (line+plane fitting)

Ou qui parait plus simple :
Statistics::LineFit - Least squares line fit, weighted or unweighted

J'aimerais faire un premier graphique afin de voir l'aspect général en espérant que ce sera une droite mais ce sera plus probablement une courbe.

**djibril** · 26/04/2010, 10h07

Envoyé par Jasmine80

J'ai essayé de créer un graphique à partir du script du CPAN mais je n'arrive pas à écrire dans le fichier de sortie.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
#!/usr/local/bin/perl
 
 
#------------- GD.pl
 
use strict;
use warnings;
 
use FileHandle;
 
# Interface to Gd Graphics Library
use GD;
 
 
# create a new image
my $filehandle = FileHandle->new(">P:/Theorie/Cathy/Myco_pyro/test.jpg") or die;
# make sure we are writing to a binary stream
binmode $filehandle;
 
my $im = new GD::Image($filehandle);
 
 
# allocate some colors
my $white = $im->colorAllocate(255,255,255);
my $black = $im->colorAllocate(0,0,0);       
my $red = $im->colorAllocate(255,0,0);      
my $blue = $im->colorAllocate(0,0,255);
 
 
# make the background transparent and interlaced
$im->transparent($white);
$im->interlaced('true');
 
# Put a black frame around the picture
$im->rectangle(0,0,99,99,$black);
 
# Draw a blue oval
$im->arc(50,50,95,75,0,360,$blue);
 
# And fill it with red
$im->fill(50,50,$red);
 
 
# Convert the image to PNG and print it on standard output
print $im->png;

Comment faire afin de donner mes coordonnées (x,y) et pour y faire passer une droite de régression? Ce module le permet-il, ou doit-on le combiner à un autre?

Merci pour votre aide,

Lit bien la documentation.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

my $im = new GD::Image($filehandle);

Dans le constructeur, tu ne dois pas mettre le filehandle, mais plutôt la dimension de ton image.

Ensuite :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

print $im->png;

écrit sur la sortie standard, or tu souhaites écrire dans le fichier, donc ce sera

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

print {$filehandle} $im->jpeg;

Ce qui te donne au final :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
#!/usr/local/bin/perl
 
 
#------------- GD.pl
 
use strict;
use warnings;
 
use FileHandle;
 
# Interface to Gd Graphics Library
use GD;
 
 
# create a new image
my $filehandle = FileHandle->new(">P:/Theorie/Cathy/Myco_pyro/test.jpg") or die;
# make sure we are writing to a binary stream
binmode $filehandle;
 
my $im = new GD::Image(300,300);
 
 
# allocate some colors
my $white = $im->colorAllocate(255,255,255);
my $black = $im->colorAllocate(0,0,0);       
my $red = $im->colorAllocate(255,0,0);      
my $blue = $im->colorAllocate(0,0,255);
 
 
# make the background transparent and interlaced
$im->transparent($white);
$im->interlaced('true');
 
# Put a black frame around the picture
$im->rectangle(0,0,99,99,$black);
 
# Draw a blue oval
$im->arc(50,50,95,75,0,360,$blue);
 
# And fill it with red
$im->fill(50,50,$red);
 
 
# Convert the image to PNG and print it on standard output
print {$filehandle} $im->jpeg;

**Jasmine80** · 26/04/2010, 12h23

Merci, cela fonctionne. Je vais essayer de voir comment placer mes points maintenant.

**Jasmine80** · 27/04/2010, 09h47

Voici le type de graphique que j'aimerais obtenir :

Voici mon code

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
#!/usr/local/bin/perl
 
 
#------------- GD.pl
 
use strict;
use warnings;
 
 
use Statistics::Lite qw(:all);
use GD::Graph::lines;
 
=h
Rapport 1	A1	Nuc
0	12.33	T
1	13.53	C
2	13.49	T
4	14.22	A
6	12.89	T
7	13.04	C
8	11.81	T
10	11.23	G
12	13.44	C
16	13.29	C
21	13.2	G
23	11.85	C
24	11.45	T
25	11.14	G
=cut
 
 
my @data = ( 
    [0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25],
    [12.33, 13.53, 13.49, undef, 14.22, undef, 12.89, 13.04, 11.81, undef, 11.23,  undef, 13.44, undef, undef, undef, 13.29,  undef, undef, undef, undef, 13.2, undef, 11.85, 11.45,11.14],
  );
 
# x dont le y n'est pas défini : 3, 5, 9, 11, 13, 14, 15, 17, 18, 19, 20, 22  
 
# lettre à associer à chaque point défini
my @tag = ('T', 'C', 'T', 'A', 'T', 'C', 'T', 'G', 'C', 'C', 'G', 'C', 'T', 'G');
 
 
my $graph = GD::Graph::lines->new(600, 300);
 
 
$graph->set( 
	x_label           => 'positions',
	y_label           => 'valeurs',
	title             => 'Evolution du signal des pics uniques au cours du pyroséquençage',
	y_max_value       => 16,
	y_tick_number     => 8,
	y_label_skip      => 2 
) or die $graph->error;
 
 
my $gd = $graph->plot(\@data) or die $graph->error;
 
open(IMG, '>P:/Theorie/Cathy/Myco_pyro/graphiques/Rap1_A1.jpg') or die $!;
binmode IMG;
print IMG $gd->png;

Comment ajouter une droite de régression? Calculer R2? Est-il possible d'associer sur le graphique une lettre à chaque point?

Merci,

**Jasmine80** · 27/04/2010, 15h07

Voici la dernière version du script : j'ai calculé l'équation de la droite et le R carré, comment l'afficher sur le graphique

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
#!/usr/local/bin/perl
 
 
#------------- GD_line.pl
 
use strict;
use warnings;
 
 
use GD::Graph::lines;
use Statistics::LineFit;
 
 
=h
Rapport 1	A1	Nuc
0	12.33	T
1	13.53	C
2	13.49	T
4	14.22	A
6	12.89	T
7	13.04	C
8	11.81	T
10	11.23	G
12	13.44	C
16	13.29	C
21	13.2	G
23	11.85	C
24	11.45	T
25	11.14	G
=cut
 
 
my $report = 1;
my $run = 'A1';
 
 
# recherche de l'équation de la droite
my $lineFit = Statistics::LineFit->new();
my @unic_val_position_x = (0, 1, 2, 4, 6, 7, 8, 10, 12, 16, 21, 23, 24, 25);
my @unic_val_y = (12.33, 13.53, 13.49, 14.22, 12.89, 13.04, 11.81, 11.23, 13.44, 13.29, 13.20, 11.85, 11.45, 11.14);
 
$lineFit->setData (\@unic_val_position_x, \@unic_val_y) or die "Invalid data";
my ($intercept, $slope) = $lineFit->coefficients();
my $rSquared = sprintf ( "%.3f",$lineFit->rSquared());
 
 
 
# valeurs des points mis sur le graphique
my @y_values_graph = (12.33, 13.53, 13.49, undef, 14.22, undef, 12.89, 13.04, 11.81, undef, 11.23, undef, 13.44, undef, undef, undef, 13.29, undef, undef, undef, undef, 13.20, undef, 11.85, 11.45, 11.14);
# lettre à associer à chaque point défini
my @tag = ('T', 'C', 'T', undef, 'A',undef, 'T', 'C', 'T', undef, 'G', undef, 'C', undef, undef, undef, 'C', undef, undef, undef, undef, 'G', undef, 'C', 'T', 'G');
 
my @data = ( 
    [0..25],
    \@y_values_graph,
);
 
 
 
# x dont le y n'est pas défini : 3, 5, 9, 11, 13, 14, 15, 17, 18, 19, 20, 22  
 
 
 
 
my $graph = GD::Graph::lines->new(650, 300);
 
 
$graph->set( 
	x_label           => 'positions',
	y_label           => 'valeurs',
	title             => "Rap. $report $run : Evolution du signal des pics uniques au cours du pyroséquençage",
	y_max_value       => 16,
	y_tick_number     => 8,
	y_label_skip      => 2 
) or die $graph->error;
 
$graph -> set(dclrs => ["dgreen"]);
my $gd = $graph->plot(\@data) or die $graph->error;
 
if ($intercept >= 0){
	print "Y = $slope X +$intercept\nR2 = $rSquared\n";
}
else {
	print "Y = $slope X $intercept\nR2 = $rSquared\n";
}
 
 
open(IMG, ">P:/Theorie/Cathy/Myco_pyro/graphiques/Rap${report}_$run.jpg") or die $!;
binmode IMG;
print IMG $gd->png;

Merci

**djibril** · 27/04/2010, 16h35

Tu peux récupérer l'objet gd ainsi et ensuite dessiner ta ligne

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
my $gd_objet = $graph->gd();
my $noir = $gd_objet->colorAllocate(0,0,0);
$gd_objet->line($x1,$y1,$x2,$y2,$noir)

**Jasmine80** · 28/04/2010, 08h57

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
#!/usr/local/bin/perl
 
 
#------------- GD_line.pl
 
use strict;
use warnings;
 
 
use GD::Graph::lines;
use Statistics::LineFit;
 
 
=h
Rapport 1	A1	Nuc
0	12.33	T
1	13.53	C
2	13.49	T
4	14.22	A
6	12.89	T
7	13.04	C
8	11.81	T
10	11.23	G
12	13.44	C
16	13.29	C
21	13.2	G
23	11.85	C
24	11.45	T
25	11.14	G
=cut
 
 
my $report = 1;
my $run = 'A1';
 
 
# recherche de l'équation de la droite
my $lineFit = Statistics::LineFit->new();
my @unic_val_position_x = (0, 1, 2, 4, 6, 7, 8, 10, 12, 16, 21, 23, 24, 25);
my @unic_val_y = (12.33, 13.53, 13.49, 14.22, 12.89, 13.04, 11.81, 11.23, 13.44, 13.29, 13.20, 11.85, 11.45, 11.14);
 
$lineFit->setData (\@unic_val_position_x, \@unic_val_y) or die "Invalid data";
my ($intercept, $slope) = $lineFit->coefficients();
my $rSquared = sprintf ( "%.3f",$lineFit->rSquared());
 
 
 
# valeurs des points mis sur le graphique
my @y_values_graph = (12.33, 13.53, 13.49, undef, 14.22, undef, 12.89, 13.04, 11.81, undef, 11.23, undef, 13.44, undef, undef, undef, 13.29, undef, undef, undef, undef, 13.20, undef, 11.85, 11.45, 11.14);
# lettre à associer à chaque point défini
my @tag = ('T', 'C', 'T', undef, 'A',undef, 'T', 'C', 'T', undef, 'G', undef, 'C', undef, undef, undef, 'C', undef, undef, undef, undef, 'G', undef, 'C', 'T', 'G');
 
my @data = ( 
    [0..25],
    \@y_values_graph,
);
 
 
 
# x dont le y n'est pas défini : 3, 5, 9, 11, 13, 14, 15, 17, 18, 19, 20, 22  
 
 
 
 
my $graph = GD::Graph::lines->new(650, 300);
 
 
$graph->set( 
	x_label           => 'positions',
	y_label           => 'valeurs',
	title             => "Rap. $report $run : Evolution du signal des pics uniques au cours du pyroséquençage",
	y_max_value       => 16,
	y_tick_number     => 8,
	y_label_skip      => 2 
) or die $graph->error;
 
$graph -> set(dclrs => ["dgreen"]);
my $gd = $graph->plot(\@data) or die $graph->error;
 
if ($intercept >= 0){
	print "Y = $slope X +$intercept\nR2 = $rSquared\n";
}
else {
	print "Y = $slope X $intercept\nR2 = $rSquared\n";
}
 
# dessin de la droite sur le graphique
 
my $gd_objet = $graph->gd();
my $rouge = $gd_objet->colorAllocate(255,0,0);
 
my $x1 = 0;
my $y1 = $intercept;
my $x2 = 25;
my $y2 = $slope * 25 + $intercept;
 
$gd_objet->line($x1,$y1,$x2,$y2,$rouge);
 
open(IMG, ">P:/Theorie/Cathy/Myco_pyro/graphiques/Rap${report}_$run.jpg") or die $!;
binmode IMG;
print IMG $gd->png;

La ligne se dessine dans le coin supérieur gauche du cadre, à gauche du titre, et en dehors de la zone du graphique. Vu que mon cadre est de GD::Graph::lines->new(650, 300), comment puis-je adapter la ligne?

Et n'y a-t-il pas moyen d'écrire une lettre à côté de chaque point sur le graph?

Merci pour ton aide.

**Jasmine80** · 10/05/2010, 08h44

Problèmes résolus :

Envoyé par Jasmine80

Et n'y a-t-il pas moyen d'écrire une lettre à côté de chaque point sur le graph?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
my $data = GD::Graph::Data->new( 
	[
	    [0..25],
	    \@tag,
	]
);

Envoyé par Jasmine80

j'ai calculé l'équation de la droite et le R carré, comment l'afficher sur le graphique

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

$graph->set_legend( ( 'données du pyroséquenceur', $equation ) );

graphiques avec perl

Modules Perl

Discussions similaires

Partager

Partager