Bio::DB::Fasta -- Fast indexed access to a directory of fasta files

Bonjour,


J'ai un problème avec le module Bio::DB::Fasta -- Fast indexed access to a directory of fasta files

Code:

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use Bio::DB::Fasta;   # create database from directory of fasta files my $db = Bio::DB::Fasta->new('/path/to/fasta/files');

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Citation:

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$db = Bio::DB::Fasta->new($fasta_path [,%options])

$fasta_path may be an individual Fasta file, or may refer to a directory containing one or more of such files.

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J'arrive à créer une DB à partir d'un fichier fasta mais pas d'un répertoire. Savez-vous si cela est possible? Et si oui comment faire? J'ai essayé avec des simples et des doubles quotes, en terminant ou non avec un slash mais le répertoire n'est pas reconnu.

A partir d'un fichier, cela fonctionne sans problème :

Code:

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my $db = Bio::DB::Fasta->new("P:/Theorie/Cathy/PCR_multiplex/Complete_Genome_GB/16S_23S/Species/16S_23S/Bacillus_weihenstephanensis_16S_23S.txt");

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mais cela ne fonctionne plus si je donne en entrée un répertoire

Code:

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my $db = Bio::DB::Fasta->new("P:/Theorie/Cathy/PCR_multiplex/Complete_Genome_GB/16S_23S/Species/16S_23S/");

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Citation:

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------------- EXCEPTION -------------
MSG: no fasta files in P:/Theorie/Cathy/PCR_MU~1/COMPLE~3/16S_23S/Species/16S_23S/
STACK Bio::DB::Fasta::index_dir C:/Perl/site/lib/Bio/DB/Fasta.pm:550
STACK Bio::DB::Fasta::new C:/Perl/site/lib/Bio/DB/Fasta.pm:484
STACK toplevel Bio_DB_Fasta.pl:10

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Merci,

Bonjour,

Tu devrais préciser l'option glob car par défaut la fonction ne recherche que des fichiers ayant une certaine extension (.fa .fasta etc.)
Tiré de la doc du CPAN

Citation:

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-glob Glob expression to use for searching for Fasta files in directories. *.{fa,fasta,fast,FA,FASTA,FAST,dna}

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Donc comme tes fichiers ont appremment une extension en .txt il ne les prend pas en compte. Ou alors tu peux renommer tes fichiers à toi de voir.

Merci pour ta réponse mais le problème ne vient pas de là :

J'obtiens la même erreur si je travaille avec des fichiers dont l'extension est .fsa

Citation:

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------------- EXCEPTION -------------
MSG: P:/Theorie/Cathy/PCR_multiplex/Complete_Genome_GB/16S_23S/Species/16S/*.fsa: Invalid file or dirname
STACK Bio::DB::Fasta::new C:/Perl/site/lib/Bio/DB/Fasta.pm:490
STACK toplevel Bio_DB_Fasta.pl:9

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De plus ce module fonctionne très bien sur un fichier .txt ainsi que sur un fichier .fsa tant que celui-ci est unique. Dès que j'essaie de passer un répertoire, cela plante.


Nb : j'ai aussi essayé avec des fichiers dont l'extension était .fa

Si tu regardes bien ce n'est pas la même erreur : au début il ne trouvait pas de fichiers fasta dans ton répertoire. Maintenant il dit que "P:/Theorie/Cathy/PCR_multiplex/Complete_Genome_GB/16S_23S/Species/16S/*.fsa" n'est pas un fichier ou un répertoire.

Est-ce que par hasard tu n'aurais pas mis :

Code:

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1 2	my $db = Bio::DB::Fasta->new("P:/Theorie/Cathy/PCR_multiplex/Complete_Genome_GB/16S_23S/Species/16S_23S/*.fsa");

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au lieu de

Code:

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1 2	my $db = Bio::DB::Fasta->new("P:/Theorie/Cathy/PCR_multiplex/Complete_Genome_GB/16S_23S/Species/16S_23S/");

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si tu as des fichiers fasta qui ont les bonnes extensions (.fa, .fas etc.)

ou alors sit tu veux prendre des fichiers .txt en plus

Code:

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1 2	my $db = Bio::DB::Fasta->new("P:/Theorie/Cathy/PCR_multiplex/Complete_Genome_GB/16S_23S/Species/16S_23S/", -glob => "*.{fa,fas,fsa,fasta,txt}");

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J'ai volontairement changé de répertoire afin d'en prendre un où il y avait des fichiers .fsa


Voila ce qui fonctionne :

Code:

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my $db = Bio::DB::Fasta->new("P:/Theorie/Cathy/PCR_multiplex/Complete_Genome_GB/16S_23S/Species/16S/Bacillus_amyloliquefaciens_16S_revcom.fsa");

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Code:

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my $db = Bio::DB::Fasta->new("P:/Theorie/Cathy/PCR_multiplex/Complete_Genome_GB/16S_23S/Species/16S/Bacillus_amyloliquefaciens_16S_revcom.txt");

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.txt est une extension possible du format fasta quand on ne renseigne qu'un seul fichier par contre les fichiers .txt ne sont plus reconnus si on passe en argument un répertoire. :? c'est curieux


Par contre tu as raison, mon erreur est bien de faire un *fsa :ccool: cela fonctionne maintenant grâce à toi

Et ton astuce avec le glob fonctionne très bien

Code:

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my $db = Bio::DB::Fasta->new("P:/Theorie/Cathy/PCR_multiplex/Complete_Genome_GB/16S_23S/Species/16S_23S/", -glob => "*.{fa,fas,fsa,fasta,txt}");

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Un super grand merci, mon problème est résolu :)