Salut,

La réponse doit être évidente, mais après 2h dans la doc, je ne vois toujours pas comment trouver le chromosome d'un objet Bio::Seq.

Pour situer le problème, j'ai téléchargé des fichiers genbank sur le ftp d'ensembl et je dois classer les infos de ces fichiers par chromosome.

Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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use Bio::SeqIO;
 
my $o_seqs = new Bio::SeqIO( -file  => $filepath,
                             -format => 'GenBank' );
 
while( my $o_seq = $o_seqs->next_seq() )
{
 
    my $chrom = $o_seq->?
    ...
}
S'il y a une fonction qui donne directement le chrom, c'est que je suis très fatigué, sinon, pouvez-vous me dire quel objet obtenu à partir de $o_seq contient l'info ?

[edit]
Je viens de voir que la fonction desc renvoie une chaine de caractère avec l'info, je vais donc utiliser ça, mais je serai déçu s'il n'y avait une manière plus propre.
[/edit]


Merci,
KooK