Configure nécessite un beau paquet de paramètres, notamment quand tu fais de la cross-compilation comme ici (tu ne compiles pas ton app sur ton mobile, donc tu le fais sur une autre plateforme : cross compilation).
Dans ton cas, dans un prompt Visual Studio préparé pour la xcompil vers la bonne plateforme (j'en sais rien, ne sachant pas ce que tu veux supporter au final), tu fais ceci dans le répertoire de configure :
configure.exe -xplatform wince50standard-x86-msvc2008
(Il faut changer le xplatform pour correspondre à tes besoins, voir le dossier /mkspecs pour toutes les options possibles).
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