Discussion :

[cedric190985]

Bonjour,
Je sollicite votre aide dans un script shell que je suis en train de faire...

Déjà voici le script

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
#!/bin/bash
 
#nombre de ligne de la BD 
cat  $1 | wc -l > nbligne 
 
#ne prend que le parametre d'entrée numéro 1
cut -d " " -f 1 bdfinale.smi > bdcutfinale.smi 
 
#nb de O
i=1
 
if [ "$i" -le 4 ]
then
	awk -F '[Oo]' "NF-1 == $i"  bdcutfinale.smi  > bdO$i
        cat  bdO$i | wc -l > nbligneO$i
 
        let 'nbO=nbligneO"$i" - nbligne'
        echo 'le nombre de molecule avec' "$i" 'O est de : ' $nbO
        let 'i="$i"+1'
fi

Que fait le script alors il doit compter le nombre de ligne d'un fichier $1 et stocker cette valeur
Puis ensuite j'ai un fichier *.smi avec plusieurs colonnes, je ne prends que la 1ere.
Ensuite je fais une boucle allant de i a 4 me permettant de calculer le nombre de ligne avec 1 O.
Pourquoi 4 ? Car je sais que je n'ai pas plus de 4 O par ligne.

Il compte le nombre de ligne et retire ces lignes du fichier.
je compte le nombre de ligne du fichier restant et je le soustrait au nombres de lignes totaux.
J'ai ainsi le nombre de ligne avec seulement 1 fois le caractère O.

Ensuite je passe à i+1 et je répète avec le nombre de 0 égale à 2...
Et ainsi de suite...


En gros mon probléme se situe à cette ligne

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

let 'nbO=nbligneO"$i" - nbligne'

en effet j'ai fait un

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

bash -x :/testscript blabla.smi

afin de débugger le code et c'est à cette ligne que le programme bloque avec cette erreur

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

line 17: let: nbO=nbligneO$i - nbligne: syntax error in expression (error token is "$i - nbligne")

Je viens demander votre aide

De plus ma ligne

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

let 'i="$i"+1'

est-elle juste ?
Merci
Cédric

[N_BaH]

De plus ma ligne
Code :
let 'i="$i"+1'
est-elle juste ?

non :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
i=3
let "i=$i+1"
echo "$1"
4

tu peux essayer l'Evaluation Arithmétique de bash
...
?

[cedric190985]

tu peux essayer l'Evaluation Arithmétique de bash
...
?

Cette expression gere les $
et les " ' etc....
[je suis dans le bus du retour]
je teste ce soir
Merci

[cedric190985]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

nbligne=$((cat  $1 | wc -l ))

cela pourrait être correcte ???

[N_BaH]

non, mais ça_a va_a pas !?*

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

((nbligne++))

incrémente nbligne de 1...
as-tu besoin de l'afficher... avant que le compte soit terminé ?

*cf. Les Robins des Bois (PeF)

[cedric190985]

non, mais ça_a va_a pas !?*

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

((nbligne++))

incrémente nbligne de 1...
as-tu besoin de l'afficher... avant que le compte soit terminé ?

*cf. Les Robins des Bois (PeF)

Non Non je ne veux pas l'afficher juste stocker la valeur nbligne...
par contre je comprend pas pourquoi tu incrémentes....

[cedric190985]

j'ai fait un essai

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
$[var=2+3]
5: command not found

J'ai obtenu cela ?
par contre si je fais

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

echo $var

j'obtiens bien 5

[jmelyn]

Bonsoir,

Les explications du problème ne sont pas des plus limpides. Je vais essayer de résumer ce que j'ai compris:
Il faut compter le nombre de "o" ou "O" dans le premier champ de chaque ligne d'un fichier puis indiquer le nombre de valeurs identiques. Par exemple: "Il y a 3 lignes avec 1 "O", 5 lignes avec 2 "O" et 1 ligne avec 3 "O".

C'est bien ça? Si c'est le cas, voici une commande qui fait le calcul:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
awk '
{
  size=split($1, t, "[oO]")
  n[size-1]++
}
END \
{
  size=asorti(n, u)
  for (i=1; i <= size; i++)
  {
    print "nb de lignes avec " u[i] " O est: " n[u[i]]
  }
}' bdfinale.smi

On peut changer le texte à afficher, avec molécules à la place de lignes.

[cedric190985]

Bonsoir,

Les explications du problème ne sont pas des plus limpides. Je vais essayer de résumer ce que j'ai compris:
Il faut compter le nombre de "o" ou "O" dans le premier champ de chaque ligne d'un fichier puis indiquer le nombre de valeurs identiques. Par exemple: "Il y a 3 lignes avec 1 "O", 5 lignes avec 2 "O" et 1 ligne avec 3 "O".

C'est bien ça? Si c'est le cas, voici une commande qui fait le calcul:

Oui c'est cela une molécule va être codé en "smiles"
cest a dire de cette forme la
ccccCCCO
ccCCNNNCOoo
ccccCCCOSSSOOooo
cccO
etc...
c'est totalement faux mais le fichier va ressembler à cela.
Donc ici je voudrai que le code me dise que j'ai
2 molécule avec 1 O
1 molécule avec 3 O
1 molécule avec 5 O
etc...
es ce que je peux remplacer par exemple [Oo] par [c1] ?
ou c1 est un seul élément

[jmelyn]

Le code "[oO]" veut dire: le caractère "o" ou le caractère "O", un seul suffit. S'il faut la suite de caractères "c1", c'est-à-dire le caractère "c" suivi du caractère "1", alors le code sera: "c1". La commande awk que j'ai proposée comptera alors le nombre de fois que les caractères "c1" apparaissent dans la première colonne du fichier.

[cedric190985]

d'accord merci
j'essaie tout cela demain
par contre je me demandais comment awk faisait pour différencier Cc et c1
je veux dire pourquoi awk ne voit pas cela comme si cela était c et/ou 1

[cedric190985]

J'ai testé le code de "jmelyn" qui m'avait l'air moins tordu que le mien

J'ai obtenu un messae d'erreur

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

END blocks must have an action part

[cedric190985]

En fait cela fonctionne
merci tout plein
par contre
pourrais tu détailler ton code ?
De plus si je chercher a n'avoir que "c1"
cela marche comment ??
j'ai remplacer oO par c1 et donc la il cherche à la fois c et à la fois 1 ??

[jmelyn]

Bonjour,

Pour l'erreur, ce devait être le '\' qui manquait à la fin de la ligne où le mot END apparait.

Ce code est concis, simple (bon, faut connaître) et très rapide. Comme je l'ai déjà écrit, s'il faut compter le nombre d'apparitions de la chaîne "c1" plutôt que "O" ou "o", dans la commande awk la fonction split($1, t, "[oO]") devient: split($1, t, "c1").

Explications sur le code de awk. D'abord le programme:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
awk '
{
  size=split($1, t, "[oO]")
  n[size-1]++
}
END \
{
  size=asorti(n, u)
  for (i=1; i <= size; i++)
  {
    print "nb de lignes avec " u[i] " O est: " n[u[i]]
  }
}' bdfinale.smi

Il est ici divisé en deux parties. La première, située entre les deux premières accolades {}, est exécutée à chaque ligne du fichier, et la seconde après le mot END, est exécutée après que tout le fichier a été lu.

Il y a seulement deux commandes dans la première partie, mais elles sont un peu complexes.

• La fonction split($1, t, "[oO]") découpe en morceaux le premier champ ($1) de la ligne sur laquelle awk travaille et met le résultat dans le tableau t[ ]. Pour le découpage, split() utilise les caractères "o" ou "O". Par exemple, si $1 vaut "1o2345O67", après la fonction split(), t[1]="1", t[2]="2345" et t[3]="67". La variable size donne la taille du tableau, ici 3. Cela veut dire qu'il y a eu 2 (size-1) séparateurs.
• La seconde commande utilise un nouveau tableau, n[ ], qui incrémente (++ = +1) une case du tableau. Dans notre exemple cela veut dire: une ligne de plus avec 2 séparateurs.

Lorsque toutes les lignes sont passées, le tableau n[ ] possède dans ses cases le nombre de lignes possédant 1, 2,... n séparateurs. Par exemple, si t[1]=3, c'est qu'il y a 3 lignes avec un seul séparateur. Et si t[3]=7, c'est qu'il y a 7 lignes avec 3 séparateurs. Il reste maintenant à afficher le tableau n[ ]. Pour ce faire, la fonction asorti(n, u) trie les indices du tableau n[ ] et les met dans le tableau u[ ]: Par exemple, le tableau n[ ] ne peut avoir que les cases 1 et 3, les autres cases n'existant pas. Après le tri, u[1]=1, u[2]=3 et size vaut 2. Cela veut dire qu'il y a 2 cases dans n[ ]: la case dont l'indice est 1 (u[1]) et la case dont l'indice est 3 (u[2]). C'est pour cette raison que j'écris deux tableaux imbriqués: n[u[i]].

Il faut prendre quelques minutes pour se plonger dans ces quelques lignes, mais ça vaut le coup, non?

[cedric190985]

Bonjour,

Il faut prendre quelques minutes pour se plonger dans ces quelques lignes, mais ça vaut le coup, non?

Oui énormement
merci tout plein