Discussion :

[dev_KooK]

Salut,

La réponse doit être évidente, mais après 2h dans la doc, je ne vois toujours pas comment trouver le chromosome d'un objet Bio::Seq.

Pour situer le problème, j'ai téléchargé des fichiers genbank sur le ftp d'ensembl et je dois classer les infos de ces fichiers par chromosome.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
 
use Bio::SeqIO;
 
my $o_seqs = new Bio::SeqIO( -file  => $filepath,
                             -format => 'GenBank' );
 
while( my $o_seq = $o_seqs->next_seq() )
{
 
    my $chrom = $o_seq->?
    ...
}

S'il y a une fonction qui donne directement le chrom, c'est que je suis très fatigué, sinon, pouvez-vous me dire quel objet obtenu à partir de $o_seq contient l'info ?

[edit]
Je viens de voir que la fonction desc renvoie une chaine de caractère avec l'info, je vais donc utiliser ça, mais je serai déçu s'il n'y avait une manière plus propre.
[/edit]


Merci,
KooK

[Jasmine80]

Tu peux utiliser la fonction suivante :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

get_tag_values('chromosome')

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
use strict;
use warnings;
 
use Bio::SeqIO;
 
 
 
my $o_seqs = new Bio::SeqIO( -file  => 'chromXVI.txt',
                             -format => 'GenBank' );
 
while( my $o_seq = $o_seqs->next_seq() )
{
	foreach my $feat ( $o_seq->get_SeqFeatures() ) {
 
		if($feat->has_tag('chromosome') ){
 
			print "chromosome : ", $feat->get_tag_values('chromosome'), "\n";
		}
	}
}

get_tag_values

j'ai téléchargé des fichiers genbank sur le ftp d'ensembl et je dois classer les infos de ces fichiers par chromosome

Tu n'es pas obligé de télécharger les fichiers, tu peux directement te connecter à GenBank et entrer un accession ou une requête classique

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
use strict;
use warnings;
 
use Bio::DB::GenBank;
 
my $gb = new Bio::DB::GenBank;
my $o_seq = $gb -> get_Seq_by_acc('NC_001148');
 
 
foreach my $feat ($o_seq->get_SeqFeatures){
 
	if($feat->has_tag('chromosome') ){
 
		print "chromosome : ", $feat->get_tag_values('chromosome'), "\n";
	}
}

[dev_KooK]

Avec beaucoup de retard, merci.