Discussion :

[Jane Home]

Bonjour,

J'aimerais pouvoir faire l'affichage de ma séquence sous la forme d'un fichier FASTA.
J'ai vu qu'avec le module SeqIO, il était possible d'écrire sa séquence dans un fichier sous la forme d'un FASTA.
Hors je voudrais le faire dans mon interface crée avec perl cgi.
Voila un exemple de ce que je voudrais réaliser :
Lien

Si quelqu'un peut me conseiller c'est pas de refus!
Merci

[Jasmine80]

Sous quel format est ta séquence? Est-elle dans un fichier fasta?
Quand tu récupère ta séquence via le module Bio::seqIO, elle se retrouve sans espace. Tu dois donc la découper comme tu le souhaites.


Exemple de script :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl
 
 
use strict;
use warnings;
 
 
use Bio::SeqIO;
 
my $file = 'sequence.txt';
my $in  = Bio::SeqIO->new(-file => $file , '-format' => 'fasta');
 
 
# nombre de nucléotides à afficher par ligne
my $nuc_per_line = 50;
 
while ( my $seq = $in->next_seq() ) {
 
	# affichage id et description
	print '>'.$seq->primary_id.$seq->desc."\n";
 
	my $start = 1;
 
	# somme des lignes entières de nucléotides
	# indicateur de la dernière ligne entière à écrire
	my $end = int(length($seq->seq)/$nuc_per_line) * $nuc_per_line;
 
	# découpage de la séquence en tronçons de $nuc_per_line nucléotides
	while ( $seq->subseq($start, $start+$nuc_per_line) ){ 
 
		# indice des positions où on coupe
		#print "$start\t".($start+$nuc_per_line-1)."\n";
 
		print $seq->subseq($start, $start+$nuc_per_line-1), "\n";
		$start += $nuc_per_line;
 
 
		# fn de la séquence, dernière ligne pouvant être plus courte
		if ( ($start > $end) && ($start <= length($seq->seq)) ){
 
			# indice de la dernière position où on coupe
			# print "$start\t".length($seq->seq)."\n";
 
			print $seq->subseq($start, length($seq->seq) ), "\n";
 
			# on quitte le while, évite le message d'erreur
			# prévenant qu'on est en dehors de la séquence
			last;
		}
	}
}

[Jane Home]

Salut, merci pour ta réponse.

En fait la séquence provient d'une base de données en local et est stockée dans une variable sous la forme d'une chaîne de caractère.
Et je ne veux pas l'imprimer dans un fichier mais dans le flux de ma page html codé avec Perl CGI.

J'arrive à avoir une visualisation avec 20 nucléotides sur chaque ligne mais j'ai cependant un petit décalage à chaque fin de ligne en fonction de la composition des lignes en nucléotides.
Faut -il utiliser un tableau? Bon après je pense que c'est plus une question de html qu'un problème de module de bioinfo...mais bon si quelqu'un a une idée, elle sera toujours la bienvenue. Merci.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $seq1 = Bio::Seq->new ( -seq  => $sequence, -id   => 'my seq',-desc => 'this is a new Seq');
 
		my $len = $seq1->length();
		my $substring='';		
		my $start =1;
		my $end=20;
 
		for (my $i=0; $i <= int($len/20); $i++ ){
 
		if ($i != int($len/20)){
 
	  		print $substring = $seq1->subseq($start,$end)."<br></br>";
 
			$start=$start+20;
			$end=$end+20;
		}
 
		else { print $substring = $seq1->subseq($end-4,$len)."<br></br>";  }
 
		}

[Jasmine80]

J'arrive à avoir une visualisation avec 20 nucléotides sur chaque ligne mais j'ai cependant un petit décalage à chaque fin de ligne en fonction de la composition des lignes en nucléotides.
Faut -il utiliser un tableau? Bon après je pense que c'est plus une question de html qu'un problème de module de bioinfo...mais bon si quelqu'un a une idée, elle sera toujours la bienvenue.

Je ne m'y connais pas très bien en html mais je sais qu'une solution afin que les nucléotides de différentes lignes s'alignent est d'utiliser une des polices courrier.

[Jane Home]

Ca c'est de la bidouille ! Mais super c'est exactement ce que je voulais et ça marche comme dans mon exemple plus haut.
Un grand merci.
Bon weekend!