Bonjour,


J'ai un problème avec le module Bio::DB::Fasta -- Fast indexed access to a directory of fasta files

Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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  use Bio::DB::Fasta;
 
  # create database from directory of fasta files
  my $db      = Bio::DB::Fasta->new('/path/to/fasta/files');
$db = Bio::DB::Fasta->new($fasta_path [,%options])

$fasta_path may be an individual Fasta file, or may refer to a directory containing one or more of such files.

J'arrive à créer une DB à partir d'un fichier fasta mais pas d'un répertoire. Savez-vous si cela est possible? Et si oui comment faire? J'ai essayé avec des simples et des doubles quotes, en terminant ou non avec un slash mais le répertoire n'est pas reconnu.

A partir d'un fichier, cela fonctionne sans problème :
Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
my $db  = Bio::DB::Fasta->new("P:/Theorie/Cathy/PCR_multiplex/Complete_Genome_GB/16S_23S/Species/16S_23S/Bacillus_weihenstephanensis_16S_23S.txt");
mais cela ne fonctionne plus si je donne en entrée un répertoire
Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
my $db  = Bio::DB::Fasta->new("P:/Theorie/Cathy/PCR_multiplex/Complete_Genome_GB/16S_23S/Species/16S_23S/");

------------- EXCEPTION -------------
MSG: no fasta files in P:/Theorie/Cathy/PCR_MU~1/COMPLE~3/16S_23S/Species/16S_23S/
STACK Bio::DB::Fasta::index_dir C:/Perl/site/lib/Bio/DB/Fasta.pm:550
STACK Bio::DB::Fasta::new C:/Perl/site/lib/Bio/DB/Fasta.pm:484
STACK toplevel Bio_DB_Fasta.pl:10

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Merci,